Получив привилегии в финансовых делах и право иметь своих священников, орден освободился от епископальной власти и вышел из-под юрисдикции обычных судов. Под интердикт не подпадали церкви, которые орден сохранил за собой; во время интердикта им разрешалось хоронить братьев. В отношении судопроизводства можно утверждать, что к концу XII в. на практике госпитальеры были ответственны только перед Римом. Неясность формулировок той или иной привилегии вела к их различной интерпретации, что вызывало ожесточенные споры между госпитальерами и епископами, когда каждая сторона отстаивала свои позиции.

Рим обычно поддерживал орден в этих диспутах. Тем не менее орден не надеялся отстоять свою точку зрения, не имея своего представителя в суде Рима. Поэтому в XIII в. при Папской курии находилось постоянное представительство ордена. В XII в., вероятно, всякий раз, когда в том возникала потребность, братья временно представляли орден в качестве nuntii. В 1150-х гг. сам Раймонд дю Пюи, вероятно, отправился в Рим для защиты Госпиталя от обвинений патриарха Иерусалимского. Два десятилетия спустя братьям ордена было поручено представлять интересы Госпиталя, когда решался вопрос о правомочности отставки Жильбера д’Эссайи. В 1199 г. Главный командор Италии и приор Барлетты участвовали в рассмотрении в присутствии папы дела ордена, возбужденного в отношении тамплиеров в Маргате. В 1221 г. магистр направил в Рим двух procuratores, чтобы представлять Госпиталь в диспуте с тамплиерами о Джабле (Гибеле); в 1227 г. брат Родерик был прокуратором при Папской курии, а в 1253 г. командор Арагона был посланником госпитальеров своей коменды, участвуя во временной миссии в Риме. В 1231 г. магистр назначил брата Маркизия своим полноправным представителем при курии, и ему была выдана генеральная доверенность представлять интересы ордена. Однако самым известным среди прокураторов был Андреа из Фоджи, брат Госпиталя, который в 1235 г. был одним из двух доверенных лиц приора Рима, поставленный для церкви Святого Гроба в Пизе. К 1238 г. он был прокуратором от всего ордена в Риме; но он не оставался долго на своем посту, и к 1241 г. он стал, вероятно, представителем Госпиталя в судах графства Триполи.

При поддержке Рима госпитальеры получили дополнительные привилегии на целый ряд прежде подаренных владений. Это были обрабатываемые братьями земли, а также те земли, на которых выращивалась продукция для ордена, который оставлял себе десятину, собиравшуюся с этих владений. Получаемые доходы шли на поддержку бедняков. Законодательные акты папства, освобождавшие орден от уплаты десятины с находившихся в его владении поместий, вели к ухудшению материального положения местных церквей. Пострадавшей стороной были не только епископы, поскольку в их казну поступали не все налоги, собираемые в епархиях. Финансовые потери несли, хотя и в меньшей степени, монастыри и приходское священство. Более того, подобно другим орденам – цистерцианцам и картузианцам, – госпитальерам были предоставлены налоговые льготы при ведении хозяйства: в овощеводстве и садоводстве, при разведении домашних животных, заготовке фуража и сена, в производстве шерсти, выращивании льна, рыболовстве. Не уплачивалась десятина с земель, отвоеванных у сарацин. Были расширены привилегии, касавшиеся права наследования и платы за погребение. Папа Александр III постановил, что епископы не могут претендовать на часть наследства, оставленного Госпиталю, при условии, если благотворители были прихожанами орденских церквей и завещали похоронить себя на орденском кладбище.

