Махно в район григорьевского мятежа представители были перехвачены властями, окончательное определение махновцами своего отношения к Григорьеву затянулось до конца мая. В своём воззвании „Кто такой Григорьев?“ Махно подверг сокрушительной критике „Универсал“ мятежников: „Братья! Разве вы не слышите в этих словах мрачного призыва к еврейскому погрому?! Разве вы не чувствуете стремления атамана Григорьева порвать живую братскую связь революционной Украины с революционной Россией?“. При этом Махно возложил ответственность за случившееся на действия большевистских властей: „Мы должны сказать, что причины, создавшие всё движение Григорьева, заключаются не в самом Григорьеве. <…> Всякое сопротивление, протест и даже самостоятельное начинание душились чрезвычайными комиссиями. <…> Это создало в массах озлобление, протест и враждебное настроение к существующему порядку. Этим воспользовался Григорьев в своей авантюре. <…> Требуем к ответу коммунистическую партию за Григорьевское движение“.

Однако уже 25 мая Совет обороны Украины по указанию Ленина и Троцкого принял решение „ликвидировать махновщину в сжатые сроки“. Приказом от 4 июня 1919 года Украинский фронт и Украинская советская армия были расформированы, причём 2-я Украинская армия была преобразована в 14-ю армию РККА и оставлена в составе Южного фронта. 7 июня 14-ю армию возглавил К. Е. Ворошилов.

6 июня председатель РВСР Л. Д. Троцкий издал приказ, в котором объявил начальника 7-й Украинской советской дивизии Н. И. Махно вне закона „за развал фронта и неподчинение командованию“.

Его начальник штаба и семь командиров были расстреляны. Махно с наиболее преданными сторонниками скрылся, в то время как большинство махновцев продолжили бои с белыми войсками в составе 14-й армии.

После поражения григорьевского восстания атаман Григорьев с остатками своих отрядов встретился с махновцами в селе Камышоватое Елисаветградского уезда, рассчитывая на поддержку Махно. В ходе переговоров Махно настоял на объединении отрядов. Григорьев стал командующим объединёнными вооружёнными силами, а Махно — председателем революционного совета. Григорьев, таким образом, вошёл в подчинение Махно. Был создан новый штаб „партизанско-повстанческой армии“, в который вошли преимущественно махновцы.

Летом 1919 года повстанческая бригада, развёрнутая в стрелковую дивизию РККА, была разгромлена деникинцами, после чего остатки повстанцев отошли в Херсонскую губернию.

В середине сентября 1919 года подразделения повстанческой армии, насчитывающие до 20000 бойцов и большой обоз с ранеными, были вытеснены под Умань, где столкнулись с подразделениями Армии Украинской Народной Республики. Так как обе стороны не проявили враждебности друг к другу, было принято решение приступить к переговорам о начале военного сотрудничества. 20 сентября в штабе армии УНР в Жмеринке по итогам переговоров было подписано соглашение о сотрудничестве, по которому:

• стороны обязались совместно бороться против белогвардейцев;

• армия УНР передавала РПАУ 125000 патронов бесплатно и ещё 575000 патронов за 50000 карбованцев;

• для отдыха и реорганизации РПАУ ей предоставлялась территория в районе села Текуча (южнее Умани);

• РПАУ передавала в военные госпитали УНР более 3000 своих раненых и больных бойцов.

21 сентября Махно приказал своим подразделениям перегрупироваться так, чтобы быть готовыми к совместным с УНР боевым действиям против белогвардейцев. Однако уже к 25 сентября повстанческие части фактически попали в окружение в районе Ольшанка — Островец — Роговая и потеряли связь с войсками УНР. Через несколько дней активных боёв махновцы прорвали окружение под Перегоновкой и начали пробиваться на Екатеринославщину.

По данным начальника штаба Махно Виктора Белаша, армия Махно осенью 1919 года, находясь в тылу Вооружённых сил Юга России, состояла из четырёх корпусов. 1-й Донецкий имел 15500 штыков, 3650 сабель, 16 орудий и 144 пулемёта; 2-й Азовский — 21 000 штыков, 385 сабель, 16 орудий и 176 пулемётов; 3-й Екатеринославский — 29 000 штыков, 5 100 сабель, 34 орудия и 266 пулемётов; 4-й Крымский — 17 500 штыков, 7500 сабель, 18 орудий и 154 пулемёта. В резерве штаба армии находились: пулемётный полк (700 пулемётов), бригада кавалерии (3000 сабель), обозные войска, трудовые полки, комендантские роты и эскадроны общей численностью 20 000 человек. Всего армия имела 103 тыс. штыков, 20 тыс. сабель, 1435 пулемётов, 84 орудия. Махновские формирования состояли из пехотных и конных полков, большинство из частей были сформированы в соответствии с красноармейскими штатами и реорганизации не подвергались. Новые полки создавались по их образцу.

В решающий момент наступления белых на Москву полки Революционной повстанческой армии Украины под командованием Нестора Махно нанесли удар по тыловым частям и складам боеприпасов ВСЮР. В своих воспоминаниях А. И. Деникин писал:

„В начале октября в руках повстанцев оказались Мелитополь, Бердянск, где они взорвали артиллерийские склады, и Мариуполь — в 100 верстах от Ставки (Таганрога). Повстанцы подходили к Синельникову и угрожали Волновахе — нашей артиллерийской базе. <…> Для подавления восстания пришлось, невзирая на серьёзное положение фронта, снимать с него части и использовать все резервы. <…> Это восстание, принявшее такие широкие размеры, расстроило наш тыл и ослабило фронт в наиболее трудное для него время“.

В 1920 году Махно вновь вступил в конфликт с большевиками, но отверг предложения Врангеля о создании союза; в сентябре 1920 года последовало очередное примирение батьки с красными, далее — участие в крымской кампании.

Осенью 1920 конный корпус РПАУ под командованием Семёна Каретника принял участие в боях за Крым на стороне Красной армии. В ночь на 8-е ноября кавалерийская бригада повстанцев и пулемётный полк на тачанках по дну форсировали Сиваш и, разбив конный корпус генерала Барбовича под Юшунью и Карповой Балкой, вышли в тыл войскам Врангеля, оборонявшим Перекопский перешеек, что способствовало успеху всей Крымской операции. Командовавший обороной Крыма генерал А. П. Кутепов не смог сдержать наступления, и части Красной армии заняли Крым.

Но независимая и антибольшевистская позиция махновцев не могла удовлетворять правительство Советской России. Уже 24 ноября после приказа Командующего южным фронтом М. В. Фрунзе на Перекопском перешейке были поставлены заградотряды. На уничтожение махновцев были брошены крупные силы Красной армии — 5 регулярных армий, всего более 350 тысяч личного состава с бронепоездами, броневиками, артиллерией и авиацией (по непроверенным источникам). Таким образом, после победы над белогвардейцами в Крыму Махно отказался вступить в состав Красной армии, за что большевики уничтожили практически все его войска.

Почти год Махно уходил от преследования, совершая рейды по юго-восточной Украине и южной части РСФСР. 18 июня 1921 под Недригайловом армия Махно потерпела окончательное поражение от красных. К концу лета 1921-го махновцы перестали существовать как организованная сила. Сам Махно, с трудом избежав гибели, ушёл с семьёй и небольшим вооружённым отрядом верных ему повстанцев в Румынию и там был интернирован.

Партия социалистов-революционеров (эсеров) была самой многочисленной по числу своих членов в период между двумя революциями 1917