Свою нетерпимость в делах веры Несторий обнаружил самым решительным образом тем, что на пятый день после своего посвящения распорядился разрушить начатый постройкой арианский храм в Константинополе. Тогда ариане сами подожгли здание, пожар распространился на соседние дома и причинил много бед. Несторию дали прозвище поджигателя.[815] Так как существовавшие с давних пор законы против еретиков пришли в забвение в мягкое правление Аттика и двор был против резких мер за религиозные несогласия, то, очевидно, под воздействием энергичного Нестория издан был 30 мая 428 года общий указ о еретиках на имя префекта Флорентия.[816] Указ начинается с общего положения, что все церкви православных, захваченные еретиками, должны быть отобраны у них и возвращены православным; далее, устанавливается штраф в 10 фунтов золота за поставление нового члена клира еретической общины с того, кто посвятил и кто принял посвящение; в случае их несостоятельности взыскание обращается на общину. Ариане, македониане и аполлинаристы лишаются права иметь церкви в городах; новациане и саббатиане теряют право обновлять свои церкви; монтанисты, присциллиане, донатисты, манихеи и другие перечисленные в указе еретики теряют право молитвенных собраний. Манихеи подлежат изгнанию из городов. Еретики не могут состоять на государственной службе за исключением весьма тягостного наследственного состояния когорталинов, т. е. состава канцелярии при правителях провинций. Все действовавшие раньше постановления, лишавшие еретиков прав дарения и наследования, сохраняются в силе. Еретикам воспрещается крестить и обращать в свою веру как свободных людей, так и рабов, под угрозой штрафа в 10 фунтов золота и ссылки.

Не заключая в себе каких-либо строгостей относительно еретиков, указ своим появлением свидетельствует, что представители администрации нуждались в напоминании о существовавших в законе ограничениях в правах членов разных еретических общин, которые выделились из единого тела Церкви и продолжали в разных местах свое существование.

Свой дух нетерпимости Несторий проявил и в отношении мирных новациан. Но двор сдержал его пыл. Следуя примеру патриарха, епископ города Герм в Геллеспонте, Антоний, начал преследование македониан, и дело велось с такой жестокостью, что македониане в отчаянии убили его. Несторий убедил императора отнять у македониан в наказание их церкви, что и было исполнено.[817]

Человек строгой жизни и ревнитель чистоты христианских нравов, Несторий скоро стал очень непопулярен в среде столичного населения. Он требовал от членов клира и особенно от умножившегося тогда в столице монашества христианской жизни и строго карал проступки. Как некогда Иоанн Златоуст, он запрещал монахам проживать вне своих монастырей и пользоваться удобствами жизни в богатых домах, где им оказывали приют. По свидетельству одного благожелательного к нему сирийского источника, Несторий относился с полным осуждением к всенародным увеселениям и забавам и наложил на них запрет.

Непопулярный в столице, но имевший за себя поддержку двора, Несторий вооружил против себя в самом начале своего патриаршества властного и гордого Кирилла Александрийского — тем, что принял участие в судьбе членов александрийского клира, которые явились в столицу с жалобой на своего патриарха. Он помог им получить аудиенцию у императора, а Кирилл увидал в этом оскорбление себе и воспылал к нему ненавистью. Папа Целестин был также оскорблен Несторием, так как он принял участие в деле членов африканского клира, изгнанных папой и явившихся в Константинополь искать там защиты. Несторий несколько раз писал папе по этому делу, но папа не удостоил его ответа. Враждебность двух патриархов к Несторию создавала для него опасность, которой он вовсе не предвидел. В числе его врагов оказалась впоследствии и Пульхерия. Помянутый выше сирийский источник объясняет вражду Пульхерии личной обидой, которую нанес ей Несторий. При патриархе Сисиннии завелся обычай, что в день Пасхи Пульхерия принимала св. причастие в алтаре вместе с Феодосием. Несторий увидел в этом нарушение церковных правил и отказался допустить Пульхерию в алтарь, заявив, что вход в него имеют только мужчины. С тех пор Пульхерия стала в число его врагов.[818] В своей апологии, написанной много лет спустя, Несторий делает намек на другую причину враждебности к нему Пульхерии. Он не считал ее непорочной, и говорит о себе, что «имел жалость к ее душе, и не хотел обречь в жертву тех, кого она преступно избирала». Не входя в раскрытие этого намека, он объясняет свое умолчание тем, что Пульхерия его любила и потому боролась против него.[819]

Несторий был избран на столичную кафедру ввиду его репутации высокообразованного богослова, и еще в Антиохии он разъяснял в проповедях христианские догматы. Это направление своей проповеднической деятельности он продолжал в столице. Самым близким лицом к патриарху был пресвитер Анастасий, которого он привез с собою из Антиохии и сделал своим синкеллом. Однажды Анастасий в проповеди, которую держал в присутствии патриарха, произнес такие слова: «Пусть никто не называет Марию Богородицей, ибо Мария была человек, а от человека Богу родиться невозможно». Слова эти вызвали большое смущение, и Несторий поддержал высказанное Анастасием положение. Этот случай вызвал большое возбуждение в городе. Пошли споры и разногласия, а Несторий начал с тех пор часто обращаться в своих проповедях к этой теме.[820] В день Рождества Христова при большом стечении народа он дал подробно обоснованное изложение своей точки зрения на этот вопрос. В один из праздников Богородицы выступил со словом возражения против Нестория Прокл, близкий некогда человек к Иоанну Златоусту, который был поставлен Сисиннием в епископы Кизика, но не был принят и проживал в Константинополе.[821] Прокл вызвал к себе большое сочувствие, и Несторий воспылал к нему враждою. Вскоре во время проповеди Нестория на ту же тему речь его прервал резким возражением схоластик, т. е. ритор по профессии, Евсевий, обозвав слова патриарха ложью и богохульством.

Через несколько дней на стенах церкви св. Софии появилось сформулированное обличение Нестория в ереси, причем его учение сближалось с ересью Павла Самосатского, в борьбе с которым церкви оказал некогда помощь имп. Аврелиан.[822] Автором обличения был названный выше схоластик Евсевий. Волнение в столице по делу Нестория разрасталось.[823] Император был на его стороне, но Пульхерия встала на сторону его противников. В отместку враги Пульхерии пустили сплетню о близости ее к Павлину, другу детства императора, с целью бросить на нее тень и тем ослабить ее влияние. Волнение не ограничилось столицей империи. Вопрос о наименовании Девы Марии Христородицей, а не Богородицей, Θεοτόκός, требовал разъяснения тайны слияния Божества