Д'Алембер вышел из этого испытания несколько потрясенным. Чтобы обеспечить свою личную безопасность, он оговорил, что отныне будет отвечать только за математические статьи. Дидро, однако, был за то, чтобы бороться с цензурой. 12 октября 1752 года он опубликовал, якобы в Берлине и от имени де Прадеса, «Suite de l'apologie» («Продолжение защиты») господина аббата де Прадеса. Ссылаясь на недавнее епископское осуждение диссертации в Сорбонне, он гневно заявляет:

Я не знаю ничего столь непристойного и столь вредного для религии, как эти туманные заявления против разума со стороны некоторых теологов. Послушав их, можно сказать, что люди не могут войти в лоно христианства иначе, чем стадо зверей входит в хлев, и что нужно отречься от здравого смысла, чтобы принять нашу религию или упорствовать в ней. Утверждать такие принципы, повторяю, значит низводить человека до уровня животного и ставить ложь и истину на равную ногу.39

В третьем томе он продолжил косвенные нападки на христианство, обычно прикрывая их признаниями в ортодоксальности. Его статья «Священная хронология» вновь обнажила противоречия в Ветхом Завете и поставила под сомнение точность библейских текстов. В статье о халдеях он подчеркивает их достижения в астрономии, но сетует на их подчинение жрецам. «Бесчестить разум — значит заключать его в узы, как это делали халдеи. Человек рожден, чтобы думать самостоятельно». В статье «Хаос» перечислялись трудности, связанные с идеей творения, и подробно излагались аргументы в пользу вечности материи — с претензией на опровержение. Наряду с такими спорными работами были его прекрасные статьи о коммерции, конкуренции, композиции (в живописи) и комедиантах — то есть актерах. Дидро объяснил, что он не был ни художником, ни знатоком живописи, но был вынужден написать на эту тему, потому что «превозносимый любитель», которому он поручил написать о живописной композиции, представил никчемный фрагмент. Статья Дидро выражает некоторые идеи, которые впоследствии оживили его Салоны. Статья «Комедианты» продолжила кампанию Вольтера за гражданские права актеров.

Третий том получил много похвал, сдерживаемых критикой со стороны иезуитов и «Année litteraire» Эли Фрерона. Новые авторы повысили престиж работы: Дюкло начал принимать участие в IV томе, Вольтер и Тюрго — в V, Неккер и Кесне — в VI. В течение первых четырех лет Вольтер был поглощен или увлечен Германией; теперь (1755), обосновавшись в Женеве, он прислал статьи «Élégance», «Eloquence» и «Esprit» (Интеллект) — все они были украшены элегантностью, красноречием и esprit. Сам Дидро написал для VI тома статью «Энциклопедия», которую некоторые ученые считают лучшим произведением во всей работе. Безусловно, она была одной из самых длинных — 34 000 слов. Он рассказал о трудностях, с которыми столкнулось предприятие, не только от сил, нацеленных на его разрушение, но и от ограниченных средств, недостаточных для оплаты труда авторов и печатников, и от человеческих слабостей авторов, измученных здоровьем и нехваткой времени. Он признал многочисленные недостатки первых пяти томов, которые были выпущены в спешке и трепете; он пообещал улучшения и с некоторым чувством совершил свой собственный акт веры:

Цель энциклопедии — собрать воедино знания, рассеянные по земле, изложить их современникам и передать потомкам, чтобы труды прошлых веков не были бесполезными тех, кто придет, и чтобы наши преемники, становясь лучше образованными, могли в то же время стать более добродетельными и счастливыми, и чтобы мы не умерли, не заслужив добра от рода человеческого.

Он считал «Энциклопедию» ударом для потомков и верил, что потомки его оправдают. Он представлял себе «некую великую революцию, которая приостановила прогресс наук и работу [промышленных] искусств и погрузила во тьму часть мира», и тешил себя надеждами на «благодарность, которую это поколение будет испытывать к людям, которые боялись и предвидели это опустошение и дали приют знаниям, накопленным прошлыми веками». «Потомство, — говорил он, — для философа то же, что «другой мир» для религиозного деятеля».40

Том VII, опубликованный осенью 1757 года, принес новый кризис, худший, чем все предыдущие. Кесне и Тюрго выступили со знаменитыми изложениями физиократической экономики laissez-faire. Луи де Жокур, который теперь был одним из самых частых авторов, написал оскорбительно краткую статью «Франция», в которой большая часть из девятисот слов была посвящена не истории, а недостаткам Франции: опасно крайнему неравенству богатства, нищете крестьян, гипертрофии Парижа и обезлюдению провинций. А в статье «Правительство» Жокур писал: «Величайшее благо народа — его свобода…. Без свободы счастье изгнано из государств». Вольтер написал для этого тома показно эрудированную статью о блуде. Но pièce de rèsistance — по крайней мере, статья, вызвавшая наибольшее сопротивление, — это статья о Женеве, с которой мы уже сталкивались в ее швейцарском окружении. Д'Алембер забыл о своей «нотариальной» осторожности и решимости ограничиться математикой. Он обрушил на свою голову и Женеву, и Париж, представив кальвинистское духовенство как отвергающее божественность Христа.

Гримм сразу же увидел, что эта статья — бестактный промах, и сообщил, что она вызвала бурную реакцию. Один иезуит осудил этот том в проповеди, произнесенной в Версале перед королем. «Утверждают, — писал д'Алембер Вольтеру, — что я восхваляю женевских священников в манере, наносящей ущерб католической церкви».41 5 января 1757 года на короля была совершена попытка покушения. В ответ он возобновил действие старого закона, который приговаривал к смерти авторов, издателей и продавцов книг, оскорбляющих религию или нарушающих государственное спокойствие. Несколько писателей были заключены в тюрьму. Никто из них не погиб, но чувствительный д'Алембер был по понятным причинам напуган. Устрашившись беспорядков, он разорвал связь с «Энциклопедией» (1 января 1758 года). На мгновение он потерял рассудок; он обвинил госпожу де Помпадур в благосклонности к антифилософам и попросил Малешерба подавить их лидера Фрерона. Вольтер убеждал его не уходить в отставку; д'Алембер ответил ему (20 января): «Вы не знаете, в каком положении мы находимся, и как яростно власти настроены против нас…. Я сомневаюсь, что Дидро будет продолжать без меня; но я знаю, что если он это сделает, то готовит себе испытания и беды на десять лет».42 Восемь дней спустя его ужас усилился. «Если они [враги] печатают сегодня такие вещи по прямому приказу власть имущих, то на этом нельзя останавливаться; это означает нагромождение костров вокруг седьмого тома и бросание нас в пламя за восьмой».43 Вольтер уступил д'Алемберу и посоветовал Дидро отказаться от