Структурный кризис османского общества в Новое время воздействовал и на состояние православных общин, члены которых становились объектом прозелитической деятельности представителей западноевропейских церковных организаций. В этой связи обращение к истории Антиохийского и Иерусалимского патриархатов в эпоху упадка Османской империи представляет значительный интерес для понимания проблемы сохранения православной идентичности на Арабском Востоке (в Леванте).

Несмотря на ежегодную значительную эмиграцию христианского населения из Билад аш-Шама, в особенности из Ливана, в Египет, Европу, США и Австралию, а также нередкие случаи перехода христиан в ислам, численность приверженцев христианских общин в сиро-палестинских провинциях увеличивалась. При этом в целом они не уступали по статистическим показателям росту мусульманского населения, что свидетельствовало о вполне благоприятных условиях жизни христианских миллетов на Арабском Востоке.

Архивные материалы свидетельствуют о том, что Восточноправославные патриархаты воспринимались на Дворцовой площади как независимые друг от друга автокефальные православные церкви, а не как объединенный Османами единый «ромейский» («византийский») миллет (миллет-и рум). Российское правительство рассматривало Вселенского патриарха по староправославной традиции лишь как «первого среди равных» в «списке почета» (диптихе). По этой причине в Петербурге полагали, что Константинопольский патриарх не должен был вмешиваться во внутренние дела остальных Греко-восточных церквей Османской империи.

Отношение Стамбула к Восточно-православным церквам коренным образом отличалось от отношения к ним Петербурга. В середине XVI века после объединения Греко-восточных патриархатов в единый миллет его возглавил Константинопольский патриарх в должности рум миллет баши («главы православного миллета»). Его статус был приравнен к рангу трехбунчужного паши. Глава православной общины (этнарх) стал обладать всей полнотой светской и духовной власти: он выступал перед миллет-и рум как наместник султана и нес перед падишахом ответственность за лояльность православного миллета. В результате данных Константинопольскому патриарху прерогатив и полномочий автокефальные церкви лишились былой самостоятельности.

Иерусалимская и Антиохийская церкви как составные части православного миллета признавали над собой верховенство Константинопольского (Вселенского) патриарха. Его резиденцию в стамбульском квартале Фанар А.Н. Лебедев назвал «дворянским гнездом» греческой «знати», где воспитывалась и формировалась церковная и светская элита фанариотов (735, кн. I, с. ИЗ). Ее представители занимали высокое положение в государственной иерархии Османской империи. Фанариоты, представлявшие с афинскими панэллинистами оппозицию русской церковной политике, нередко выступали союзниками Порты в борьбе с влиянием Петербурга на Балканах и Ближнем Востоке.

Фанар нередко являлся неким «перевалочным пунктом» для приходивших с Архипелага греков, получавших по ходатайству рум миллет баши требуемые фирманы для пополнения рядов монашества миллет-и рум в арабских провинциях. После того как возглавляемый арабами Антиохийский престол оказался не в состоянии самостоятельно противостоять греко-католикам, православные арабы-антиохийцы обратились за содействием к рум миллет баши. Константинопольский патриарх определил на Антиохийскую кафедру монаха из числа фанариотов, которого рукоположил в патриарший сан и направил в Дамаск.

С XVII века Иерусалимские патриархи переехали на постоянное жительство из Иерусалима в Константинополь. Там же в Фанаре проходили выборы иерусалимских патриархов, некоторые из которых в течение всего патриаршего срока ни разу не посещали вверенной им Палестинской кафедры. Контакты иерусалимских патриархов с Портой осуществлялись при посредничестве рум миллет баши, что низводило их патриархаты в глазах Османов до уровня двух укрупненных «митрополий» православного миллета. О патриаршем сане их первоиерархов свидетельствовали разве что выдаваемые султаном соответствующие бераты («ставленные грамоты», или грамоты об инвеституре). Бераты сирийским и палестинским митрополитам по представлению их патриархов и ходатайству рум миллет баши выдавались за подписью великого визиря (садразама).

