Лессар предсказывал, что бухарский народ тоже отнесется враждебно к вхождению ханства в таможенную границу России, поскольку это повлечет за собой существенное повышение цен на ряд товаров первой необходимости. Так, цена на чай, который в отсутствие алкоголя являлся более важным элементом бухарской жизни, чем в России, поднялась бы на 30–50 %.

Свое решение вопроса Лессар представил 7 апреля 1891 года в Петербурге на совещании членов Министерства финансов и Министерства иностранных дел под председательством Вышеградского. Политический агент предложил передвинуть таможенную границу до Амударьи, невзирая на возражения эмира и его подданных, но при этом Россия должна была компенсировать населению Бухары соответствующее повышение стоимости жизни. Лессар предлагал, чтобы компенсация осуществлялась за счет контроля политического агентства за сбором налога на урожай (хараджа), который вместе с частью таможенных пошлин, собираемых на Амударье, был бы потрачен на общественные работы в ханстве, такие как орошение и коммуникации. Он также предлагал облегчить для бухарцев налоговое бремя путем уменьшения размера армии и чиновничества. Идеи Лессара получили поддержку совещания, которое согласилось потратить часть таможенных сборов на общественные работы в Бухаре, а также уполномочило политического агента осуществлять надзор за составлением государственного бюджета ханства. 7 августа 1892 года Александр III одобрил рекомендации совещания.

Независимо от того, что будет использовано, первоначальные предложения Лессара или более умеренные рекомендации совещания 1891 года, Россия получала беспрецедентную власть над доходами и расходами правительства эмира, тем самым подрывая фискальную основу бухарской автономии. Однако то ли из-за последующих возражений со стороны Министерства иностранных дел, то ли из-за недостаточной заинтересованности со стороны Министерства финансов при детальной проработке таможенной унификации, проходившей в 1893–1894 годах, от предложенной компенсации бухарскому населению отказались. В 1895 году преемник Лессара В.И. Игнатьев снова поднял вопрос о российском контроле над бухарскими финансами, но успеха не добился.

Способ включения Бухары в таможенную границу России стал важным фактором в споре, какую политику проводить в отношении эмира. Военное министерство хотело, чтобы унификация была полностью завершена, а затем генерал-губернатор объявил бы об этом Абдул-Ахаду, но второе совещание, прошедшее под председательством Вышеградского 15 июня 1892 года, с этим не согласилось. Вместо этого в январе 1893 года правительство воспользовалось первым визитом правящего эмира Бухары в Россию, чтобы проинформировать Абдул-Ахада о своих планах. 15 января эмир посетил петербургский монетный двор, и новый министр финансов С.Ю. Витте сообщил ему о предложении перенести российскую таможенную границу к Амударье и о том, что часть таможенных сборов будет тратиться на общественные работы в ханстве. Абдул-Ахад, вероятно, будучи предупрежден о намерениях русских, принял новости спокойно и лишь выразил озабоченность, как повлияет на его беднейших подданных российская пошлина на индийский чай. Витте пообещал, что пошлина на чай низкого качества будет весьма умеренной. В этом визите в Россию эмира сопровождал закятчи-калан. Лессар, который встречал бухарцев в Москве и сопровождал их в Петербург, позднее представил Астанакулу предварительные пояснения по поводу таможенной унификации.

6 июня 1894 года проект в его окончательной форме был одобрен, и бухарское правительство проинформировали об условиях. То, что Россия осуществила перенос таможенной границы в одностороннем порядке, а не путем заключения очередного российско-бухарского соглашения, произошло благодаря Лессару, который, несомненно, хотел не только избежать пререканий, неизбежно сопровождавших переговоры с Бухарой, но и внушить эмиру его подчиненное положение. Абдул-Ахаду ничего не оставалось, как принять свершившийся факт, и 24 июля кушбеги официально известил Лессара о согласии эмира.

Включение Бухары в таможенную границу России, вступившее в силу 1 января 1895 года, не означало объединения таможен двух государств. Бухара продолжила собирать традиционный закят с импорта из России, и вместо общей пошлины на бухарско-афганской границе действовали два сбора: бухарский закят и российская пошлина. Вместе с тем с помощью переноса таможенной границы к Амударье Россия добилась фактической монополии на бухарском рынке.

Однако наибольшая значимость новой таможенной границы была скорее военной и политической, чем экономической, поскольку охранялась русскими войсками и таможенными чиновниками. В сентябре 1894 года Ташкент выслал пароход «Царь» вверх по Амударье из Чарджоу в точку чуть ниже Сарая, чтобы изучить переправы через реку, и на следующий год вдоль правого берега реки от Керки до западной границы Дарваза появились русские таможенные и пограничные посты.

Тесная связь между таможенной границей и защитой Бухары стала очевидна уже в начале апреля 1891 года на совещании в Петербурге, где Лессар предложил сократить численность бухарской армии. Армия являлась не более чем обузой для народа Бухары, поскольку для обороны Бухары войска эмира имели второстепенное значение, а установление русского контроля над границей по Амударье снизило бы их значение еще больше. По словам Лессара, «эмир не может… положиться на свою армию в случае восстания его подданных или вторжения афганцев. Он понимает, что при таких обстоятельствах все будет зависеть не от храбрости и преданности его солдат, а от поведения русского правительства». Представитель Военного министерства на совещании, проходившем в июне 1892 года, заметил, что перенос русской таможенной границы к Амударье был бы существенным вкладом в обороноспособность Бухары и русского Туркестана.

Рекомендации Лессара стали предметом серьезного рассмотрения. Одно из предложений состояло в том, чтобы сократить армию до 5900 человек с годовым бюджетом 559 000 рублей. В 1894 году военный министр поручил казачьему капитану П.П. Шубинскому подготовить отчет о состоянии бухарской армии, чтобы использовать его при обсуждении вопроса о ее сокращении. Несмотря на то что в 1889 году Абдул-Ахад дополнил полученное ранее в подарок от России вооружение покупкой в России еще 2000 винтовок для своей охраны и огнестрельного оружия для конницы, до этого вооруженной преимущественно саблями, бухарская армия фактически не изменилась с 1870-х годов. Пославский описал ее как «еще больший анахронизм, чем городская стена Бухары». В докладе Шубинского от 2 июня 1894 года был сделан вывод, что армия эмира, по сей день вооруженная в значительной степени устаревшими винтовками в плохом состоянии, снабженная бесполезной артиллерией и ничего не знающая о правилах ведения огня, представляет собой «не что иное, как неорганизованную массу, совершенно неподготовленную к требованиям войны и по своим боевым качествам мало чем отличающуюся от вооруженной толпы случайно набранных людей». Действуя на основании выводов Шубинского, барон А.Б. Вревский, ставший в 1889 году преемником Розенбаха, утверждал в своем ежегодном докладе за 1894 год, что, поскольку бухарскую армию невозможно улучшить качественно, ее необходимо сократить количественно. Никакого существенного улучшения нельзя было добиться без сокращения срока службы и увеличения численности обученного резерва путем введения обязательной военной службы, но такой шаг противоречил всем традициям и вызвал бы неприятие населения. Никаких явных попыток принудить эмира к сокращению