7 ноября 1917 года Совнарком приказал «гражданину Верховному главнокомандующему» Духонину «обратиться к командованию неприятельских армий с предложением немедленно приостановить военные действия в целях открытия мирных переговоров и непрерывно докладывать о ходе переговоров».

Генерал Духонин не собирался вступать в переговоры с врагом. Он вообще не признавал власти большевиков:

— Полномочного правительства сейчас в России нет. Его ещё надо создать.

Ленин этого стерпеть не мог. В Смольном приняли решение сместить генерал-лейтенанта Духонина и назначить Верховным главнокомандующим прапорщика Николая Васильевича Крыленко, одного из немногих офицеров, давно принявших сторону большевиков. В два часа ночи 9 ноября Ленин, Сталин и Крыленко приехали в штаб Петроградского военного округа на Дворовой площади. Там находились телеграфные аппараты, связывавшие штаб с фронтами. По прямому проводу связались с Духониным.

Ленин продиктовал приказ: «Именем правительства Российской республики, по поручению Совета Народных Комиссаров, мы увольняем вас от занимаемой вами должности за неповиновение предписаниям правительства и за поведение, несущее неслыханные бедствия трудящимся массам всех стран и в особенности армиям. Мы предписываем вам под страхом ответственности по законам военного времени продолжать ведение дела, пока не прибудет в Ставку новый главнокомандующий или лицо, уполномоченное им на принятие от вас дел. Главнокомандующим назначается прапорщик Крыленко».

Ленин приказал Крыленко сформировать боевой отряд из верных большевикам солдат и матросов, выехать на фронт и начать с немцами переговоры о перемирии, а заодно и захватить Ставку.

Получив телеграмму Ленина, генерал Духонин связался с командующими фронтами и сообщил, что не оставит поста и тем более не пойдёт на переговоры о перемирии с немцами. Генерал воспринял назначение какого-то прапорщика главнокомандующим или как неуместную шутку, или как свидетельство полного авантюризма большевиков.

Духонин попытался вразумить подчинённую ему армию. Он обратился к солдатам с требованием продолжать войну и ни в коем случае не вступать в переговоры с врагом:

— Дайте время истинной русской демократии сформировать власть и правительство, и она даст нам немедленный мир совместно с союзниками.

Но вот времени у Духонина не оставалось. Да и армия уже вышла из повиновения. Во все управления военного министерства были назначены комиссары. Приказы считались действительными только в том случае, если они подписаны ещё и комиссаром.

11 ноября Крыленко вместе со своим отрядом отправился на фронт. По радио передавалось его обращение к армии: «Солдаты, продолжайте вашу борьбу за немедленное перемирие. Выбирайте ваших делегатов для переговоров. Ваш Верховный главнокомандующий прапорщик Крыленко выезжает сегодня на фронт, чтобы взять в свои руки дело борьбы за перемирие».

12 ноября Крыленко отдал приказ всем частям на фронте начать переговоры о перемирии. В тот же день его поезд прибыл в Двинск (ныне Даугавпилс), где его встретили революционно настроенные части 5-й армии.

Крыленко объяснил, что у советской власти три врага:

— Первый враг — внешний. Он не опасен, с ним будет заключено перемирие. Второй враг — голод, о предотвращении которого заботится правительство народных комиссаров. Третий враг — контрреволюционный командный состав, возглавляемый корниловцем Духониным. С ним будет самая жестокая борьба!

13 ноября Крыленко выделил троих парламентёров, которые свободно говорили по-немецки и по-французски, для переговоров с немцами. Он сам находился в окопе и видел, как парламентёры перешли через линию фронта и вручили немцам документы, подписанные народным комиссаром по военным и морским делам и главнокомандующим Крыленко.

14 ноября в начале первого ночи командование немецких войск на Восточном фронте согласилось немедленно вступить в переговоры о перемирии. Договорились, что переговоры начнутся в городе Брест-Литовске, где располагалась ставка, командующего немецким фронтом. Время начала переговоров — 19 ноября в полдень. Немцы любезно предоставили советской делегации поезд, чтобы она могла прибыть вовремя в Брест-Литовск.

Крыленко велел Ставке приказать всем войскам немедленно прекратить перестрелку по всей линии фронта: «Я требую, чтобы с момента подписания перемирия ни одна пуля не просвистела в сторону противника. Я требую, чтобы условия заключённого договора исполнялись свято. Всякий, кто бы ни был, от генерала до солдата, кто осмелится нарушить мой приказ, будет немедленно предан на месте революционному суду».

Ставка отказалась выполнить его распоряжение. Генерал Духонин информировал союзнические военные миссии: «Со своей стороны, до решения вопроса о перемирии и мире полномочной центральной правительственной властью в согласии с союзными державами я приму все доступные для меня меры, дабы не нарушить союзных обязательств».

14 ноября Крыленко своим приказом объявил Духонина врагом народа «за упорное противодействие исполнению приказа о смещении и преступные действия, ведущие к новому взрыву войны». Поезд Крыленко с солдатами Литовского полка и моряками-балтийцами двинулся в сторону Могилёва.

Духонин хотел перевести Ставку в Киев. Но Центральная рада ответила отказом, заявив, что Киев «мало пригоден по техническим условиям». Генерал оказался во враждебном окружении. Когда поезд Крыленко уже приближался к городу, 19 ноября, военно-революционный комитет Могилёва заявил, что признаёт единственно законным и народным, выдвинутым самой революцией Верховным главнокомандующим русской армии комиссара ныне существующего правительства прапорщика Крыленко.

Никто не пришёл на помощь Духонину. Охранявший Ставку батальон георгиевских кавалеров тоже перешёл на сторону ревкома. Духонину было объявлено, что он помещается под домашний арест. Он не хотел устраивать братоубийственного сражения между солдатами российской армии и приказал находившимся в Могилёве ударным батальонам покинуть город.

Духонин горько сказал:

— Я имел и имею тысячи возможностей скрыться. Но я этого не сделаю. Я знаю, что меня арестует Крыленко, а может быть, даже расстреляет. Но это смерть солдатская.

Смещённого генерала держали под арестом в салон-вагоне главнокомандующего. 20 ноября эшелоны Крыленко прибыли на станцию Могилёв.

«Судьба Духонина была решена. Дальнейшее известно. Духонин был растерзан. Ставка взята, и весь технический аппарат командования был в руках новой власти», — удовлетворённо писал в своих воспоминаниях Крыленко.

Произошло это так. Вечером 20 ноября собравшиеся на станции солдаты и матросы потребовали, чтобы Духонин вышел к ним. Он вышел, и озверевшая толпа бросила генерала на поднятые штыки. Крыленко предпочёл не противиться «народному гневу».

Писатель Георгий Адамович вспоминал в эмиграции, как в 1918 году на литературном вечере в Москве поэт Владимир Пяст прочитал стихотворение об убийстве генерала Духонина. Причём сделал это в присутствии наркома просвещения Анатолия Васильевича Луначарского.

В стихотворении говорилось о Крыленко, и кончалось оно строчками, которые Пяст прочёл сквозь зубы, с ненавистью в упор глядя на Луначарского:

Заплечный мастер! — иначе палач,

На чьих глазах растерзан был Духонин.

Нарком Луначарский встал и сказал:

— Нет, господа (сказал «господа»!), это невозможно, ну что это за выражение! Ну разве можно! Товарищ Крыленко — видный революционный деятель,