Сразу после терактов президент Буш и его совет по национальной безопасности (включая директора Центральной разведки Джорджа Тенета, государственного секретаря Колина Пауэлла, министра обороны Дональда Рамсфельда, советника по национальной безопасности Кондолизу Райс и вицепрезидента Ричарда Чейни) согласились с тем, что Соединенным Штатам, вероятно, придется атаковать Аль-Каиду — наиболее вероятных исполнителей теракта — и Афганистан. Они подозревали, что при этом придется свергнуть режим талибов. Райс пишет в своих мемуарах, что через несколько часов после нападения «мы все знали, что результатом будет объявление войны талибам и вторжение в Афганистан». В то время мало кто из американцев различал АльКаиду и Талибан.

Тем не менее, Буш еще не был готов к смене режима. Он решил выдвинуть ультиматум, чтобы дать талибам шанс отступить, хотя и сомневался, что они подчинятся. Идея внезапного нападения была ему неприятна, особенно если учесть, что он пытался сохранить высокие моральные принципы. 12 сентября он сказал своему Совету национальной безопасности, что Талибан должен сдаться или выгнать всю организацию Аль-Каида, если он не хочет войны с США. Буш подождал бы с публичным выдвижением ультиматума до тех пор, пока это требование не было бы передано талибам в частном порядке. Решение Буша давало возможность вести переговоры с талибами. Если бы они согласились выдать бин Ладена, Соединенные Штаты могли бы оставить режим на месте. В ретроспективе такое решение могло бы предотвратить вторжение США в Афганистан и последующие годы войны.

Одним из первых шагов администрации был разговор с Пакистаном. Из-за своего расположения и связей с Талибаном Пакистан был бы незаменимым союзником. Госсекретарь Колин Пауэлл и его заместитель Ричард Армитедж немедленно оказали давление на президента Парвеза Мушаррафа с целью заставить его изменить политику Пакистана и предоставить военную и дипломатическую помощь в борьбе с талибами и Аль-Каидой. 12 и 13 сентября Армитедж и Пауэлл изложили ряд требований генералу Махмуду, директору ISI (пакистанской военной разведки), и президенту Мушаррафу: Преследовать «Аль — Каиду», закрыть границу для «Аль-Каиды», сократить финансирование «АльКаиды», предоставить Соединенным Штатам право на базирование и пролет, позволить Соединенным Штатам доступ к базам и границам Пакистана, обмениваться разведданными, осудить и пресечь внутреннюю поддержку терактов 11 сентября, прекратить поставки топлива и добровольцев талибам, и, наконец, прекратить поддержку талибов, если они укрывают «Аль-Каиду». Впечатленный тем, что мстительная Америка может напасть на его собственный режим, Мушарраф согласился на эти требования. Он якобы встретился со своими ключевыми генералами в главном штабе армии 12 сентября перед разговором с Армитиджем и Пауэллом и сказал им, что «США отреагируют как раненый медведь и нападут на Афганистан». Пакистан, посоветовал он своим генералам, должен будет отвернуться от Талибана, по крайней мере, на время.

Мушарраф пытался сохранить влияние Пакистана в Афганистане, поощряя талибов к переговорам с США и одновременно предоставляя Соединенным Штатам необходимый военный доступ. В последующие недели он ограничил пакистанскую военную поддержку талибов. Генералу Махмуду и Межведомственной разведке нравились талибы. Махмуд поставлял оружие и советников для войны талибов против Северного альянса. Он сказал Абдул Саламу Заефу, послу Афганистана в Пакистане: «Мы… знаем, что нападение на Афганистан со стороны Соединенных Штатов… кажется все более вероятным…. кажется все более вероятным. Мы хотим заверить вас, что вы не будете одиноки в этом джихаде против Америки. Мы будем с вами». Несколько недель спустя Мушарраф сменил Махмуда и отозвал главных офицеров ISI с Талибана. До конца 2001 года в Межведомственной разведке царил раскол. Некоторые офицеры помогали Соединенным Штатам в военных операциях. Другие поставляли талибам оружие, боеприпасы, новобранцев и советников.

Несмотря на обструкционистов из ISI, Мушарраф оказал давление на талибов, чтобы они выдали бин Ладена. Мулла Омар не был заблаговременно проинформирован о нападении 11 сентября. Бен Ладен проигнорировал указание Омара консультироваться с ним по поводу любого международного теракта. По словам министра иностранных дел Талибана Вакиля Ахмеда Мутавакиля, многие талибы симпатизировали бен Ладену и арабам, но другие ставили под сомнение его нападения на другие страны с афганской земли. До 11 сентября совет министров Талибана снова и снова подчеркивал, что эти гости не должны делать ничего подобного. После 11 сентября талибы публично осудили теракты и заявили, что виновные должны быть привлечены к ответственности. Тем не менее, Омар продолжал укрывать бин Ладена. Перед своим смещением директор ISI Махмуд вызвал к себе муллу Омара. На встрече Омар согласился послать эмиссара к бин Ладену с просьбой о его добровольном уходе. Затем Омар сказал Пакистану, что готов выдать бин Ладена третьей стране. Соединенные Штаты отказались, желая, чтобы бин Ладен был передан напрямую.

Другим человеком в Пакистане, искавшим сделку с талибами, был Роберт Гренье, глава ЦРУ в Пакистане. 15 сентября он встретился с командиром южной зоны Талибана муллой Османи. Османи был готов отдать бин Ладена, но не понимал, как это можно сделать. Он сказал, что афганцы будут настолько разгневаны, что выступят против талибов. Гренье все же убедил Османи попросить муллу Омара выдать бин Ладена, чтобы избежать вторжения США.

Пока Гренье пытался открыть канал связи, Буш выдвинул свой ультиматум в речи перед Конгрессом 20 сентября. Он призвал талибов выдать бин Ладена и «Аль-Каиду» или разделить их участь. Несколькими днями ранее Конгресс предоставил Бушу полномочия использовать «всю необходимую и подходящую силу» против тех, кто стоял за атаками 11 сентября, или их сторонников.

В день ультиматума Буша религиозные ученые Талибана собирали большой совет в Кабуле. Ученые постановили, что если Соединенные Штаты вторгнутся в Афганистан, то джихад будет обязательным до тех пор, пока Соединенные Штаты не будут вытеснены. Это постановление станет главным оправданием войны против Соединенных Штатов на следующие 20 лет. Оно дало возможность лидерам Талибана призвать всех афганцев подняться и сражаться с Соединенными Штатами в качестве религиозного долга.

Совет также рассмотрел вопрос о бин Ладене. Омар все еще сопротивлялся требованиям США. Он уже заявил делегации пакистанских религиозных ученых, что «выдача Усамы станет позором для нас, а для исламской мысли и веры — слабостью». Он был убежден, что Соединенные Штаты не «потерпят Исламский эмират или любое другое выражение правления по исламскому закону», и утверждал, что выдача бин Ладена не положит конец американским планам и необоснованным требованиям. Итогом Кабульского совета стала просьба к мулле Омару попросить бин Ладена покинуть Афганистан.

На следующий день Омар отверг совет и отказался от ультиматума Буша. Омар заявил, что бин Ладен не совершал терактов. В качестве дополнительного оправдания Омар