Для защиты интересов русских торговцев в Бухаре должен находиться русский торговый представитель; российские подданные должны иметь право устраивать караван-сараи в любом городе ханства; русские торговцы должны платить те же пошлины, что и бухарцы; эмир должен навсегда отказаться от вмешательства в дела Коканда и выплатить контрибуцию в размере 100 000 тилл (примерно 400 000 рублей).

Несмотря на возражение бухарского посла, что у него нет полномочий соглашаться на контрибуцию, Крыжановский, верный собственному совету, который он дал в июле Романовскому, остался непреклонным. В мае Музаффар ничем не подкрепил своего согласия с предварительными условиями Романовского, а Крыжановский был лично оскорблен скудными подарками, присланными ему эмиром, и решил заставить Музаффара принять условия, захватив Ура-Тюбе и Джизак. 5 сентября он написал Милютину, что возобновляет военные действия против Бухары. Восемь дней спустя бухарскому послу сказали, что у эмира есть всего десять дней, чтобы заплатить контрибуцию, или он окажется перед лицом военных действий. Крыжановский знал, что за десять дней невозможно добраться из Ходжента до Бухары (более 300 миль), собрать такую большую сумму и вернуться назад. 20 сентября русские войска выступили из Ходжента, чтобы к тому моменту, когда 23-го истечет срок ультиматума, быть на бухарской границе.

В октябре русские войска взяли один за другим Ура-Тюбе, Джизак и Яны-Курган. В преддверии окончания сезона кампанию решили завершить, и генералы Крыжановский и Романовский вернулись в Ташкент. От Музаффара вестей не было, но вскоре после падения Джизака 18 октября беки из Шахрисабза попросили русских продолжить наступление на Бухару и заявили о своем желании сотрудничать.

1866 год принес русским новые значительные завоевания, но не принес в Центральную Азию мира и стабильности. Александр II и Горчаков не преминули выразить недовольство. В ноябре Милютин напомнил Крыжановскому, что «император не хотел новых завоеваний» и ждет возобновления мирных переговоров с Бухарой, «поскольку в нынешних условиях умиротворение на этой территории и возобновление торговли с нашими азиатскими соседями важнее, чем самые блестящие военные успехи, особенно если они требуют усиления наших войск и новых расходов из государственной казны». В следующем месяце события 1866 года получили критическую оценку в меморандуме Министерства иностранных дел: «Какими бы блестящими ни были успехи нашего оружия, с точки зрения политики они не достигли положительных результатов».

Проект договора 1867 г

В январе 1867 года Индия ответила отказом на призыв Музаффара помочь ему против России, поэтому в мае эмир отправил в Оренбург другого посла для возобновления мирных переговоров. Очевидно, его целью было добиться возвращения Ура-Тюбе и Джизака и признания границей левого берега Сырдарьи, а если это не получится, то, по крайней мере, выиграть время, чтобы подготовиться к возобновлению военных действий.

Пока в Оренбурге шли переговоры, Туркестанская область получила статус генерал-губернаторства, а Романовского сменил генерал К.П. Кауфман. Императорский указ от 17 июля давал Кауфману всю полноту власти «решать любые политические, пограничные и коммерческие вопросы, отправлять на сопредельные территории доверенных лиц для ведения переговоров и подписания соглашений, условий и административных положений, затрагивающих подданных обеих сторон». Император заранее брал на себя обязательство «одобрять все, что будет заключено и подписано на основании указанных выше полномочий». Назначение пришлось фон Кауфману по вкусу. Тщеславный и жаждавший личной славы новый генерал-губернатор наслаждался и сущностью, и преимуществами власти. Церемонное поведение и строгое соблюдение этикета, которым он себя окружил в Ташкенте, так поразило жителей Центральной Азии, что они прозвали его ярым-падишах (полуимператор).

Расхождение во мнениях между центральным правительством и командующими на местах никуда не делись. Генерал Мантейфель, принявший на себя обязанности правителя Туркестанской области после отзыва Романовского, убеждал продолжить наступление, но на этот раз на Самарканд. Стремоухов 29 июля ответил начальнику Генерального штаба графу Ф.Л. Гейдену возмущенным письмом: «Нам постоянно говорили, что различные пункты в Центральной Азии необходимы, чтобы укрепить нашу позицию и служить оплотом и бастионом для наших владений. Такими пунктами поочередно назывались Чимкент, Ташкент, Ходжент и Джизак, и теперь нам указывают на Самарканд… Постоянно говорилось, что ради славы России, ради поднятия ее престижа необходимо взять ту или иную твердыню или разгромить азиатские орды на поле боя. Твердыни были взяты одна за другой, орды наконец разгромлены, подходящие границы установлены, но потом неизбежно выяснялось, что не хватает еще одной твердыни, что нужна еще одна победа, что по-настоящему правильная граница проходит где-то дальше, что прошлые успехи подняли наш престиж недостаточно высоко. Вы, ваше сиятельство, справедливо согласитесь, что такому образу действий нужно наконец положить конец, поскольку он не согласуется ни с достоинством, ни с истинными интересами правительства». Этими словами, отвергая хорошо знакомые аргументы военных о стратегической необходимости, Стремоухов обращался к Горчакову и к императору.

Заняв свой пост, генерал Кауфман обратился к задаче заключения мира с Бухарой. Крыжановский доработал свои прежние сентябрьские мирные условия, превратив их в проект договора из десяти пунктов, получивший одобрение императора. Кауфман предложил несколько поправок, включая положение, что эмир должен поддерживать отношения с императором только через генерал-губернатора, находящегося в Ташкенте, и что Яны-Курган будет возвращен Бухаре. Крыжановский принял поправки и 14 сентября 1867 года подписал проект договора и передал его бухарскому послу, который с мая оставался в Оренбурге.

Согласно проекту договора, русско-бухарская граница устанавливалась между Джизаком и Яны-Курганом и оттуда шла на север к устью Сырдарьи. И Россия, и Бухара были обязаны поддерживать мир на границе, пресекая набеги на территорию соседа. Семь из двенадцати статей договора были направлены на то, чтобы открыть Бухару для русских торговцев, которые получали право торговать, размещать караван-сараи и держать торговых представителей на всей территории ханства, а также иметь и приобретать там недвижимое имущество, что подлежало согласованию с генерал-губернатором в Ташкенте. Русские должны были платить такие же торговые пошлины, как и бухарцы. Бухара была обязана защищать русские караваны от грабителей и предоставить генерал-губернатору исключительное право уголовной юрисдикции в отношении всех русских, находящихся на территории ханства. Несмотря на специально оговоренный запрет эмиру иметь дело непосредственно с правительством Российской империи, договор никоим образом не ущемлял бухарский суверенитет. Кауфман изложил свое мнение на этот счет в письме к Стремоухову, когда проект договора был передан бухарскому послу: «Некоторых пунктов мы вообще не касались. Например, я счел несвоевременным и излишним оговаривать, что эмир не должен без нашего согласия брать на себя никаких политических обязательств в отношении соседних ханств или других стран в целом. Это несвоевременно, поскольку выдало бы наши опасения по поводу любых центральноазиатских альянсов или даже вмешательства англичан; мы не должны, как мне кажется, обозначать свои, даже воображаемые, слабые места. Это было бы излишним, поскольку мы в любом случае