Герцог защищал свое право распоряжаться общиной по своему усмотрению. Крайний юдофоб, он под влиянием агитации Капистрана решил изгнать евреев из своих владений. Ему удалось это сделать в некоторых местах Баварии, но в Регенсбурге он встретил препятствие со стороны имперской власти и должен был ограничиться тем, что обязал местных евреев соблюдать канон об отличительном знаке на одежде (1452). Спустя двадцать лет борьба возобновилась на религиозной почве. Герцог Людвиг и регенсбургский епископ Генрих воспользовались услугами двух выкрестов из евреев с целью терроризировать общину. Один ренегат, Петр Шварц, был членом доминиканского ордена и читал миссионерские проповеди для евреев на их разговорном языке, причем епископ заставлял евреев слушать противные им речи. Более зловредным был другой ренегат, Ганс Файол (Vajol), который в угоду грубому суеверию своих новых единоверцев взялся доказать, что евреи употребляют кровь христианских детей для религиозных обрядов. Доказательство состояло в ложном доносе на «юденмейстера», регенсбургского раввина и ученого писателя Израиля Бруно: последний будто бы купил у него, Файола, семилетнего христианского мальчика для ритуального убийства. Ренегат попал в цель: регенсбургские христиане заволновались, готовые расправиться с раввином и его паствой. Городской совет распорядился посадить раввина в тюрьму, чтобы спасти его от ярости толпы (1474). Император Фридрих III потребовал освобождения узника, но, получив ответ магистрата, что это невозможно сделать без риска для жизни раввина, он попросил отложить решение дела до приезда его, Фридриха, в Регенсбург. Между тем розыски убитого ребенка и его родителей ни к чему не привели. Когда же стали строже допрашивать доносчика Файола, он вынужден был сознаться, что сам выдумал всю эту историю.

Поэтому суд, не дожидаясь приезда императора, выпустил из тюрьмы без вины пострадавшего раввина, а клеветника приговорил к сожжению на костре.

Скоро, однако, антиеврейская агитация возобновилась. В Регенсбурге, как и во всей Германии, волновались вестями о происходившем тогда процессе в Триенте. Нашелся еще один продажный выкрест, который показал, что и в Регенсбурге несколькими годами раньше евреи замучили христианских младенцев. Возвратившийся из Рима епископ Генрих, который там ознакомился с актами триентского дела, воспользовался ими для создания нового судебного процесса в своей епархии. Он успел привлечь на свою сторону большинство городского совета, имевшего свои виды: в случае осуждения еврейской общины и изгнания ее из Регенсбурга весь еврейский квартал с его домами достался бы городу. Были арестованы шесть евреев. Арестованных подвергли допросу с применением таких пыток, что несчастные сознались в небывалых преступлениях и, под диктовку палачей, назвали еще имена соучастников. Были, конечно, обнаружены и кости «мучеников», которые, даже по мнению более трезвых христиан, могли быть положены в заранее намеченное место инициаторами процесса. Скомпрометировав таким образом всю общину, городской совет приказал закрыть выход из еврейского квартала, а имущество во всех домах опечатать (1476). Некоторые бежавшие из города евреи явились к императору с жалобой на насилие местных властей и получили от него приказ к городскому совету о немедленном освобождении заключенных. Совет возразил, что юрисдикция над евреями в подобных делах принадлежит городу, баварскому герцогу и духовенству, но Фридрих повторил свое требование, желая этим демонстрировать свое право высшего опекуна еврейства. Император мало верил в ритуальную легенду и видел в таких процессах злые козни юдофобов. Герцог Людвиг и епископ уже готовы были уступить требованию императора, но городской совет оказался неуступчивым. Он даже решил казнить некоторых заключенных. Когда об этом было доложено императору, он наложил на непослушный город опалу и пригрозил ему разными карами. Вынужденные покориться, отцы города медленно уступали свои позиции: сначала сняли запоры и стражу с еврейского квартала, но держали в тюрьме 17 подсудимых. Тем временем они посылали депутации к императору и герцогу, старались подействовать на римского папу, жадно ловили и распространяли слух о «ритуальных происшествиях» в других местах. Евреи тоже не дремали: они представили папскому легату записку о лживости ритуальных обвинений, доказанной давними папскими буллами; Фридриху они подали записку, в которой доказывали, что их предки жили в Регенсбурге с незапамятных времен, еще до рождения Христа, и, следовательно, неповинны в его распятии. Наконец в 1478 году император приказал городскому совету освободить заключенных в течение трех недель, уплатить в имперскую казну 8000 гульденов и поручиться за то, что еврейская община со своей стороны внесет туда же 10 000 гульденов. Совет торговался с императором и добился того, что вся штрафная сумма была наложена на еврейскую общину. Пострадавшая община отказывалась платить пеню, которую должны были платить виновники ее страданий. Так дело тянулось еще два года, в течение которых заключенные еще сидели в тюрьме, пока их в 1480 году не выпустили под условием, что они не будут мстить за причиненное им зло и не выселятся со своим добром из города. Общине все-таки пришлось уплатить свою долю штрафа — за вину тех, которые несколько лет подряд позорили и терзали ее.

Евреи остались в Регенсбурге, снабженные новыми императорскими привилегиями (1481). Но жизнь их была отравлена. Городской совет в меру своей власти притеснял их, мечтая об изгнании их и о получении богатого наследства — домов еврейского квартала. Немногие праведники из совета, заступавшиеся за евреев, назывались презрительно «Judenkönige». Христианское население, подстрекаемое монахами, становилось все враждебнее к евреям: пекари не продавали им хлеба, мельники не мололи муки, ссылаясь на запрещение священников. Совет запрещал им покупать на рынке продовольствие раньше 4-х часов пополудни, дабы христиане раньше успели закупить все нужное. Борьба тянулась еще несколько десятилетий, и только на заре эпохи реформации юдофобы могли торжествовать победу: евреи были изгнаны из Регенсбурга в 1519 году.

Конец Средневековья ознаменовался целым рядом изгнаний евреев из германских городов. Старейшие общины двух епископальных городов, Майнца и Магдебурга, были разрушены в это время. Архиепископ Адольф Нассау выселил евреев из Майнца в 1462 году, потом на время вернул, а в 1473 г. окончательно изгнал; синагога была обращена в католическую капеллу. Архиепископ Магдебурга выдворил в 1493 г. еврейскую общину (1400 человек) из предместья этого города, носившего имя Юдендорф, но заставил местный городской совет уплатить выселенцам за дома и оставленное имущество, причем велел отобрать от изгнанников расписку в том, что совет им «честно заплатил» за имущество и что они за это «покорно благодарят милостивого владельца Магдебурга». Чаще изгоняли евреев городские советы, с разрешения феодальных князей или императора. Фридрих III неохотно давал такие разрешения, но при его преемнике Максимилиане (с 1493 года) советы получили большую свободу в деле расправы с евреями. Таким образом, процесс выселения евреев из городов Германии, начавшийся