Ташкент действовал скорее через политическое агентство, чем с помощью чрезвычайных посольств в Бухару. Формирование русских поселений в ханстве в конце 1880-х фактически расширило полномочия генерал-губернатора в Бухаре.

Устанавливая прямые отношения между Министерством иностранных дел и Бухарой без отмены генерал-губернаторской юрисдикции в этой сфере, Россия возлагала на политического агента двойную ответственность и перед Ташкентом, и перед Петербургом. В 1893 году генерал-губернатора даже уполномочили приглашать политического агента для участия в советах, где решались вопросы, касавшиеся Бухары. Такая двойная ответственность делала положение политического агента особенно сложным из-за традиционных различий во взглядах на политику в отношении Бухары между Ташкентом и Министерством иностранных дел. Пользуясь таким пересечением полномочий органов российской власти, Абдул-Ахад получал большую независимость от Ташкента.

По мере того как возрастала активность русских в Бухаре, расширялись и функции политического агента. К его первоначальным дипломатическим и консульским обязанностям добавилась весьма обременительная административная и юридическая работа. Он не только вел дела с бухарскими властями и собирал разведывательную информацию о ситуации в Бухаре и Афганистане, но и внимательно следил за действиями эмира, служил фактическим автором официальной переписки эмира с императорской семьей и правительством и давал эмиру советы по поводу представления русских к бухарским наградам. Он защищал интересы русских подданных как в личном плане, так и в вопросах собственности, договорных прав и торговли, выдавал визы и паспорта и исполнял роль хозяина для иностранных визитеров. Он действовал как верховная власть, начальник полиции и цензор в русских поселениях; как следователь и судья в судебных делах с участием русских и как нотариус при регистрации земельных приобретений русских подданных. Одним из признаков расширения круга задач политического агентства стало увеличение его штата. Поначалу агентство состояло только из политического агента и единственного переводчика. В феврале 1888 года к ним добавился еще один служащий, исполнявший обязанности секретаря и второго переводчика. Третьего сотрудника, просто переводчика, добавили в августе 1892 года. С появлением в 1901 году доктора и два года спустя еще одного переводчика штат вырос до пяти человек, каким и оставался до 1917 года.

Первым политическим агентом стал Н.В. Чарыков, карьерный дипломат, который с октября 1883 года имел опыт работы в Центральной Азии как дипломатический чиновник при генерал-губернаторе Туркестана. Чарыков впервые побывал в Бухаре осенью 1884 года, когда отвозил эмиру рекомендательное письмо генерала Розенбаха. По пути в столицу Музаффара Чарыков посетил Абдул-Ахада в Кермине и передал ему заверения, что Россия поддержит его на троне после смерти отца. Вторая поездка Чарыкова состоялась в июне 1885 года в связи с переговорами о строительстве железной дороги, во время которых он также оказывал давление на кушбеги по поводу запрета рабства и закрытия печально известной подземной тюрьмы в Бухаре. В третий раз Чарыков посетил ханство в ноябре 1885 года как участник посольства, отправленного из Ташкента, чтобы поздравить Абдул-Ахада с наследованием трона и продемонстрировать русскую поддержку нового эмира.

Первая задача Чарыкова на посту политического агента состояла в том, чтобы облегчить строительство Центральноазиатской железной дороги на территории Бухары. Когда он принял свое новое назначение в январе 1886 года, рельсы еще не дошли до Мерва, но к концу года они добрались до Амударьи и Чарджоу. Одной из его наиболее важных функций в том году был надзор и нотариальное оформление отчуждения земель там, где они требовались для прохождения дороги и потому передавались русским властям. Некоторые из этих земель были дарованы эмиром, но большая часть покупалась у частных владельцев, которые отказывались брать бумажные рубли и которым приходилось платить серебром, доставлявшимся для этой цели из Гамбурга. В течение 1886 года русские инженеры и солдаты активно работали в ханстве, осматривая полосу отчуждения и собирая сведения об экономике тех частей страны, через которые должна была пройти железная дорога. Сбор этих сведений вызвал подозрение у местных жителей, опасавшихся, что Россия собирается захватить их земли. В ноябре 1886 года толпы вооруженных крестьян остановили инженеров и не позволили им выполнять свою работу. Генерал-губернатор Розенбах приготовился принять меры для защиты русских прав согласно договоренности о железной дороге. 29 ноября он сообщил военному министру и министру иностранных дел, что предлагает в случае возникновения беспорядков двинуть на ханство три батальона пехоты и пять казачьих эскадронов из Самарканда. Министр иностранных дел по согласованию с императором высказался против плана Розенбаха, как неоправданного. 1 декабря железнодорожная станция Чарджоу была открыта без происшествий. Согласно предписанию И.А. Зиновьева, начальника Азиатского департамента Министерства иностранных дел, Чарыков лично предупредил Абдул-Ахада об опасности, которой может подвергнуться он сам и вся его страна в случае антирусских выступлений, возглавляемых религиозными фанатиками. В дальнейшем проблем не возникало. Железная дорога прошла в восьми милях южнее столицы, несмотря на настроения населения, называвшего локомотив Арба-и Шайтан (повозка Сатаны). Тем не менее в течение года или двух бухарцы изменили свое мнение и стали с большим удовольствием ездить на поездах. К 1898 году Абдул-Ахад счел возможным заплатить полную стоимость (500 000 руб.) за прокладку ветки, соединившей его столицу с железной дорогой. Ветка была построена в 1900–1901 годах, и вся прибыль от ее работы пошла эмиру.

Вопреки статье 16 договора 1873 года, которая постанавливала, что «русский полномочный представитель в Бухаре… будет жить в доме и за счет русского правительства», с 1886 по 1891 год политическое агентство было расквартировано и содержалось за счет эмира. Согласно бухарскому этикету, все иностранцы, находившиеся в ханстве по официальным делам, являлись гостями эмира. Абдул-Ахад выделил агентству большой дом местной постройки с участком, обнесенным забором, и снабдил его штат, включая охрану из 20 уральских казаков, едой, прислугой и лошадьми. Кроме того, эмир приставил к агентству местного чиновника, который должен был жить во дворе дома, где он целый день сидел и следил за всеми, кто входил и выходил из двора, включая самих русских. Только через пять лет агентство смогло избавиться от этих ограничений. В 1891 году оно переехало на новую квартиру в русском поселении Новая Бухара, которое выросло к югу от столицы вокруг железнодорожной станции. Там агентство разместилось на русской земле, а не в гостях у эмира, что больше соответствовало достоинству бухарского сюзерена и защитника, даже несмотря на то, что некий русский визитер сообщал, что Абдул-Ахад внес 100 000 рублей в строительство нового дома для агентства.

Англо-русские трения и граница по Амударье, 1885–1888 гг

Затянувшийся кризис в англо-русских отношениях, который начался в 1885 году, подтолкнув тем самым строительство Центральноазиатской железной дороги и косвенно учреждение политического агентства в Бухаре, продолжал оказывать свое влияние на ханство и во второй половине 1880-х годов.