31 мая Баркгорн и его летчики прикрывали вылеты короля пикировщиков Ханса-Ульриха Руделя из III/SG-2. Бои над рекой Прут начались рано утром 31 мая. Первую победу в этот день в 04.12 одержал обер-лейтенант Фённекольд. Следующим стал Баркгорн, который сбил Р-39 в районе Хуши в 05.38. Через 7 минут он сбил еще один Р-39, в 6.10 был сбит Ил-2, а потом Як-9. В этот день все шло гладко, даже слишком гладко. Одержав 273-ю победу, Баркгорн устал и расслабился, поэтому он не проявил обычной внимательности. Но для истребителя потеря концентрации даже на несколько секунд может стать роковой.

Примерно в 18.00 немцы возвращались уже из шестого вылета за этот день, сказывалась усталость, и внимание притупилось. Однако Хартман заметил противника и сообщил по радио, что их догоняют русские истребители.

Позднее Баркгорн признался, что совершил грубую ошибку, решив, что это лишь возможность одержать очередную победу. В действительности у него на хвосте повисла «аэрокобра». «Я получил предупреждение, что рядом русские истребители, но я слишком устал, и внимание рассеялось. Я не оглядывался. У меня было 273 победы, и, как мне помнится, я думал, как получить 275 и чуть позднее 300. Но в результате я сам стал чьей-то победой». Очередь Р-39 ударила по Ме-109G-6 № 163195 «Двойной шеврон-5». Баркгорн был ранен в правую руку и ногу.

Инстинктивно Баркгорн до отказа толкнул ручку, бросая самолет в крутое пике. Хартман в это время сбил одну за другой три «кобры», но помочь командиру не сумел. Мотор его «христль» заглох на высоте около 2000 метров, и чистая фантастика то, что Баркгорну удалось посадить самолет на брюхо. Искалеченный «мессершмитт» пропахал землю на расстояние 100 метров и остановился. Баркгорн был ранен в правую руку, и у него была раздроблена правая коленная чашечка. Ампутации ноги удалось избежать, однако он три месяца провалялся в госпитале.

Получив первую помощь в Хуши, Баркгорн отправился для дальнейшего лечения в госпиталь люфтваффе в Балд-Висзее. Раны оказались серьезными, и он надолго выбыл из строя. В начале сентября в Бад-Висзее он стал свидетелем на свадьбе Хартмана. «Буби» хорошо использовал представившуюся возможность и обошел Баркгорна. 24 августа он одержал 301-ю победу. Баркгорн вернулся в свою группу только 24 октября, теперь она летала на Ме-109G-6 и Ме-109G-14. Так как Герд не до конца оправился от ран, ему пришлось ограничивать число вылетов. В ноябре 1944 года II/JG-52 прикрывала Будапешт вместе с венгерскими 101-й и 102-й истребительными группами. Лейтенант Тибор Тобак так описал свои впечатления от встречи с двумя лучшими асами мира:

«Они были настоящими летчиками. Баркгорн был живым олицетворением образа военного аристократа. По сравнению с ним Хартман казался, скорее, нарушителем военной дисциплины и кем-то вроде гражданского служащего, которого занесло на войну. Однако в небе между ними не было разницы, оба рвались к победе. Баркгорн был отличным стрелком, но метод атаки Хартмана, который стрелял в упор, всегда давал результат. Роль командира эскадрильи подходила ему идеально. Герд Баркгорн был более амбициозным и подходил для более высоких должностей. В их соперничестве не было никакой озлобленности, оба стали членами «Клуба 300».

Хартман писал:

«Баркгорн действительно радовался по-настоящему, когда другие добивались успеха. Очень немногие способны на это. Он всегда поздравлял меня от чистого сердца. Это был человек и офицер, за которого люди были готовы пойти в огонь. Каждый из них был бы рад отдать свою жизнь за командира. Это был офицер и командир, о котором мечтает каждый летчик-истребитель – офицер, товарищ и друг, лучший из всех, кого я только знал».

В середине декабря 1944 года на счету Хартмана была 331 победа, а у Баркгорна – 285. Теперь он серьезно отставал и уже не мог рассчитывать сократить отрыв, так как война совершенно очевидно шла к концу. Тем не менее, одержав 3 января 4 победы, Герд Баркгорн увеличил свой счет до 296 сбитых самолетов. На следующий день последовали еще 4 победы, и Баркгорн достиг заветной цифры 300. По возвращении на аэродром последовали поздравления, в том числе от прибывшего туда командующего 4-м воздушным флотом генерал-майора Десслоха. На следующий день Герд сбил Ла-5, который стал его последней победой. 16 января он был назначен командиром JG-6 «Хорст Вессель», действовавшей в районе Познани, то есть фактически был прикован к земле. Хотя командиры эскадр иногда летали, это было исключением, а не правилом.

Эта эскадра была вооружена самолетами FW-190А-8 и А-9, хотя III группа все еще летала на Ме-109G-14. Баркгорну пришлось пересаживать летчиков на FW-190D-9, пилоты получали новые самолеты на заводе фирмы в Зорау (Силезия). Испытав новый самолет, Баркгорн решил оставить себе и своему ведомому старый, испытанный Ме-109. Он считал, что просто не имеет времени, чтобы по-настоящему освоить «длинноносый» истребитель. Впрочем, воздушных боев не предвиделось, эскадра занималась штурмовкой советских позиций. К тому же снова начали сказываться раны, и 9 апреля Баркгорн сдал командование, снова отправившись в Бад-Висзее.

В середине апреля туда заявился Галланд, который сманил Баркгорна в свою JV-44 и предложил опробовать в полете реактивный Ме-262. Он был вынужден фактически без всякой подготовки вступить в бой. Однако 19 апреля во время второго полета на Ме-262 у него отказала правая турбина – хроническая болезнь ненадежных двигателей Ме-262. Пилот был вынужден отказаться от атаки американских бомбардировщиков и уходить, однако за ним погнался Р-51 «Мустанг». Баркгорн не стал пытаться дотянуть до аэродрома, а посадил свой самолет на лесную просеку. Перед посадкой он открыл фонарь, чтобы как можно быстрее покинуть кабину – американские летчики имели привычку расстреливать пилотов реактивных самолетов. Однако фонарь самопроизвольно закрылся, едва не сломав Баркгорну шею. В результате он снова попал в госпиталь. 4 мая он был взят в плен американцами на аэродроме Зальцбург-Максглан.

Всего Герд Баркгорн совершил 1104 боевых вылета, из которых примерно 500 пришлись на штурмовку наземных целей. Он сбил 301 самолет, 250 из которых были истребителями.