Еще одним фактором, заставлявшим Мюррей чувствовать себя уязвимой, было ее политическое прошлое: она работала в ряде организаций, отнесенных Комитетом по антиамериканской деятельности Палаты представителей к коммунистическим. Из-за этого, подавая заявление на должность в Корнельский университет, она решила представить шестистраничный меморандум, в котором подробно излагались "важные данные о моем происхождении и организационных связях, которые могут быть полезны вам в случае, если Государственный департамент потребует проверки лояльности всех потенциальных сотрудников". Она заявила, что в каждом случае занимала антикоммунистическую позицию.

В 1956 году Мюррей написала семейные мемуары под названием "Гордые ботинки". Ее тон, утверждает Сара Азарански в своем исследовании жизни и творчества Мюррей, бросает вызов обвинениям в том, что у нее были коммунистические связи "или что она была нелояльна к американскому правительству и идеалам американской демократии". Однако, добавляет Азарански, "проект Мюррей можно прочесть и как глубоко апологетический.... Вместо того чтобы поставить под сомнение использование государством подозрительности для дискредитации людей, участвующих в борьбе за свободу... Мюррей приложила немало усилий, чтобы показать, что она не заслуживает подозрений".

В Гане Мюррей была несчастна. Она никогда раньше не покидала США и находилась вдали от самого близкого ей человека: Ирен Барлоу, известная как Рене, которая была на три года моложе Мюррей. Высокая, утонченная и белая", - отмечает Розалинд Розенберг в биографии Мюррей, - "Барлоу, казалось, имела мало общего с Мюррей". По сравнению с Барлоу Мюррей говорила, что чувствует себя "бродягой, пикси!". Но они оба прожили "тяжелую жизнь" и разделяли епископальную веру. Они не жили вместе в одном доме, но их союз был глубоким и дал Мюррей "направляющую руку" и "духовные объятия", которых она так жаждала. Она писала длинные и вдумчивые письма Рене из Ганы.

Многие аспекты жизни в Гане были для Мюррей невыносимы. Ее дом все еще строился, и ей пришлось жить в месте с "невыносимой жарой, вредными запахами и вездесущими насекомыми". Она поддерживала связь с посольством США под руководством посла Уилсона Флейка и общалась с Эрлом Линком, афроамериканцем из персонала, который был известен в Гане своим "превосходным и рокочущим басовым голосом". Но ей было нелегко вписаться в большую общину афроамериканцев, которые переехали в Аккру в поддержку доктора Нкрумы и независимой Ганы.

В 1960 году Мейда Спрингер путешествовала по Африке в рамках своей работы в AFL-CIO и остановилась в Аккре, чтобы повидаться с Мюрреем. Она была встревожена тем, что обнаружила: Мюррей сказала ей, что живет в полицейском государстве и хочет уехать. Спрингер защищала Нкруму, утверждая, что в этот момент деколонизации необходимо делать поблажки, но Мюррей не согласилась. Позже Спрингер сказала своему биографу: "Мое страстное отношение к Африке она, конечно, не разделяла. Она была слишком хладнокровной и интеллектуально ищущей и не желала идти ни на какие компромиссы в отношении недемократических практик в Африке".

Мюррей считала, что Нкрума становится диктатором, и боялась, что ей грозит арест, поскольку она проводила время с представителями политической оппозиции, в том числе с Джей Би Данкуа. Она позаботилась о том, чтобы Эрл Линк, ее ближайший контакт в посольстве США, знал, где она находится, когда бы она ни покинула столицу, на случай, если ее нужно будет спасать. В качестве меры предосторожности она отправила все свои конспекты лекций в ЦРУ через Линка в качестве доказательства против любых обвинений в том, что она стремится прозелитизировать своих студентов. Похоже, что Линк был не просто связным ЦРУ, но и агентом ЦРУ под прикрытием своей работы в посольстве.

Мюррей свободно рассказала о своем несчастье Ллойду Гаррисону-младшему, корреспонденту New York Times, освещавшему события в Западной Африке, который был сыном ее наставника в юридической профессии. Она рассказала ему, что человек, с которым она общалась в посольстве США, был агентом ЦРУ. Если она призналась Гаррисону, что общалась с афроамериканским агентом ЦРУ (о чем Гаррисон сообщил чиновникам Госдепартамента), - замечает Кевин Кей Гейнс в книге "Американские африканцы в Гане", - она могла быть чем-то большим, чем невольным помощником". По крайней мере, Мюррей отстаивала американское влияние в Гане с упорством, которое делало ее полезной для тех, кто занимался сбором разведданных". Эта стойкость привела к тому, что в июне 1960 года она вступила в поддерживаемое ЦРУ Американское общество африканской культуры (AMSAC).

Мюррей и Нкрума были неординарными, мужественными личностями с блестящим интеллектом и глубокой социальной озабоченностью. И в Аккре, недалеко от дома друг друга, они оба часто слушали любимую западную классическую музыку. Особое удовольствие Мюррей доставляли "Патетика" Бетховена и различные сонаты Брамса, о чем она писала в своих письмах к Рене. Нкрума, в свою очередь, часами слушал "Творение" Гайдна или "Мессию" Генделя. Он часто просил Женевьеву Маре слушать вместе с ним, часто по телефону, включив музыку на максимальную громкость.

Неприязнь Мюррей к Нкруме не уменьшилась даже после того, как она покинула Гану. Его попытки добиться гегемонии или лидерства над различными странами провалились. На мой взгляд, он был настоящей трагедией", - заявила она в интервью 1976 года для коллекции Южной программы устной истории. Возможно, это было неудачно, - добавила она, - что он провел столько лет в Соединенных Штатах и получил представление о том, что такое иметь большую страну, объединенный субконтинент и власть субконтинента. Мне часто казалось, что его пребывание в Соединенных Штатах оказало огромное влияние и способствовало появлению этой навязчивой идеи о Соединенных Штатах Африки".

Лумумба, по словам Мюррея, был протеже Нкрумы. Это было точное утверждение в том смысле, что Нкрума выступал в роли наставника молодого человека, но по замыслу Мюррей оно должно было навести на мысль о чрезмерной и бездумной преданности со стороны Лумумбы. Она также ссылается на слухи о том, что "он, Нкрума, чуть не лишил страну денег, чтобы помочь Лумумбе установить господство в тогдашнем Конго".

Мюррей посетила Конго в середине июня 1960 года, незадолго до обретения независимости. Причиной ее визита было "получение информации для правительства Ганы о том, как безопасно спасти группу южноафриканцев, которым грозил арест за их участие в протестах против апартеида", - пишет Розенберг, используя дневник Мюррей в качестве источника. Визит был "опасным и трудным", добавляет Розенберг. Более подробная информация об этом визите не найдена.

По мнению историка Эбере Нваубани, в 1958 году Вашингтон был вполне обоснованно настроен по отношению к Нкруме. Его раздражал его шаг "в сторону активной, ориентированной на Африку внешней политики, а также сопутствующая ему риторика",