Патриаршие кафедры антиохийских и иерусалимских патриархов находились в Дамаске и Иерусалиме, где размещались резиденции османских пашей-губернаторов: дамасского вали (в ранге трехбунчужного паши) и иерусалимского мутасаррифа (в ранге двухбунчужного паши). Взаимодействие иерархов Антиохийской и Иерусалимской церквей с Портой в провинциях осуществлялось через пашей как полномочных представителей султана.

В 1845 г. благодаря поддержке Петербурга Иерусалимская церковь сумела отстоять свою автокефальность в острой борьбе за право избирать на Иерусалимский престол члена Святогробского братства, а не ставленника Фанара. Через пять лет Иерусалимской патриархии удалось установить свой контроль над Антиохийской кафедрой, на которую стали избираться исключительно архиереи Иерусалимской церкви. Причем для одного из трех антиохийских патриархов-святогробцев, Герасима I (1885–1891 гг.), кафедра в Дамаске стала промежуточной на пути к более престижному для греческих иерархов Иерусалимскому патриаршему престолу, который он занял в 1891 г.

С целью нейтрализации влияния России на Греко-православные патриархаты и единоверное население молодого греческого государства в рядах влиятельной греческой элиты стала распространяться при активном содействии Великобритании так называемая панэллинистическая «великая идея», конечной целью которой провозглашалось объединение всех греков в одно государство. С конца 1830-х гг. она охватила умы греческих архонтов и греческого духовенства рум миллети. Пропаганда этой идеи была направлена на подмену в греческом общественном сознании вселенского (наднационального) православного мировоззрения идеологией националистической, одновременно развивая у греков чувство этнической исключительности – филетизма.

В Сирии и Палестине «великая идея» была популярна лишь в среде греческого духовенства, поскольку подавляющее большинство паствы Антиохийской и Иерусалимской церквей были арабами. С начала XIX века греческие клирики настойчиво убеждали православных арабов в том, что те являлись вовсе не семитами, а «арабизированными греками», забывшими свой родной язык и говорившими на арабском языке. Греческая ксенократия вызывала недовольство и рост грекофобских настроений в местных православных общинах. С 1870-х гг. там стали воспринимать греческих монахов как чужаков, пропагандировавших по наущению стамбульского рум миллет баши панэллинистические взгляды в ущерб интересам православных арабов. Первым из иностранцев, кто затронул проблему греко-арабских отношений в Антиохийской и Иерусалимской церквах, был начальник Духовной миссии в Иерусалиме архимандрит Порфирий (Успенский). С прискорбием наблюдавший за тем, с каким высокомерием и пренебрежением греческое духовенство зачастую относилось к своей единоверной арабской пастве, отец Порфирий писал о православных арабах: «Это – народ мученик!» (594, с. 715).

Основное отличие Иерусалимской церкви от Антиохийской заключалось в том, что в ее церковной иерархии, помимо Синода, имелся монашеский орден Святого Гроба Господня («Святогробское братство»), в который за редким исключением могли вступать лишь греки. С XVI века арабы были лишены возможности принимать монашество и, следовательно, становиться архиереями и патриархами. Членам арабо-православной общины Палестины оставалось только пополнять ряды белого духовенства – приходских священнослужителей. Это обстоятельство надежно защищало греческий клир от арабизации Иерусалимской церкви.

В Антиохийском патриархате принять монашеский постриг могли как греки, так и арабы, что потенциально уравнивало шансы и тех, и других в их дальнейшем продвижении по церковно-иерархической лестнице. Установленный с 1724 г. порядок проведения патриарших выборов в константинопольском Фанаре, а с 1850 г. в Дамаске, под контролем Святогробского братства, объективно содействовал сохранению греческой гегемонии вплоть до конца XIX века.

До начала 1870-х гг. проблема греко-арабских