ожидании ответа Бухара потребовала от Черняева, чтобы он отошел как минимум в Чимкент. В ответ на попытку эмира решить дело непосредственно с Петербургом Черняев приказал арестовать всех подданных Бухары и конфисковать все бухарские караваны в Ташкентской области. Затем он попросил свое начальство распространить эти меры на всю Российскую империю. Крыжановского сильно обеспокоило положение, в котором он оказался из-за действий Черняева. Опасаясь недовольства Петербурга, он тем не менее предпочел распространить аресты на Оренбургское генерал-губернаторство, чем отменить приказ Черняева, заставив его потерять лицо в глазах местных жителей и открыв им отсутствие единства среди русских. В результате в генерал-губернаторстве было арестовано 138 бухарских торговцев. Еще до того, как Музаффар узнал об их аресте, он наконец получил первое письмо Черняева и выразил свое удовлетворение, послав русскому командующему подарки с единственной просьбой, чтобы русские не переходили реку Чирчик, которая могла бы служить временной границей, пока бухарское посольство не получит ответ из Петербурга. Черняев не дал положительного ответа, возможно, потому, что Ташкент зависел от поставок зерна из района, расположенного к югу от Чирчика. Когда эмир узнал об аресте своих подданных, его пыл заметно охладел, и он немедленно отправил посыльных с требованием освободить их.

Петербург был недоволен, что Черняев предпринял такой важный шаг, даже не объяснив причин, но в то же время исполнился решимости не уступать Музаффар ад-Дину ни дюйма. 23 июля Горчаков пожаловался на действия Черняева военному министру Милютину, хотя подтвердил: «Мы не можем сейчас отступить. Склониться перед эмиром было бы немыслимо». Министерство иностранных дел чувствовало, что ситуация стремительно ускользает из рук гражданских властей, переходя в руки военных, но его беспокоило только, чтобы армия была уверена в своих силах, когда дело дойдет до столкновения с Бухарой. Несмотря на то что приказы Черняева и Крыжановского получили подтверждение, в ожидании поступления дальнейших указаний их действие ограничили Оренбургским генерал-губернаторством. Уведомляя об этом Крыжановского, Милютин добавил, что «необходимо любой ценой обеспечить наше влияние и сохранить наше достоинство». 29 июля военный министр разъяснил политику правительства в отношении Бухары на длительную перспективу: «Честь империи и интересы России не позволяют нам даже рассматривать возможность отступления или уступок высокомерным требованиям эмира Бухары. Наше будущее во всей Центральной Азии зависит от той позиции, которую мы займем в отношении Бухары, и Его Величество Император надеется, что ваше превосходительство не преминет приложить все усилия для поддержания чести России и нашего влияния в Центральной Азии». Там же Милютин передал Крыжановскому предостережение Горчакова использовать силу только в крайнем случае и избегать любых военных поражений, которые могут ударить по престижу России.

В конце июля посланцы эмира, направлявшиеся в Петербург, добрались до Казалинска, расположенного в низовьях Сырдарьи, где были задержаны по приказу генерала Крыжановского, который объяснил им, что Музаффар должен договариваться с ним, а не с императором. В то же время Крыжановский предложил, чтобы Петербург разрешил ему вести дела с эмиром по вопросу Ташкента, который должен остаться независимым государством под гарантии России.

Оккупация Ташкента и арест бухарских торговцев, которые были произведены по инициативе Черняева, стали непосредственной причиной усиления враждебности между Россией и Бухарой. Петербург был встревожен. В сентябре директор Азиатского департамента Министерства иностранных дел Стремоухов в ответ на предложение Черняева захватить Ташкент и часть Коканда, расположенную севернее Сырдарьи, предупреждал против любого дальнейшего продвижения в Центральной Азии. 19 октября в попытке вернуть правительству контроль над событиями Кабинет министров приказал Крыжановскому как можно скорее отменить репрессивные меры в отношении бухарских торговцев, и в будущем не предпринимать никаких экстраординарных мер без санкции правительства.

Тем временем дело шло к войне. В сентябре Черняев приказал своим войскам усмирить район за рекой Чирчик, тем самым отказывая Музаффару в его июльской просьбе считать Чирчик временной границей Бухары. В середине октября Черняев отправил к эмиру посольство во главе с надворным советником К.В. Струве из Военного министерства, чтобы договориться о восстановлении дружеских отношений и торговли. В Бухаре русские обнаружили посланцев из Коканда, Хивы, Шахрисабза и Афганистана. Судя по всему, в ближайшем будущем следовало ожидать формирования антирусской коалиции. В ноябре Музаффар арестовал не только миссию Струве, но и всех остальных русских в Бухаре. 7 декабря Черняев потребовал у эмира объяснений по поводу этих арестов. Эмир ответил, что русская миссия была задержана в отместку за арест бухарского посольства (в ноябре переведенного в Оренбург) и будет освобождена после того, как посланцы Бухары получат положительный ответ от самого императора.

Думая напугать эмира, Черняев 12 января 1866 года послал небольшой отряд на другую сторону Сырдарьи в Чиназ, но в результате Музаффар начал собирать войска и вступил в переговоры с Хивой и туркменскими племенами. Тогда 31 января в нарушение предписаний своего начальства в Оренбурге и Военном министерстве, Черняев форсировал ледяную Сырдарью и двинулся на Джизак, самую мощную крепость на бухарской границе. Губернатор Туркестанской области был награжден за взятие Ташкента и не сомневался, что, несмотря на нарушение предписаний, получит аналогичную награду за предполагаемую кампанию против Бухары. Черняев сообщил Музаффару, что перешел Сырдарью не чтобы что-то завоевать, а чтобы освободить захваченных русских послов. Эмир попытался остановить дальнейшее наступление, пообещав освободить миссию Струве, но Черняев повторил, что продолжит наступление по Голодной степи, пока не дойдет до первого места водопоя, где и будет ждать своих соотечественников. Русские остановились примерно в пяти милях от Джизака, бек которого отказался продать им дрова и сено и открыл огонь по русскому отряду, посланному раздобыть их. Вскоре стало ясно, что Музаффар остановился и не собирается отпускать пленных. Черняев решил не пытаться взять Джизак и 11 февраля начал отходить на левый берег Сырдарьи. Еще до того, как началось отступление от Джизака, Черняев, который уже давно был в ссоре с Крыжановским, был снят со своего поста и отозван домой для объяснения своего поведения.

Первая бухарская кампания, 1866 г

Преемником Черняева на посту военного губернатора Туркестанской области стал генерал-майор Д.И. Романовский. Он получил совместное предписание от Военного министерства и Министерства иностранных дел, которое фактически давало ему полную свободу действий. Эти предписания приказывали ему «всячески стремиться не расширять наши владения в Центральной Азии, однако не отказываться ради достижения этой цели от таких действий, которые могут быть нам необходимы, и в целом, прежде всего, иметь в виду истинные интересы России». Петербург выражал сожаление, что недавние события сделали эмира Бухары нашим врагом, и настаивал на скорейшем восстановлении дружеских коммерческих отношений. Однако никакие специальные действия в этом направлении не были рекомендованы. Напротив, предписание напоминало, что «азиаты уважают только военную силу, что