Две попытки, предпринятые Контостефанами, показали, что власть Алексея III является объектом зависти аристократии и что именно из рядов знати исходит самая серьезная угроза его трону. Одним из малозначимых придворных был Иоанн Комнин, заслуженно носивший прозвище Толстый; его мать Мария была дочерью Алексея Комнина – старшего сына Иоанна II, который умер раньше своего отца, так что, если происхождение по женской линии чего-то стоило, младший Иоанн по праву первородства мог претендовать на трон. Он был, безусловно, более близким родственником Мануила I, чем семейство Ангелов. Отец Иоанна Алексей Аксух был важной фигурой при дворе Мануила до тех пор, пока, возможно, незаслуженно не впал в немилость; его дед Аксух был турецким пленным, который стал доверенным помощником Иоанна II. Так как Иоанн Комнин был совершенно не способен составить заговор без посторонней помощи, он был, согласно сделанной, вероятно, после 1259 г. переписчиком записи, орудием в руках Алексея Дука Мурзуфла. 31 июля 1201 г. после тщательного согласования своих планов заговорщики ворвались в Святую Софию, где дали клятву вернуть Византийской империи ее древние границы вопреки валахо-болгарам, сельджукам и латинянам. В то время как толпа буйствовала снаружи и грабила церкви, Иоанн был провозглашен императором и коронован монахом императорским венцом. Затем в сопровождении своих приверженцев – якобы распутных, изнеженных аристократов и толпы, представляющей собой отбросы общества, узурпатор направился на Ипподром, избегая Халки (главного входа в Большой дворец), из страха перед сосредоточенной там охраной. Вместо этого толпа разогнала македонскую стражу, которая заняла императорскую ложу (кафисму) на Ипподроме, и ворвалась во дворец через Карейские ворота под ложей. Оказавшись внутри, чернь разграбила дворец точно так же, как в 1185 г. Претендент уселся всей своей тушей на трон, но он проломился под его весом, и тот в унизительной позе оказался на полу.

Иоанн Комнин не предпринял никаких политических действий, чтобы обезопасить себя, лишь назначил своих приверженцев на самые высокие должности в империи. Когда наступили сумерки, большая часть его сторонников из народа разошлась по домам, намереваясь поутру вернуться, чтобы разграбить богатые столичные дома. Ночью дворец наполнился бандами праздношатающихся солдат, искавших, чем бы поживиться; их особенно интересовали реликвии и драгоценные украшения храмов, находившихся на территории дворца. Николай Месарит – хранитель (скевофилакс) этих храмов – оставил нам яркий рассказ о том, как он защищал храм Богородицы Фаросской (при маяке), где хранились многие драгоценные реликвии, с помощью небольшого отряда охраны, предоставленного узурпатором. Тем временем Алексей III, который тогда жил во Влахернском дворце на другом конце Константинополя, не бездействовал. Собрав вокруг себя своих родственников, он велел отряду под командованием Алексея Палеолога доплыть в небольших лодках по Золотому Рогу до места на Босфоре вблизи монастыря Одигитрии, расположенного чуть севернее Большого дворца. Там этот отряд присоединился к той части императорской гвардии, которая была изгнана из дворца, и вместе они легко расчистили Ипподром от людей узурпатора, которые все еще находились там. Внутри дворца они почти не встретили сопротивления, за исключением его личных слуг. После погони по коридорам Иоанн сдался и был немедленно казнен (ему отрубили голову). Затем последовали охота на его разгромленных приверженцев и их резня. Впоследствии его голова была выставлена на площади, а тело – у южных ворот Влахернского дворца. И хотя, по словам более позднего автора, Алексей сетовал на судьбу, которая привела этого несчастного человека к смерти, это он приказал пытать сторонников Иоанна, чтобы те назвали имена своих сообщников, и те были брошены в тюрьму. В 1203 г. Мурзу фл все еще был за решеткой то ли за это, то ли более позднее преступление.

Таким образом, Алексей III сумел не сдать своих позиций в борьбе с короткими и плохо продуманными мятежами недовольных Контостефанов и Иоанна Комнина. Придворная знать и крупные землевладельцы, которые неоднократно бунтовали против Исаака II, были удовлетворены своим выдвиженцем. Жители столицы, которые были с Исааком в таких тяжелых ситуациях, как восстание Враны, по-видимому, невзлюбили Алексея III, во время правления которого Никита Хониат не упоминает ни о каких работах на общественное благо, ни об особых привилегиях в противовес щедрости Исаака. Тем не менее те, кто был недоволен, нуждались в руководстве и четкой цели. Наверное, Алексей Дука Мурзуфл надеялся сколотить из них фракцию, в которую их объединила бы общая ненависть к латинянам, но это ему не удалось, возможно, из-за нехватки времени. После 1201 г. в столице было спокойно, быть может, благодаря впечатлению, которое произвели победы императора.

В то время как поддержка Алексея III внутри страны оказалась достаточной, чтобы противостоять этим вызовам, он едва держался на плаву в делах с иностранными государствами. Почти сразу же, как он сел на трон, он столкнулся с затруднительной проблемой. В 1191 г. Кипр был захвачен Ричардом Львиное Сердце, который бросил в тюрьму тирана Исаака Комнина. Теперь Амори де Лузиньян освободил его, наверное, в надежде на то, что Исаак создаст проблемы внутри Византийской империи, тем самым мешая ее любым дальнейшим попыткам вновь обрести Кипр. Исаак Комнин немедленно начал писать письма императору и особенно императрице Ефросинье, с которой он состоял в родстве. Исаак был задет, когда Алексей не принял его посланцев как представителей равного ему соимператора и заявил, что умеет править сам и не нуждается в том, чтобы правили им. Было ясно, что если Алексей допустит его в Константинополь, то будут проблемы. Затем Исаак обратился к различным турецким правителям в Малой Азии, предлагая им на выбор имперские провинции, если они сделают его императором. Но даже они знали его слишком хорошо, чтобы рассматривать его предложения. Вскоре после этого он умер, отравленный, по слухам, по приказу Алексея III.

В это же время император столкнулся с огромным множеством других опасностей, чтобы преодолеть которые ему нужно было трудиться больше, чем Геркулес или Давид, как пишет Никита Хониат в одной из своих речей. Стремясь подкупить германцев на Западе, он искал поддержки у таких относительно малозначимых государств, как Армения и постсаладинский Египет, но все его внимание сосредоточилось на двойной проблеме – валахо-болгарской и сельджукской агрессии.

На момент своего свержения Исаак Ангел собирался возглавить поход против валахо-болгарских мятежников, для которого он набрал новую армию и договорился о помощи венгерского войска в надежде компенсировать жестокое поражение Византии в Аркадиополе. Когда Исаак был свергнут, его императрица-венгерка Маргарита-Мария, вероятно, была отправлена в монастырь, и союз с Венгрией закончился. Распустив войска, которые