Между 1531 и 1547 гг. император был средоточием всех движений к единству, как и всех религиозных съездов (Шпейер, Хагенау, Вормс, Регенсбург), которые близко подошли к достижению большого компромисса. Усилия таких католиков, как Гроппер и Фельтвик (новообращенный еврей, ученый, преподаватель Лёвенского католического университета), которые выступали в роли богословов - посредников императора, и таких протестантов, как Буцер и Капито, с Меланхтоном за спиной очень помогли уменьшить расхождения во взглядах. В своей готовности создавать благоприятный климат представители католицизма придерживались принципов сдержанности, учтивости, милосердия, рекомендованных Эразмом. Следовало сначала договориться по одному или двум пунктам, а остальные - предоставить решать времени и будущему.

Самые мудрые и спокойные головы в лагере протестантов признавали терпение и религиозную искренность, которые представители императора привносили в диалог. Но надежды на большой компромисс рухнули из-за непримиримости Лютера, тревог Рима и политической оппозиции императору, нарастающей внутри Германии.

Император прилагал большие усилия к тому, чтобы убедить протестантских князей принять участие в Совете. Его не испугало личное унижение, даже такое, какое он испытал на переговорах в Шпейере в марте 1546 г. с Филиппом Гессенским, который был «мозгом» Шмалькальденской лиги. Он еще три раза упрашивал Филиппа приехать на большие религиозные съезды в Шпейере, где заседал рейхстаг, и три раза получал отказ. Аугсбургский религиозный мир был фактически заключен между Фердинандом - братом императора, электорами и князьями. Этот компромисс, который Рим подверг яростным нападкам и отказался признавать, содержал зачатки новых конфликтов, но он также заложил основы (расширенные после Тридцатилетней войны) для большого компромисса, который сделает Священную Римскую империю уникальной в Европе одной большой политической ареной, на которой все конфликтующие христианские вероисповедания могли на законных основаниях существовать рядом друг с другом. Эта ситуация со всеми ее сопутствующими стрессами дала возможность расцвести и обогатиться интеллектуальной жизни в Германии в конце XVIII в., что, в свою очередь, проложило путь для значимого положения в мире и научным достижениям Германии в веке XIX.

Аугсбург дал римскому католичеству и лютеранству равные права как двум полюсам империи, заменив этот старый дуализм папа - император, что отразилось на расположении двойного хора в имперских соборах. Другие религиозные течения (вскоре к ним присоединился кальвинизм) были исключены: немецкие лютеране были склонны бояться других протестантов больше, чем самого дьявола. Более того, право выбирать религию было жаловано только Штатам империи, то есть князьям, аристократам некняжеских родов (Reichsritterschaft) и имперским городам. Подданные должны были следовать вероисповеданию своих правителей: cuius regio ejus et religio. Но подданным, по крайней мере, было дано право переселиться в другую страну -ценное право, в котором им в XX в. часто бывало отказано. Церковные владыки могли лично принимать решения в пользу протестантизма, в каковом случае им уже было невозможно править своими территориями, которые должны были оставаться католическими. Это было условие сохранения существующего порядка на территориях церковных княжеств - источник больших проблем в будущем. В Австрии declaration Ferdinandea (основанная на прецедентах Внутренней Австрии) давала конфессиональную свободу протестантам -подданным церковных правителей.

Официальное отречение Карла от престола как правителя Нидерландов датировано 25 октября 1555 г. в Брюсселе; императорскую корону он передал 23 августа 1556 г. Перед отъездом из Брюсселя Карл официально отчитался о своем правлении: «Я стремился к императорской короне не для того, чтобы править большим количеством государств, а чтобы обеспечивать благосостояние Германии и моих других королевств, добиваться и сохранять мир и гармонию в христианском мире и применять его вооруженные силы для борьбы с турками. Многие заключенные мною договоры были расторгнуты вследствие страстей непримиримых людей. По делам войны и мира я поэтому должен был девять раз ездить в Германию , шесть раз - в Испанию, семь раз - в Италию, десять раз - в Нидерланды, четыре раза - во Францию, дважды - в Англию и столько же - в Африку. Бог - это наш Бог, благодарение Ему даже в несчастье».

«Девять раз в Германию, шесть раз в Испанию». Карл всю свою жизнь пытался реформировать империю. Он хотел сохранить ее федеральную структуру и надеялся создать имперский союз как новую форму организации, регулирующей отношения между королем и князьями, равно как и между самими князьями. Союзы не были чем-то новым для Германии. Во времена Карла они распадались на две большие категории: те, которые, можно сказать, работали на единство империи, и те, которые стремились к ее раздроблению. Первая группа делилась на три типа: союзы вроде Рейнской лиги, целью которой было создание федерации. В ней король был бы просто равным партнером с другими Штатами; союзы Штатов, с которыми король как правитель входил в коалицию; и союзы, которые хотели, чтобы у короля вообще не было бы никакой власти.

Швабская лига, основанная в 1512 г. во время правления Максимилиана, играла важную роль в реформаторских планах Карла. В 1519 г. - году смерти Максимилиана одна только Швабская лига обладала реальной властью, которая распространялась на отдельные территории, и Карл всегда надеялся на то, что эта лига может сохраниться. С другой стороны, существовало Reichsregiment (имперское правительство - нем), которое, согласно планам ведущих князей, должно было превратить империю в аристократическую республику. В качестве Совета императора и Священной Римской империи оно должно было, по их утверждению, осуществлять императорские полномочия и в его присутствии и при его отсутствии давать советы и принимать решения по всем вопросам, затрагивающим империю. Оно должно было состоять из согласованно работающих императора (а в его отсутствие - председателя правительства) и двадцати одного члена правительства. Этот план Карл счел неприемлемым, но компромисс был достигнут на Вормсском рейхстаге 1521 г., согласно которому Reichsregiment должен был действовать только в отсутствие императора и представлять высшую правительственную власть в империи. Император должен был назвать четырех из двадцати одного его члена вместе с вице-королем в качестве главы правительства; и Reichsregiment не должен был входить ни в какие союзы с иностранными державами без согласия императора. В последующие десятилетия Reichsregiment распалось, как и Швабская лига, несмотря на неоднократные попытки Карла возродить его в тридцатых и сороковых годах. Швабская лига соединила вместе самые «демократические» элементы в городах и в среде мелкого дворянства Юго-Западной Германии. Брат Карла Фердинанд Австрийский был более склонен отдавать предпочтение Reichsregiment, так как он полагал, что крупные князья с их властью могли бы более эффективно остановить турок. В начале 1547 г. появляются признаки того, что Карл планирует создать новую организацию, предназначенную обеспечить долгосрочный мир в империи, и