Однако прекратить работорговлю и запретить рабство оказалось непросто. Хотя публичная продажа рабов была запрещена, торговцы тайно организовывали продажу рабов-персов, привозимых туркменами из пустыни. Даже правительство эмира покупало у этих торговцев рабов для пополнения своих армейских рядов, и хотя юридически эти рабы объявлялись свободными, они были обязаны служить в армии до конца жизни. Н.П. Стремоухов обвинял Музаффара в нарушении договора 1873 года, поскольку он покрывал работорговлю, чтобы обеспечить себе пополнение как армии, так и своего гарема. В июле 1878 года некто Фарат, представитель русского Министерства финансов, стал очевидцем существования невольничьего рынка в столице Бухары. Даже в 1882 году английский путешественник Генри Лансдел слышал рассказы о продолжающейся торговле рабами. В действительности прекращение работорговли произошло лишь после запрещения рабства как такового.

В конце 1873 года Музаффар согласился с предложением Кауфмана о полном освобождении рабов в течение десяти лет, но постановил, что до истечения этого срока все рабы должны оставаться у своих нынешних хозяев. Рабам предоставили практически бессмысленное право покупать свою свободу по ценам, которые определялись в каждом конкретном случае по договоренности между рабом и его хозяином. Беглым рабам угрожала смерть, а непослушным – суровое наказание. Сложная ситуация с бухарскими рабами после указа Музаффара породила длительную переписку между Ташкентом и Бухарой. Часто случались побеги рабов в русский Туркестан, где они подавали начальнику Заравшанского округа прошения добиться освобождения их родственников, остававшихся рабами в ханстве. Кушбеги возражал, что бухарские власти не в состоянии компенсировать хозяевам освобождение рабов и что все рабы должны оставаться в неволе до окончания установленного десятилетнего периода, если не могут быть выкуплены своими семьями. В 1874 году Кауфман отправил эмиру полученную его разведкой информацию о существовании незаконной торговли невольниками и о плохих условиях, в которых живут бухарские рабы. Генерал-губернатор требовал, чтобы Музаффар принял решительные меры по прекращению работорговли и по улучшению моральных и материальных условий жизни рабов в течение установленного периода их освобождения. Эмир отрицал существование работорговли, а сообщения о плохом обращении приписал неподчинению и плохому поведению рабов после того, как они узнали о своем будущем освобождении. В 1876 году Кауфман прекратил обсуждение этой темы, приказав начальнику Заравшанского округа с пониманием отнестись к трудностям, с которыми столкнулись власти Бухары в десятилетний период подготовки к освобождению рабов, и «в большинстве случаев не вмешиваться в дела, касающиеся рабов».

Проблема так и осталась нерешенной, и не только в течение десятилетнего периода, который назвал в своем указе Музаффар, а до самого конца его царствования, до 1885 года. В конце концов, рабство было внутренним делом ханства, не представлявшим жизненно важного интереса для России. Поскольку эмир так или иначе обещал дать рабам свободу, и с учетом его сопротивления дальнейшему нажиму вопрос не стоил того, чтобы рисковать потерей доброго расположения Музаффара. Во второй половине 1870-х годов, в период враждебности в англо-русских отношениях, дружба с Бухарой была особенно нужна России.

Другая проблема, возникшая в первые годы после заключения договора 1873 года, касалась юрисдикции в отношении русских, находившихся в Бухаре. Хивинский договор предполагал, что все гражданские дела, в которых русские выступали ответчиками, должны разбираться «находящимися ближе всего русскими властями», но в договоре с Бухарой аналогичной статьи не было, и до конца 1880-х годов гражданские дела с участием русских оставались в ведении Бухары. Ни в том ни в другом договоре не упоминались уголовные дела с участием российских подданных, но, согласно общему правилу, все империалистические державы XIX века заявляли о праве экстерриториальной юрисдикции в отношении своих граждан в азиатских и африканских странах. В результате вскоре после заключения договора 1873 года статья четырнадцать, которая обязывала Бухару выдавать России всех русских уголовных преступников, получила более широкую интерпретацию. Поскольку в статье не указывалось, что рассматриваемое преступление должно быть совершено на русской территории, был сделан вывод, что российская юрисдикция распространяется не только на русских, совершивших преступление на русской территории, а затем бежавших в Бухару, но и на тех, кто совершил преступление в Бухаре. С 1873 года и Ташкент, и Бухара придерживались этой интерпретации. Дела русских, обвиняемых в совершении преступлений как в России, так и в Бухаре, рассматривали суды русского Туркестана. Показания свидетелей-бухарцев получали, либо вызывая их через кушбеги в суд, рассматривавший данное дело, либо поручая местному беку взять показания на месте и переправить их русским властям. В некоторых случаях в Бухару отправляли специального следователя, чтобы он собрал свидетельства о преступлении, совершенном русским подданным. Однако с учетом того, что до второй половины 1880-х годов очень мало кто из русских посещал Бухару в частном порядке, сомнительно, чтобы Россия часто пользовалась этими экстерриториальными привилегиями. Похоже, ханство было почти раем для тех, кто бежал от правосудия генерал-губернатора. Тайный советник Ф.К. Гире, возглавлявший в 1883 году следствие в русском Туркестане, сообщал, что расследование половины всех убийств, совершенных в Каттакурганском отделе, который граничил с Бухарой, оказывалось невозможным из-за того, что виновники находили убежище в ханстве. Требовались месяцы, чтобы провести запрос на экстрадицию через соответствующие каналы в Самарканде, Ташкенте и Бухаре, и ответ от правительства эмира почти всегда был уклончивым.

Еще одной проблемой, которую затрагивал договор 1873 года, но которая тем не менее оказалась сложной для решения, были нападения туркмен на торговцев и путешественников на берегах Амударьи. Иногда их рейды так далеко заходили на территорию Бухарского ханства, что угрожали дороге между Карши и столицей. Поскольку вторая статья договора обязывала Музаффара обеспечить безопасность передвижения на правом берегу Амударьи по караванному пути, ведущему в Петро-Александровск, а также по всем другим дорогам между Бухарой и русским Туркестаном, генерал фон Кауфман вскоре после заключения договора потребовал, чтобы эмир защитил дорогу, построив укрепления и разместив гарнизоны в Кабакли и других местах на обоих берегах реки. Музаффар не только согласился с требованиями Кауфмана, но и в 1873–1874 годах создал три новых бекства: Кабакли между Чарджоу и хивинской границей, а также Бурдалык и Наразим между Чарджоу и Керки. Но несмотря на эти меры и размещение трети бухарской конницы в Чарджоу, туркмены продолжали грабить и караваны, и суда на Амударье. Использование Кабакли в качестве колонии для бухарских преступников и места, куда отправлялись бухарские солдаты, виновные в правонарушениях, вероятно, тоже не шло на пользу делу. Даже в середине 1880-х путешественники на этой территории подвергались риску грабежа, похищения и смерти от рук туркменских налетчиков. Только после аннексии Мерва, завершившей усмирение русскими пустыни Каракум, туркменская угроза исчезла.

Завоевание Бухарой Каратегина и Дарваза

С 1868