28 августа 1888 года, предполагал, что два существующих русских поселения, равно как и любые другие, которые могут потребоваться в будущем, должны иметь четкие границы и быть поделены на участки по соглашению между генерал-губернатором и эмиром. Помимо этого генерал-губернатор и эмир должны разработать подробные правила по поводу планировки улиц, строительных норм, снабжения водой, полиции, гигиены и налогов на недвижимость, необходимые для оплаты муниципальных услуг. Для приобретения земли в этих поселениях как русскими, так и бухарцами требовалось одобрение политического агента и бухарских властей. Были установлены ограничения по размеру для индивидуальных владений, а выдача разрешений на строительство входила в обязанности политического агента.

Поскольку проект детальных правил, требуемых по протоколу, уже был разработан в Ташкенте и приложен к соглашению в виде дополнения, согласие эмира являлось простой формальностью. В целом эти правила сводились к фактическому контролю России над русскими поселениями в Бухаре, а власть эмира сводилась к символическому представительству. Поселения подчинялись генерал-губернатору Туркестана, в роли заместителя которого выступал политический агент, и на них распространялись законы и административные правила русского Туркестана. Во многих аспектах русские поселения в Бухаре походили на уезды в генерал-губернаторстве, а все вместе представляли собой административную единицу, напоминающую область с политическим агентом в роли губернатора, отвечавшего перед генерал-губернатором. Местная администрация Новой Бухары находилась в руках гражданского чиновника, назначаемого генерал-губернатором и консультативным советом. Совет состоял из местного русского жителя, выбранного губернатором, политического агента, муниципального архитектора и представителя бухарских властей. В Чарджоу роль главы муниципальной администрации исполнял начальник гарнизона, которому помогал консультативный совет, как и в Новой Бухаре, но без муниципального архитектора, которого в Чарджоу не было. Муниципальная администрация отвечала за частное строительство, общественные работы, гигиену, общественное здоровье, налоги на содержание общественных служб и полиции. В Новой Бухаре генерал-губернатор отдельно назначал начальника полиции, в то же время в Чарджоу этот пост тоже занимал начальник гарнизона.

Русские поселения быстро росли. Чарджоу, как место размещения рабочих и железнодорожных мастерских, база Амударьинской флотилии и перекресток дорог с севера на юг вдоль реки и с востока на запад вдоль железной дороги, было самым крупным поселением. Его численность выросла с 2500 в 1893 году до 8000 в 1910-м и до 15 000 накануне Первой мировой войны. Хотя с коммерческой точки зрения Новая Бухара была важнее Чарджоу, промышленно и политически она росла медленней, достигнув по численности населения 1000 человек в 1891 году, 3000 – в 1910-м и 12 000 – в 1917-м. В третьем поселении, появившемся в конце 1880-х годов в окрестностях железнодорожной станции Керки, в 1891 году жили всего 137 гражданских людей, но к 1910 году общая численность населения достигла 5000 человек, включая гарнизон. В 1897 году русский гарнизон был размещен в Термезе в 130 милях выше Керки по течению, где через три года на 38 квадратных милях земли, переданных эмиром по запросу России, были построены русская крепость и поселение. В годы, непосредственно предшествовавшие Первой мировой войне, общая численность поселения в Термезе составляла от 6000 до 7000 человек, из которых более трети составляли гражданские. В Керки и Термезе, как и в Чарджоу, муниципальное управление возглавляли начальники гарнизона. Новая Бухара была единственным поселением с гражданским главой местной администрации.

Политика обеспечения привилегий для русских в Бухаре, одновременно с этим регулирующая их деятельность, с тем чтобы минимизировать трения с местной властью и, таким образом, защитить жизненно важные интересы Петербурга, подразумевала также регулирование торговли спиртными напитками. В Бухаре, как и во всех мусульманских странах, производство, продажа и употребление крепких напитков было строго запрещено. Однако русский военный и гражданский персонал, который селился в ханстве с 1886 года, привозил с собой и сильную жажду, и способы утолить ее. Чтобы решить проблему, Чарыков разработал и отправил в Министерство иностранных дел свод правил, 25 июня 1889 года получивший одобрение императора. Продажа алкогольных напитков разрешалась только в русских поселениях, на железнодорожных станциях, в вагонах-ресторанах и среди подразделений русских войск в Бухаре. Заниматься этой торговлей могли только русские, имеющие разрешительные документы согласно законам генерал-губернаторства. В этой торговле запрещалось участвовать мусульманам и центральноазиатским евреям, которым также было запрещено продавать или передавать крепкие напитки. Законы ханства запрещали иметь винокурни, а управлять виноградниками российским подданным позволялось только с одобрения как русских, так и бухарских властей.

Русская юрисдикция и экстерриториальность

Беспрецедентный наплыв русских в Бухару с началом строительства железной дороги ставил перед властями империи не только административные, но и юридические проблемы. Из-за огромного всплеска активности русских частных лиц практика, принятая с 1873 года, согласно которой русские, обвиненные в уголовных преступлениях, совершенных в Бухаре, подлежали экстрадиции, а гражданские дела передавались в бухарские суды, стала нецелесообразной. Для уголовных дел требовался более быстрый, чем экстрадиция, способ ведения, а в случае гражданских дел русские не могли рассчитывать на справедливое – в их понимании – решение в судах, подвергавших немусульман дискриминации и совершенно чуждых духу и практике судов в России и на Западе.

Как официальный представитель России в Бухаре политический агент являлся очевидным инструментом юридической власти над своими соотечественниками. 20 мая 1886 года в течение пяти месяцев после открытия политического агентства министр иностранных дел Гире с одобрения императора наделил политического агента полным правом вести уголовные дела русских в Бухаре по образцу российской консульской юрисдикции в Персии и Турции. Однако, поскольку в статьях российского Уголовного кодекса не значилось, что его юрисдикция распространяется на Бухару, положение политического агента оставалось двойственным. Министры иностранных дел и юстиции решили эту проблему с помощью предложения, вступившего в законную силу 27 мая 1887 года. До окончательного определения юридических обязанностей политического агента ему предоставлялась юрисдикция над всеми преступлениями и правонарушениями, совершенными русскими в Бухаре. Он должен был действовать как мировой судья, судья и прокурор на основании власти, данной законом мировым судьям, судьям и прокурорам в уездах русского Туркестана и Самаркандской области.

В начале следующего года Чарыков поднял вопрос о гражданском судопроизводстве, утверждая, что «нужда русских подданных в таком судопроизводстве постоянно растет, а ее отсутствие порождает безнаказанность и бесчинства». Как следствие, 11 мая 1888 года гражданские дела между русскими, проживавшими в Бухаре, были отнесены к юрисдикции политического агента, который при рассмотрении таких дел должен был руководствоваться правилами, установленными для мировых судей генерал-губернаторства. Его решения могли быть оспорены в суде Самаркандской области. Также политический агент должен был исполнять функции мирового судьи в делах о завещании и опеке.

Через несколько месяцев Чарыков понял, что обязанности прокурора и судьи в сочетании с другими его функциями, такими как дипломатический представитель,