Неудивительно, что разногласия между Врангелем и Сидориным вскоре стали очевидными. Эти два генерала находились на противоположных краях политического спектра антибольшевистского движения. Врангель был лидером правых, а Сидорин, частично под влиянием своего начальника штаба генерала Кельчевского, все больше смещался влево. Негативные последствия имела и попытка Врангеля получить помощь Сидорина в интригах против Деникина в декабре 1919 года, а память об этом событии увеличила их взаимную враждебность.

Искрой, которая воспламенила борьбу, стала редакционная политика газеты «Донской вестник», издававшейся командованием Дона. Редактор газеты, граф дю Шайла, был начальником политического отдела штаба Донской армии. Статьи в газете превозносили достижения Мартовской революции, обвиняли белых в том, что они не принесли людям свободу, защищали построение федеральной и демократической России и обещали создание казацкого государства с участием Дона, Кубани и Терека. Поскольку «Донской вестник» был официальной газетой Донской армии, цензоры придирчиво его не изучали, и Врангель некоторое время не знал о его политической направленности. Он привлек его внимание, потому что издатель конкурирующей газеты в Евпатории, «Евпаторийский курьер», некто Ратимов, пожаловался Кутепову, который незамедлительно уведомил главнокомандующего. 19 апреля Врангель закрыл «Донской вестник», отдал приказ об аресте графа дю Шайла и велел Сидорину, Кельчевскому и квартирмейстеру генералу Кислову немедленно прибыть в Симферополь. Богаевский тщетно пытался вмешаться. Врангель уже решил использовать возможность и сокрушить оппозицию. Он арестовал офицеров и передал их под трибунал. Главнокомандующим Донским корпусом он назначил генерала Абрамова. Учитывая возможность того, что казаки окажут сопротивление, арест командиров был опасным шагом. Действительно, Сидорин не признавал прав Врангеля его арестовать и обдумывал воззвание к последователям о защите. Атаман Богаевский, однако, указывал, что конфронтации, которая неизбежно будет иметь катастрофические последствия, необходимо избежать любой ценой, и убеждал Сидорина подчиниться. Врангель полностью осознавал, что существует возможность вооруженного столкновения, и отдал войскам приказ быть готовыми к такому событию.

Генерал Драгомиров был членом трибунала, возглавляемого военным прокурором Селецким. Казаки считали участие Драгомирова особенно несправедливым, так как «Донской вестник» нападал на него лично за то, что он возглавлял Особое совещание. Граф дю Шайла, помня о судьбе Калабухова, повешенного Врангелем в ноябре 1919 года, пытался покончить с собой. Ему удалось только нанести себе рану, но он не мог предстать перед судом. Суд вынес оправдательный приговор Кислову, но приговорил Сидорина и Кельчевского к каторге. Врангель мудро смягчил приговор до увольнения из армии, и оба эти генерала немедленно покинули страну. Он достиг своей цели: взял командование Доном под жесткий контроль и показал врагам, что не потерпит оппозиции.

Когда трибунал в сентябре судил графа дю Шайла, тот был признан невиновным. Для главного командования это была в некотором роде неловкая ситуация, ведь как редактор газеты он должен был быть обвинен в первую очередь. Было мало смысла в том, чтобы оправдать его и признать виновным его начальство за то, что его не остановили. Однако к сентябрю политическая ситуация изменилась, и суд привлек немного внимания. Врангель приказал графу дю Шайла покинуть страну. Таким образом, «невинные» и «виновные» понесли одинаковое наказание.

После смещения с поста Сидорина донские казаки больше не причиняли Врангелю беспокойства. Восстановленный Круг был лишь тенью себя прежнего. Бывший представитель управления финансов Карженевский сформировал правительство, которое было сокращено до половины прежнего размера. Оно потеряло право на выпуск денег, и Врангель обращался с казаками как с бедными родственниками, время от времени неохотно выдавая им небольшие суммы.

Казаки Терека не имели политической значимости. Это было всего несколько тысяч бойцов. Атаман Вдовенко никогда не возражал против политики Врангеля, а правительство, которое было эфемерной организацией, не оказывало влияния на политическую жизнь Белого движения.

Как всегда, самой большой проблемой оказались кубанские казаки. Основная часть их армии оставалась на Северном Кавказе, окруженная большевиками, зелеными и грузинами. Врангель считал необходимым объединить войска, выведя армию в Крым. Атаман Букретов, напротив, сопротивлялся этому, возможно потому, что понимал: вливание его частей в основную армию приведет к потере независимости. Но Врангель был настроен решительно. Он держал атамана под домашним арестом, пока тот не согласился прийти на берег Черного моря и принять командование операцией. Ситуация кубанской армии была критической. Большевики возобновили наступление, и казаки паниковали: некоторые бежали в горы, другие просили убежища в Грузии, а многие сдались в плен. Белым удалось эвакуировать лишь часть исходных военных сил. Погрузка на суда, закончившаяся 4 мая, снова осуществлялась в трудных условиях. Хотя британцы предоставили несколько кораблей, судов в гавани было недостаточно, и лошадей и тяжелое оборудование пришлось оставить. После этого панического бегства Букретов, не найдя поддержки ни в главном командовании, ни среди казаков, подал в отставку.

Объединение армий и отставка Букретова не решили политических проблем Кубани. Согласно ее конституции, председатель правительства Иванис стал исполняющим обязанности атамана. Рада, однако, отказалась признать его, сидя в Крыму, и обвиняла в событиях на Черноморском побережье, и в особенности в капитуляции части армии перед большевиками, скорее его, чем Букретова. Рада объявила Иваниса предателем. Иванис, в свою очередь, отверг право группы политиков действовать от имени рады и не признал законности их решений. Он надеялся сделать опорой своей власти собрание радикальных политиков, которые бежали в Грузию, не желая продолжать сотрудничества с российскими офицерами. Крымская рада решила избрать атаманом генерала Улагая, но Улагай отклонил эту честь. Так что раде удалось подорвать власть Иваниса, но не удалось назначить ему замену.

Врангель воспользовался этой ситуацией и столкнул две стороны лбами. Он мало уважал Иваниса, но продолжал иметь с ним дело. Иванис стал его пленником. Без сомнения, этот радикальный политик ненавидел все, что отстаивал Врангель, но не смел противиться главнокомандующему, поскольку его власть зависела от того факта, что Врангель считал его атаманом. Неотъемлемые сложности положения Иваниса проявились в начале августа, когда Врангель решил сделать свое согласие с казаками более явным. Он отдал атаманам приказ прибыть в его штаб и дал им только один день на рассмотрение нового соглашения. В этом соглашении атаманы заново признавали Врангеля правителем антибольшевистской России. Он должен был быть неоспоримым командующим армий, контролировать сеть железных дорог и другие средства коммуникации и иметь монополию на выпуск денег и осуществление внешней политики. Врангель, в свою очередь, обещал войскам автономию во внутренних делах и совещания с представителями казаков, а некоторых из них он обещал включить в состав своего кабинета. Это было соглашение, к которому Деникин стремился не один год, но так и не получил.