Епископы попытались принять ответные меры, хотя и довольно безуспешные, обратившись к Третьему Латеранскому собору. Они попытались использовать его решения в качестве оружия в своей борьбе с политикой предоставления все новых привилегий ордену. В 1180 г. папа Александр III строго обличил тех, кто использовал соборные решения для того, чтобы лишить орден его собственности. В 1184 г. папа Луций III с горечью говорил о тяжелых испытаниях, которые переживал орден госпитальеров; епископы вынесли на суд собора свои претензии к нему в вопросе сбора десятины. Когда в 1215 г. Четвертый Латеранский собор твердо заявил, что ордена, находившиеся вне епископальной юрисдикции, не обязаны платить десятину ни с земель, которые обрабатывают их работники, ни с получаемой на них продукции для собственного пользования, некоторые епископы оспорили вердикт собора. Они утверждали, что он не правомочен, если применять его в тех случаях, когда дело касалось десятины, взимавшейся братьями ранее. Это решение, по их мнению, имело силу только в отношении десятины, которую собирали с вновь освоенных земель. Решение об освобождении ордена от уплаты особой обязательной пошлины епископу было вызвано практикой некоторых епископов проводить нескончаемые визитации церквей и монастырей в сопровождении большой свиты. В период между 1166 и 1179 гг. и позднее в 1244 г. были замечены случаи, когда приходские священники препятствовали сбору милостыни орденскими служителями. В 1268 г. отдельные представители епископата отлучали от церкви тех, кто посещал богослужения госпитальеров, происходившие раз в год в областях под интердиктом.

Как уже говорилось, ордену было позволено иметь собственных священников, и это вновь свидетельствовало о даровании ему новых привилегий. Первоначально право священников отпускать грехи было неполным, хотя, как обычно, они, вероятно, могли исповедовать братьев. К середине XIII в. право исповедовать было закреплено только за священниками ордена. Церкви и кладбища, предназначенные ранее исключительно для братьев, были открыты и для мирян, что служило важным источником доходов. К 1166–1679 гг. госпитальеры обрели право погребать на своих кладбищах любого человека, который высказывал подобное пожелание. В 1184 г. тех лиц, кто выбрал место захоронения на земле ордена, могли соборовать священники Госпиталя. В 1190 г. им было позволено крестить детей, подкинутых к дверям орденских домов или родившихся в гостиницах, в случае если ребенок мог умереть или складывалась чрезвычайная ситуация. На следующий год священникам разрешили воссоединять с церковью некоторые категории грешников. С 1217 г. отпущение грехов давалось тем, кто посещал церкви госпитальеров в определенные дни года. Дома госпитальеров на Латинском Востоке имели право предоставлять убежище.

В 1207, 1217 и 1227 гг. привилегия учреждать церкви и кладбища для колонистов-мирян на пустовавших землях была распространена на территории, захваченные орденом у сарацин, и на пограничные земли христианского мира. Для этого было необходимо всего лишь одно условие: отсутствие поблизости монастыря. Построенные на этих землях церкви находились под непосредственным покровительством Святого престола и были тем самым вне юрисдикции местных епископов. Однако в 1257 г. папа запретил строительство часовен и церквей в местностях, на которые распространялась юрисдикция епископов. Тем не менее госпитальеры владели целым рядом приходских церквей с правом патронажа. Папа Александр III ранее 1179 г. подтвердил, что епископальные права в отношении них должны сохраняться; и Третий Латеранский собор постановил, что орден может владеть только теми церквами, которые имеют право представлять кандидата на духовную должность. Хотя булла 1222 г. предписывала, что ни один священник не может быть назначен на приход, где Госпиталь обладает правом патронажа без его согласия, папа в 1257 г. вновь подтвердил, что эти церкви должны выполнять решения обычных судов. Он запретил госпитальерам совершать богослужение в своих приходах во время интердикта. Приходские церкви были также источником доходов. Третий Латеранский собор позволил ордену переводить священников из одной церкви в другую только после консультаций с епископом, но в 1268 г. епископам было предписано не вмешиваться в решения госпитальеров по этому вопросу. Братья получили право использовать добавочные доходы от своих церквей, если в них были поставлены священники, и весь доход – в случае, когда церкви оставались вакантными.