Через месяц Алёшкин прочёл приказ по армии о суровом наказании всего командного состава сапёрного батальона и разведроты. Капитан по решению Военного трибунала был лишён звания и направлен рядовым в штрафной батальон. Командир взвода, лейтенант, принимавший участие в выпивке, был приговорён к расстрелу, но он умер в госпитале ещё до получения этого приказа. Были соответственно наказаны и другие командиры. В этом же приказе младший лейтенант медслужбы фельдшер Вахрушева награждалась медалью «За боевые заслуги» за то, что сумела энергично прекратить дальнейшее отравление личного состава батальона. Медперсоналу госпиталя № 27 объявлялась благодарность за оперативную работу по предотвращению распространения отравления и по спасению пострадавших.

В самом деле, почти неделю весь персонал госпиталя занимался отравленными. К счастью, госпиталь Перова к этому времени уже развернулся и основной поток раненых был переключён на него. Госпиталь № 27 стал постепенно освобождаться от раненых, на 5 октября 1944 года в нём всё ещё находилось более 600 человек.

К концу месяца поступление раненых резко сократилось. Части 8-й армии продвинулись по побережью к югу от Таллина, и раненых стали направлять в госпитали, следующие за наступавшими войсками. Развернулись бои за острова Сааремаа, Хийумаа. На этих островах немцами были созданы долговременные укреплённые позиции из бетона и железа. Скопившиеся там фашистские войска чуть ли не со всей Эстонии упорно оборонялись и своими орудиями постоянно угрожали судам Балтийского флота, следовавшим вдоль берегов Финского залива. Ставка, командование фронта требовали скорейшего овладения этими островами. Шли кровопролитные бои.

Надо сказать, что в 1941 году балтийские моряки, атакованные фашистами и со стороны берегов Эстонии и флотом со стороны Финского залива, сумели продержаться на этих островах более трёх месяцев и оставили их только по приказу Главного командования. Немецкие вояки заявляли, что они удержат острова в своих руках надолго. Вскоре стало понятно, что это заявление, как и многие другие, было обычной фашистской похвальбой. Уже к 7 ноября 1944 года остров Хийумаа был полностью освобождён от фашистской нечисти, а к 24 ноября зачищен и весь Моонзундский архипелаг. Но к этому времени госпиталь № 27 уже сменил дислокацию.

С 10 октября одновременно с приёмом всё уменьшавшегося количества раненых, поступавших теперь строго по профилю, то есть с ранениями в живот, грудь и голову, и, как правило, уже прошедшими хирургическую обработку на предыдущих этапах (в медсанбате и госпиталях первой линии), по решению санотдела армии госпиталь вынужден был заниматься поликлинической работой среди гарнизона, оставшегося в Таллине. Это была нелёгкая работа: в войсках, оставленных в городе, находилось немало легкораненых, не пожелавших покидать свои подразделения и теперь нуждавшихся в постоянном медицинском наблюдении и амбулаторном лечении. Лечебные учреждения этих соединений передислоцировались с большей частью войск далее, вслед за противником. Медперсонал подразделений (фельдшеры) с обслуживанием этих бойцов справлялись плохо. Хирургическому госпиталю № 27 пришлось взять это на себя.

В среднем ежедневно на амбулаторный приём поступало более ста человек. Среди них попадались и терапевтические больные. Пришлось освободить доктора Батюшкова, единственного терапевта госпиталя, от любой другой работы и посадить его на терапевтический приём. Для оказания амбулаторной хирургической помощи выделили двух молодых хирургов и несколько средних медработников. Одновременно стало необходимым и выделение части помещения госпиталя для ведения амбулаторного приёма. Таким образом, к концу октября двадцать седьмой, по существу, превратился во фронтовой госпиталь с функциями гарнизонного.

В период с 22 сентября по 10 ноября госпиталь провёл очень большую и напряжённую работу. Он принял и хирургически обработал более 2500 раненых. К ноябрьским праздникам 1944 года в госпитале находилось около пятисот лежачих нетранспортабельных раненых, требующих длительного стационарного лечения.

Начальник сануправления фронта генерал Верховский при вторичном посещении госпиталя в начале ноября заявил Алёшкину, чтобы он готовил госпиталь к передислокации: на его место на днях приедет один из фронтовых госпиталей, который примет раненых и будет продолжать начатую работу. О месте передислокации он пока ничего не сказал, заметив, что этот вопрос надо утрясти с начсанармом Скляровым.

Утром 10 ноября в госпиталь прибыли начальник орготделения санотдела армии Богуславский и начальник фронтового эвакопункта подполковник медслужбы Лисовский. Они осмотрели всё хозяйство Алёшкина и остались им очень довольны, особенно Лисовский. Он увидел отличную кухню, замечательную аптеку с большим запасом медикаментов, лабораторию, два оборудованных стационарных рентген-кабинета, на складе большие запасы продовольствия, в палатах прекрасное бельё. Он заявил, что готов принять всё хозяйство госпиталя и раненых хоть сейчас. Но Богуславский возразил, что приёмку можно провести только после того, как госпиталь передислоцируется на новое место. Тогда Лисовский потребовал, чтобы при передислокации из Таллина они ничего из помещения не вывозили. Начорготделения заметил, что, конечно, ничего из стационарного оборудования Алёшкин не возьмёт, ну а необходимый ему мягкий инвентарь, инструменты, медикаменты и продукты, сколько сумеет вывезти на своём транспорте, конечно, увезёт с собой:

— Ведь он не гулять едет, а работать, и ему, конечно, всё это нужно иметь, — добавил Богуславский.

Лисовский не согласился и обещал жаловаться начальнику сануправления фронта. И, кажется, пожаловался, но из этого ничего не вышло — генерал Верховский оказался на стороне Алёшкина. Между тем Богуславский рассказал Борису о том, какое назначение получает его госпиталь:

— Видишь ли, Борис Яковлевич, начсанарм и Верховский, посоветовавшись, решили дать твоему госпиталю немного отдохнуть. Вы провели очень большую работу и личный состав основательно измотался. В городе Раквере есть штаб пограничной службы Балтийского побережья. Служба эта ещё только организуется, своих лечебных учреждений у неё пока нет. Начальник погранслужбы генерал Зайцев просил Военный совет 8-й армии временно выделить ему один из своих госпиталей, вот Скляров и предложил для этой цели ваш, тем более что в Раквере ещё до сих пор находится значительная часть вашего имущества. Работы там будет немного, в основном амбулаторная, работники госпиталя немного передохнут. Только мой совет, выбирайтесь отсюда побыстрее, пока Лисовский с хозяйственниками своего фронтового госпиталя не нагрянул, а то тогда вы и самого необходимого не увезёте. Ну пока, счастливо. Как развернётесь в Раквере, доложите нам и генералу Зайцеву, он тоже там где-то квартирует, — с этими словами Богуславский попрощался с Борисом и уехал в санотдел армии.

В отчёте работы госпиталя, составленном в 1945 году при его расформировании, про этот период его работы сказано буквально пять строк: «Госпиталь прибыл в Таллин 22 сентября 1944 года, принял 2500 раненых и около 100 человек отравленных. Развернулся до 600 коек. В конце своего пребывания в течение 10 дней вёл амбулаторный приём, в среднем по 150 человек в сутки.