Немногочисленные серьезные исследования обстановки в Бухаре, проведенные в начале XX века, единодушно осуждали правление эмира и предлагали, чтобы Россия приняла гораздо более активное участие в управлении этой страной. В конце 1890-х годов подполковник, а позднее генерал-майор М.В. Грулев из русского Генерального штаба сетовал, что спустя целое поколение существования русского протектората трудно было отыскать в Азии более нищую страну, чем Бухара. Болезни, пороки и коррупция были здесь скорее правилом, чем исключением. Грулев утверждал, что России давно пришло время заставить эмира провести реформы под ее руководством. Первостепенными шагами в списке необходимых реформ, по мнению Грулева, были составление регулярного бюджета и преобразование армии во вспомогательные местные силы под командованием русских офицеров по англо-индийскому образцу.

Изучавший бухарскую экономику А. Губаревич-Радобыльский, который на рубеже веков прожил в ханстве шесть лет, подчеркивал тот факт, что правительство эмира ничего не тратит на нужды страны и ее жителей, будь то орошение, дороги, образование или что-то другое. Даже траты эмира на содержание собственного двора, что можно было бы считать непрямым способом возврата части налогов в экономику, были не слишком большими. Он просто копил свое постоянно растущее состояние, и, таким образом, ежегодно из хождения изымались значительные суммы денег. Губаревич-Радобыльский сетовал, что политике России в отношении ее протектората недостает ясного понимания интересов бухарского народа. Из-за того что политический агент был перегружен большим количеством разнообразных обязанностей, он не мог выполнять их эффективно. Губаревич-Радобыльский предлагал заменить его военным представителем, подотчетным генерал-губернатору Туркестана. Такой представитель мог бы обеспечить активное руководство бухарским правительством как во внутренних, так и во внешних делах. Одной из его главных задач стало бы составление проекта государственного бюджета, в котором 20 % от всех доходов направлялось бы на общественные работы и образование. Предложения Губаревича-Радобыльского в значительной степени опирались на отклоненные предложения политического агента Лессара и генерал-губернатора Вревского, внесенные еще в начале 1890-х годов.

Несомненно, самым влиятельным, хотя определенно не самым оригинальным, проницательным и достойным доверия критиком ситуации в Бухаре в начале XX века был полковник Д.Н. Логофет, служивший в Отдельном корпусе пограничной стражи на амударьинской границе и проживший в ханстве более десяти лет. С 1907 по 1913 год Логофет опубликовал четыре книги и по меньшей мере два ряда статей о Бухаре, которые, наряду с большим количеством дезинформации, содержали много ценной информации, причем вся она подавалась в русле сильного предубеждения автора в пользу радикального вмешательства России во внутренние дела Бухары. Писавший после установления в 1906 году в России квазиконституционного режима, Логофет первым сформулировал общее обвинение в отношении ситуации в Бухаре и русской политики в протекторате. Его первая книга, вышедшая в 1909 году в Петербурге под сенсационным заголовком «Страна бесправия», оказала большое влияние на русскую читающую публику, а также на правительственные круги.

Логофет заявлял, что в Бухаре Россия защищает и продлевает существование системы «дикого деспотизма [и] полного беззакония», благодаря которой три миллиона человек держат в положении «несравнимо худшем, чем крепостных». Он рисовал шокирующую, но едва ли преувеличенную картину угнетения, коррупции и произвола бухарской административной и законодательной систем, безразличия правительства к нуждам страны и ее жителей; систему во главе с эмиром и чиновниками, которые заботятся только о своем обогащении за счет народа. Логофет критиковал русское Министерство иностранных дел за невмешательство и даже поддержку престижа эмира. Как и Грулев до него, Логофет указывал, что подарки эмира тем русским, которые ответственны за ведение дел с Бухарой, являются препятствием для проведения реформ.

Логофет предлагал, чтобы русская Дума, которой он посвятил «Страну бесправия», встала во главе проведения базовых реформ в Бухаре, с тем чтобы в ближайшем будущем подготовить эту страну к присоединению к России. Логофет особенно подчеркивал необходимость пересмотра договора 1873 года с целью перевода Бухары под прямой контроль России и учреждения в ханстве русской гражданской администрации, которая заберет управление страной из рук эмира и беков. Начальник этой новой администрации, подотчетный генерал-губернатору Туркестана, заменит политического агента и будет иметь в подчинении русских чиновников как на общенациональном уровне, так и на уровне отдельных бекств, а также выборных местных чиновников на уровне районов. Русская администрация должна будет заниматься сбором всех налогов и размещать эти деньги в филиалах русского казначейства, которые следует открыть по всему ханству, и ежегодно выделять необходимые средства на содержание двора эмира, духовенства и местных школ, а также на проведение общественных работ. Необходимо будет безотлагательно уделить внимание развитию дорожной и железнодорожной сетей, а также почтовой и телеграфной служб. Законодательная система должна быть реформирована по образцу русского Туркестана с местными судами для бухарцев, русскими мировыми судами во всех крупных городах и окружным судом в Бухаре. Бухарскую армию должны заменить местные войска под командованием русских офицеров, как предлагал Грулев. Наконец, Логофет предлагал активизировать колонизацию Бухары русскими и продвигать освоение неиспользуемых сельскохозяйственных земель в ханстве. В результате Бухара должна была превратиться в область русского Туркестана, а эмир – стать всего лишь номинальной фигурой.

В 1911 году Логофет включил свои критические замечания и предложения по проведению реформ в более обширный труд под сухим названием «Бухарское ханство под русским протекторатом». Он утверждал, что обеспокоен моральными обязательствами России перед трехмиллионным народом ее протектората, однако в двух главных своих работах беспокоился больше об угрозе престижу России, которую представляла проводимая Министерством иностранных дел политика укрепления власти эмира, а также об ограничении прав русских свободно использовать и колонизировать ханство, которые следовали из политики сохранения бухарской автономии.

Князь В.И. Масальский, последний из русских, подробно описавших Бухару до революции 1917 года, в значительной мере полагался на Логофета, что касалось фактического материала, и разделял его точку зрения. Масальский сожалел, что политическое агентство, подчинявшееся Министерству иностранных дел, поддерживало взгляд на Бухару как на иностранную державу, тогда как на самом деле она являлась всего лишь «частью империи, управлявшейся наследственным эмиром». Масальский называл «ненормальным» существование Бухары и Хивы как «полунезависимых ханств» и призывал незамедлительно принять шаги по распространению благодати русского правления и русской культуры на эти два протектората.

После появления «Страны бесправия» либеральные русские мусульмане, удрученные сопротивлением, которое оказывал всем реформам Абдул-Ахад, начали открыто критиковать положение дел в ханстве. 3 мая 1909 года на первой странице бакинского сатирического журнала «Мулла Насреддин» появилась карикатура, изображавшая эмира и кази-калана, удерживавших овцу с надписью «Благородная Бухара», которую стриг европеец. В 1910 году либеральная оренбургская мусульманская газета «Вакт» («Время») напечатала несколько нелицеприятных статей о ситуации в Бухаре. В