1918 года произошло ключевое событие в продвижении чехословацкого легиона в Поволжье. Отрядом корпуса при поддержке местного подполья была захвачена Самара, которая стала политическим центром антисоветского движения на Востоке России летом-осенью 1918 г. Образованное здесь правительство (Комитет членов Учредительного собрания — КОМУЧ — во главе с эсером В. К. Вольским, И. М. Брушвитом, П. Д. Климушкиным, И. П. Нестеровым и Б. К. Фортунатовым) декларировало восстановление основных демократических свобод, разрешило деятельность рабочих и крестьянских съездов, фабзавкомов, установило 8-часовой рабочий день (с 4 сентября 1918 года) и приняло Красный государственный флаг. Между тем установившийся режим в городе сложно было назвать демократическим.

После взятия Самары войсками чехословацкого корпуса и местными «добровольцами» было расстреляно 100 красноармейцев и 50 рабочих. Красные почти не оказывали сопротивления: убегали по улицам или прятались по дворам. Жители, высыпавшие из домов, выволакивали красных и передавали чехам с разными пояснениями. Некоторых чехи тут же пристреливали, предварительно приказав: «Беги!» — вспоминал полковник В. О. Вырыпаев. В городе зверски были убиты председатель ревтрибунала Ф. И. Венцек (согласно воспоминаниям Н. Л. Минкиной, прежде чем его стали избивать, с него предварительно сняли краги), заведующий жилищным отделом горисполкома большевик И. И. Штыркин и другие советские руководители. Тем не менее части руководства удалось спастись. Председатель Самарского Совдепа т. Куйбышев В. кое-как спасся от расправы, убежавши из клуба (где весь актив находился) через крыши. Председатель губкома ВКП (б) Хатаевич был ранен во время бегства, скрываясь у товарищей. Затем был найден белогвардейцами и зверски изувечен. Тов. Шверник, работавший до этого в Самаре, тоже случайно спасся. Сотни коммунистов и сочувствующих рабочих было перебито зверски.

В самарском издании 1929 года приведены некоторые примеры городских расправ:

«В соборном саду убит организатор красноармейских отрядов Шульц. У здания окр. суда чехами расстрелян выданный толпой член мусульманск. КГІ Аббас Алеев (согласно воспоминанию А. С. Бешенковского, у здания окружного суда его голову рассёк шашкой офицер). По настоянию мешочников пристрелен на углу Предтеченской и Николаевской ул. председатель контрольно-реквизиционного бюро П. М. Шадрин. На углу Панской и Шихобаловской улиц убит разрывной пулей в затылок слесарь А. С. Конихин, популярный пролетарский поэт, за отказ сдать чехам оружие. На вокзале убит не давший себя разоружить уфимский комиссар по реквизиции хлеба и скота. На углу Заводской и Садовой расстреляна женщина-красноармеец В. Вагнер, латышка, бывшая служащая Средне-Волжского союза, за сопротивление при сдаче оружия (согласно воспоминаниям Минкиной, с одетой в мужской костюм латышки сорвали одежду). Возле клуба РКП (б) убит юноша-коммунист Длуголенский. В гостинице „Националь“ расстреляны военный комиссар Елагин и неизвестный. Избит и расстрелян чехами комендант пристаней Кавказ и Меркурий. Чехами убит лежавший в ж.-д. госпитале дружинник ж.-д. дружины Желябов. При попытке оказать помощь раненому красноармейцу чехами застрелен рабочий П. Д. Романов, старый член п. с.-р.»

Указанные расправы легионеров с больными и ранеными носили не единичный характер. Можно упомянуть в этом плане события в самарском госпитале. В первый день ничего не предвещало трагедии, более того, к красным раненым подселили пострадавших в бою чехов. Они лежали вместе в госпитале. Но потом ситуация изменилась. Как вспоминал находившийся там Иван Игнатович Горождин: «Когда чехи заняли утром город, я два дня лежал при чехах. Первый день прошёл спокойно, а во второй день из числа нас восемь человек вывели и расстреляли».

Расстрелы продолжились и в последующие дни после занятия Самары. Всего в городе в первые дни после его захвата, согласно советским историческим исследованиям, было убито не менее 300 человек. Данные цифры встречаются и в воспоминаниях А. С. Бешенковского, скрывавшегося в эти дни от белого террора в Самаре. Согласно его воспоминаниям, на берегу реки Самары было расстреляно более 100 пленных красноармейцев, на плашкоутном мосту — до 20 красноармейцев. За первые два дня чехословаками и их союзниками было расстреляно и уничтожено различными другими способами более 300 человек.

Эти данные детализированы в «Хронике событий» В. Троцкого:

«Чехами в районе Самарки взято в плен около 100 разоружённых красноармейцев. При появлении чехословаков их первым вопросом было: „где красноармейцы“? Несколько обнаруженных в районе Заводской и др. улиц во дворах укрывавшихся красноармейцев были расстреляны на месте. В течение всего дня по улицам водили пойманных красноармейцев на расстрел; особенно жестоко расправлялись чехи со своими „чехоизменниками“ (т. е. чехами — коммунистами и красноармейцами). В 9 часов утра на Плашкоутном мосту расстреляно 13 красноармейцев; в 4 часа на Николаевской ул. расстреляны 4 по указанию кого-то из толпы; в 11 часов вечера расстреляны 6 военнопленных. Среди убитых красноармейцев: т. Бергеевич, Голубев, Семёнов, Лобоцат, Рейнгольд, Шейтер, Добросолец, Марковский, Кузьмин, Macaльский. Многие случаи расстрелов остались незафиксированными». Арестованных подвергали селекции не только по партийному, социальному, но и по национальному признаку. Очевидцы так описывали разборки во время вступления чехов в Самару 8 июня 1918 г.: «Партию за партией вели чехи пленных (с Волги) по ул. Л. Толстого к Самарке через вокзал… Пленных мадьяр и латышей отделяли от русских. Я спросил чеха, для чего это делают, он самодовольно ответил: „Русских мы не расстреливаем, ибо они обмануты большевиками, а латышей, мадьяр и комиссаров не щадим“».

Также среди жертв оказались рабочие-коммунисты Е. И. Бахмутов, И. Г. Тезиков, работник по формированию частей Красной армии Шульц и многие другие люди. Известен и расстрел 16 женщин из 37 позднее арестованных, виновных лишь в том, что они захоронили выброшенные Волгой трупы расстрелянных. Остальные женщины избежали этой участи только благодаря побегу, при котором погибло ещё 7 женщин. Существенная часть репрессий в эти и последующие дни была направлена на рабочее население города, особенно находившееся под влиянием большевиков. 6 июля в Самаре разогнано собрание железнодорожников, при этом 20 человек было расстреляно. Существовавший в Самаре союз грузчиков до переворота насчитывал 75 человек, из них осталось в живых 21, остальные были расстреляны летом 1918 года.

Массовые случаи расстрелов в Самаре после её освобождения признавал и КОМУЧ. Он даже издал Приказ № 3 о прекращении расстрелов, в котором, в частности, говорилось: «Призываем под страхом ответственности немедленно прекратить всякие добровольные расстрелы».

Значительным было и количество арестованных. К 15 июня, то есть за неделю, число заключённых в Самаре достигло 1680 человек, а к началу августа уже более 2 тысяч. И это при том, что из Самары была вывезена значительная часть арестованных и в августе их было в Бузулуке свыше 500, в Хвалынске — 700, в Сызрани — 600 человек. Данные сведения подтверждаются материалами проходившей в эти дни в Самаре рабочей конференции, на которой 14 июня Ф.