В начале 1865 года Петербург придерживался в Центральной Азии политики, публично заявленной министром иностранных дел Горчаковым прошлой осенью. В отношении непосредственно Коканда или Ферганской долины Горчаков интерпретировал эту политику как строгое невмешательство. Россия должна была избегать «любого вмешательства во внутренние дела этого ханства», поскольку такая линия привела бы к нежелательному вовлечению в его внутренние проблемы, длительной войне и нежелательным завоеваниям. Только нарушение границ России или ее торговых интересов могло оправдать вооруженную интервенцию в Коканд, но «даже тогда военные действия не должны вести к приобретению новой территории». Невмешательство во внутренние дела ханств до тех пор, пока они ведут себя мирно и послушно, оставалось основополагающим принципом политики России вплоть до 1917 года.

Однако в отношении Ташкента Горчаков применял свою политику довольно странным образом. Поскольку Россия и Коканд по-прежнему находились в состоянии войны, так и не достигнув договоренности о границе, Горчаков не вполне противоречил себе, поддерживая отделение Ташкента от Коканда. Независимый Ташкент, чье подчинение России гарантировала «близость наших вооруженных сил», стал бы в случае необходимости удобной базой для дальнейших действий против как Коканда, так и Бухары. Он мог бы служить буфером против неожиданных нападений любых других ханств и принес бы пользу русской торговле. Горчаков предложил, чтобы Россия добивалась «независимости» Ташкента, сначала подталкивая жителей к восстанию против Коканда, а затем, бросив туда русские войска, чтобы обеспечить восставшим быструю победу. Однако Россия должна была избежать оккупации Ташкента в соответствии с решением Петербурга о недопустимости дальнейших завоеваний. Цель Горчакова получить номинально независимый Ташкент под русским влиянием стала образцом будущих отношений с тремя созданными ханствами. Но сначала этим государствам следовало продемонстрировать эффективность русского оружия как инструмента контроля.

Схема русской политики, предложенная министром иностранных дел, должна была стать руководством для генерал-майора М.Г. Черняева. Черняев получил назначение на пост военного губернатора Ташкентской области, сформированной 12 февраля 1865 года из территорий, которые были завоеваны, начиная с 1853 года, и подчинявшейся недавно назначенному генерал-губернатору Оренбурга генералу Н.А. Крыжановскому. Сгорая от нетерпения, Черняев рвался возобновить атаку на Ташкент, потерпевшую неудачу в октябре прошлого года. 22 января 1865 года Черняев писал из Чимкента своему близкому другу полковнику В.А. Полторацкому, служившему в Генеральном штабе: «Когда ты приедешь сюда, то сам увидишь, что атака на Ташкент не настолько немыслима, как пытаются представить мои друзья в Петербурге. Если бы не данные мне предписания, я уже сейчас выгнал бы кокандцев из этого маленького городка… Здесь нам кажется неправильным оставлять в Ташкенте кокандский гарнизон, и мы убеждены, что нам в Чимкенте было бы спокойней, если бы этот город стал автономным или принадлежал нам, хотя, конечно, им в Петербурге виднее». Когда Крыжановский передал Черняеву горчаковские инструкции вместе с собственным наставлением «оказывать моральную поддержку» сепаратистской партии в Ташкенте и «направлять свои усилия на формирование в Ташкенте государства независимого от Коканда и Бухары, но находящегося в вассальной зависимости от России», Черняев получил все разрешения, которые ему требовались. 24 апреля он выступил на Ташкент, утверждая, что концентрация бухарских войск в Самарканде и Ура-Тюбе представляет непосредственную угрозу Ташкенту. Обнаружив, что за прорусской партией слишком плотно следит кокандский гарнизон, чтобы она могла служить эффективным инструментом русской политики, Черняев 7 мая осадил Ташкент.

Через несколько дней Черняев под свою ответственность начал переговоры с Бухарой, стремясь «отвлечь эмира от попытки вмешательства в дела Ташкента и повернуть его действия в другом направлении, более соответствующем нашим интересам». В своем письме эмиру Черняев заявил, что Александр II велел ему не переходить Сырдарью, но хотел, чтобы для обеспечения спокойствия и порядка эмир оттеснил Коканд к югу от реки. Далее русский командующий обещал, если Музаффар пожелает, испросить разрешения императора на отправку русских войск в помощь этой операции, и оставил на усмотрение эмира вопрос, следует ли Худояру продолжать сидеть на троне Коканда.

13 мая Черняев написал Крыжановскому, предлагая, чтобы Россия использовала Сырдарью как свою естественную границу и согласилась с оккупацией Бухарой Южного Коканда, чего, по его утверждению, Россия все равно не могла избежать на данный момент. Он также просил разрешения начать переговоры с эмиром по этому вопросу. Просьба Черняева санкционировать его действия была всего лишь формальностью, поскольку он уже написал Музаффару и в любом случае не мог бы ждать два месяца, необходимых для получения ответа из Петербурга. Ответ правительства, представлявший чисто академический интерес к тому времени, когда он в конце июня – начале июля дошел до Черняева, состоял в том, что оккупация эмиром остатков Кокандского ханства рассматривалась бы как враждебный акт в отношении России и привела бы к приостановке торговли Бухары с Россией. Несмотря на то что сама Россия не стремилась к дальнейшим территориальным приобретениям, она, по-видимому, ничего не имела против усиления одного из своих соседей за счет другого. Петербург воспользовался этой возможностью, чтобы подчеркнуть, что и Ташкент, и Коканд должны остаться незатронутыми русской оккупацией. Их нужно сохранить как независимые государства под русским влиянием, чтобы, таким образом, гарантировать спокойствие русских границ и безопасность своей торговли. Оказавшись перед лицом правительственного неодобрения, Черняев в своем рапорте от 6 августа преуменьшил значимость предложения, которое он сделал эмиру, утверждая, что Россия в любом случае не смогла бы предотвратить захват Бухарой Южного Коканда, а русское обещание военной поддержки Россию ни к чему не обязывает. Отправленное в мае письмо Черняева эмиру по какой-то необъяснимой причине дошло к нему с большим опозданием. Тем временем пробухарская партия добилась контроля в Ташкенте и вступила в контакт с Музаффаром. Встревоженный намерениями русских, эмир пошел на Ходжент и захватил город. Но 17 июня Ташкент сдался Черняеву, и в нарушение приказов там разместился русский гарнизон. По словам Черняева, это было сделано, чтобы не допустить междоусобиц и защитить город от Коканда и Бухары.

Тем временем Петербург обдумывал свою будущую политику в отношении Бухары. В течение мая Министерство иностранных дел совместно с генералом Крыжановским подготовило проект требований, в котором настоятельно просило Бухару вести себя как добрый сосед и обеспечить русским купцам «полную безопасность и сохранность их собственности; право свободно торговать во всех городах Бухарского ханства; такие же таможенные пошлины, как у подданных Бухары, и равные с ними права в бухарских судах». Россия по-прежнему требовала от Бухары не больше, чем в прошлые десятилетия.

Разрыв с Бухарой

Прямо перед падением Ташкента, но после того, как Музаффар захватил столицу Коканда и восстановил Худояра на троне, он отправил посольство к Александру II с просьбой установить границу между Россией и Бухарой. В