И тем не менее Смута глубоко повлияла на русское крестьянство. Во-первых, 13 июня 1611 года Россия потеряла великолепную Смоленскую крепость, всего через несколько лет после завершения ее строительства. Россия, естественно, хотела вернуть Смоленск как ворота в нижний Днепр, так и на запад, что и было предпринято во время Смоленской войны (1632–1634). Эта война явилась последним этапом закрепощения крестьянства. Другим серьезным воздействием Смутного времени была дезинтеграция крестьянской рабочей силы, что привело к возобновлению всего крестьянского вопроса со стороны отдельных монастырей.

В соответствии с исследованиями некоторых историков по вопросу о закрепощении пятилетний срок возврата беглых крестьян, вероятно, был вновь введен в апреле или мае 1615 г. До этого времени в первые годы правления династии Романовых никакого ограничения на сыск не существовало, как и при Иване IV. Это очевидно из ситуации, сложившейся в июле 1614 г., когда глава великого Иосифо-Волоцкого монастыря уведомил правительство, что монастырь полностью разрушен осаждавшими его поляками и что крестьяне убиты, умерли от голода, увезены в плен или бежали. Монастырские власти приложили к документу список пропавших крестьян с указанием их нынешнего местонахождения и пожаловались на то, что многие из них проживали теперь вместе со служилыми людьми. Чтобы удовлетворить прошение, правительство приказало своим местным представителям провести расследование в окрестностях монастыря, дабы установить, кто из крестьян прежде проживал на монастырских землях. Тех, кто признавал, что они проживали в монастыре, надлежало возвратить на его земли вместе «с их женами, детьми, хлебом на корню и посевными хлебами» – формулировка, которую надлежало повторить много раз в последующие годы. (Возвращенные крестьяне имели право прийти назад позже и собрать созревший урожай.) Об ограничении срока возврата беглецов ничего не было сказано. Следует отметить, что в этой челобитной монастырь подавал жалобу против среднего служилого сословия – ситуация, которая вскоре должна была измениться на противоположную. Первые месяцы правления Михаила Романова стали свидетелями массового преследования беглых крестьян без явных ограничений срока сыска. Такая политика, которая включала возвращение крестьян, воевавших с поляками и даже служивших у стрельцов и казаков, выигрышно сказалась на служилом сословии, которое пользовалось значительным влиянием с самого начала правления царя Михаила Федоровича.

Советский специалист по этому вопросу В.А. Фигаровский связывает восстановление срока сыска с попытками правительства успокоить полчище, состоявшее почти из 20 000 казаков и крестьян, двигавшееся на Москву с севера. Возможно, это был тот момент, когда ввели пятилетнее ограничение, но мы также должны иметь в виду, что эта дата совпала с уменьшением влияния на правительство среднего служилого сословия, выступавшего против ограничения срока. В то же самое время магнаты, которые стремились установить более короткий срок, усиливали свое влияние на правительство.

Стоит отметить, что служилые люди были не первыми и не единственными, кто желал увеличения срока сыска. По окончании Смутного времени дворяне и дети боярские, видимо, пребывали в эйфории или питали иллюзии насчет своего влияния на правительство через Земское собрание, или же оказались слишком разобщены, чтобы предпринять какие-либо коллективные действия. Во всяком случае, крестьянский вопрос вновь подняли некоторые церковные магнаты. Во время Смуты земли Троице-Сергиева монастыря пустовали (сохранившиеся записи 1616 г. указывают на то, что в то время от 95 до 98 % монастырских земель находилось по паром и только от 2 до 5 % земли обрабатывалось, а число крестьянских хозяйств в этих имениях упало с 3988 в 1592–1594 гг. до 623 в 1614–1615 гг., число дворов бобылей также уменьшилось с 502 до 426). 28 февраля 1614 г. монастырь получил разрешение вернуть крестьян, бежавших начиная с сентября 1604 г. Этот девятилетний срок возврата беглецов, который впоследствии стал столь важным, был выбран монастырем, чтобы избежать взаимных претензий со стороны других хозяев. В голодные годы, 1601–1602 гг., согласно указу Годунова, монастырю запрещалось принимать крестьян, но, вероятно, они все же это делали. В 1604 г. монастырь продолжал набирать крестьян, но в 1605–1607 гг. (в период восстания Болотникова) он потерял 492 крестьянских семьи и затем еще 277 семей за последующие семь лет, 1608–1614 гг. (когда монастырь многократно становился полем битвы между русскими и иностранными полками, включая осаду монастыря в 1608–1610 гг. поляками). Спустя год грамота 1614 г. была подтверждена вновь. Правительство выделило отряды для помощи в розыске и возврате беглых крестьян, что повлекло за собой множество злоупотреблений, после чего было приказано завершить операцию к 31 августа 1615 г. Тем не менее монастырю удалось сохранить продленный девятилетний срок сыска, что служило провокационной формой дискриминации, которую служилое сословие, ограниченное только пятью годами, не пожелало сносить.

В 1620-х гг. крестьянский вопрос не вызывал особых волнений. Крестьяне продолжали бежать от своих господ, которые продолжали подавать на них иски, но никаких существенных изменений в положении крестьян и ограничение сыска беглецов предпринято не было. А.Г. Поляк полагает, что это произошло потому, что большинство казаков, состоявших в основном из беглых крестьян, представляло угрозу правительству. Он не приводит никаких доказательств в поддержку своего утверждения, так что причины отсутствия интереса к проблеме в то время (по крайней мере в отношении срока) надо искать в другом месте. Первое, что следует отметить, Россия находилась в мире со Швецией (Столбовский мирный договор 1617 г.) и Польшей (Деулинское перемирие, декабрь 1618 г.), татары вели себя спокойно, и страна постепенно восстанавливалась после Смуты. Требования со стороны правительства к среднему служилому сословию были минимальны, и его представители имели все причины чувствовать себя удовлетворенными: их крестьян возвращали, продукции становилось больше, служба была не особенно обременительной, – одним словом, дела шли к лучшему. К концу 1620-х гг. условия жизни настолько улучшились, что крестьяне стали переселяться через западную границу в Россию. Патриарху Филарету, отцу царя Михаила и фактическому правителю государства, после возвращения из восьмилетнего польского плена в июне 1619 г. удалось сдержать ненасытность магнатов, чего не смогли и не захотели делать его преемники. Это стало особенно очевидно после падения в 1623 г. клана Салтыковых. Филарет со своими подвижниками И.Б. Черкасским, Б.М. Лыковым, И.Н. Романовым, Ф.Л. Шереметевым и другими стал обладателем всей власти в стране. 1620-е гг. стали тем временем, которое можно назвать периодом подготовки к Урочным летам, в течение которого магнаты искали способы, позволявшие обойти правовые запреты на вербовку чужих крестьян.

С 1620-х гг. до нас дошло несколько случаев. Одним из них является жалоба, поданная дворянами, детьми боярскими и другими мелкими помещиками и жителями Елецкого уезда на произвол и грабеж со стороны боярина И.Н. Романова, родственника самого царя и доверенного лица Филарета, имевшего на своей земле 3400 крестьянских дворов. В 1628 г. челобитчики просили помощи, жалуясь, что Романов и его прислужники используют все мыслимые