Приоры обладали широкими полномочиями, что открывало путь к злоупотреблению властью. Генеральный капитул 1265 г. разбирал вопрос о вымогательстве приором с командоров боcльших сумм, чем они были способны заплатить. Но злоупотреблениям, присущим системе провинциального управления, активно противостояли магистр и Конвент на Востоке.

Магистр и Конвент на Востоке представляли собой высшую судебную инстанцию, которая принимала апелляции. Магистр осуществлял постоянный контроль за административной и хозяйственной деятельностью ордена. Он часто лично назначал приоров и вел переписку со светскими правителями. Он вмешивался в управление провинциями; иногда ему непосредственно докладывали о состоянии многих важных дел, которыми должен был заниматься исключительно приор. В непосредственной юрисдикции магистра и Конвента находились пожалованные коменды.

Однако контроль над приорствами был не только со стороны магистра и Конвента. В XIII в. все большее влияние на них стали оказывать церковные и светские власти. Папы вмешивались в распоряжения магистров. Генеральный капитул 1262 г. разбирал вопрос о возможных последствиях ситуации, когда приор мог быть отозван со своего поста и переведен на службу к церковному сановнику. Известны случаи, когда короли отправляли приоров по своим поручениям или запрещали им по вызову ордена отправляться на Восток, и даже сами назначали управляющих собственностью ордена. Генеральный капитул 1283 г., вынужденный признать эти негативные факты, принял решение, что, если приор получил вызов, но был задержан правителем, ему в любом случае необходимо выслать на Восток пошлину за проезд (passage), а магистр и Конвент могут заменить его другим приором, если в том появится необходимость.

Капитулярные коменды и приорства Европы иногда объединялись в еще более крупные администртивные единицы. Несомненно, что Управление главной коменды заморских территорий уже существовало к 1171 г. Однако, несмотря на столь громкое ее название, оно вряд ли осуществляло в полной мере свои административные функции. Тем не менее отдельные чиновники администрации были влиятельными персонами. Вероятно, Главный командор заморских территорий имел свою резиденцию в Провансе, и его властные полномочия постепенно ограничивались по мере создания других главных коменд. Полагают, что под его управлением находились только Франция, Бельгия и северные области Испании и что он имел те же обязанности, что и Главный командор Франции. Однако последний никогда не контролировал северные области Испании и Сен-Жиль. Должность Главного командора Франции в середине XIII в. уже не существовала. В 1230 и 1250 г. Ампоста была вне контроля Главного командора, но под его властью до 1231 г. находилась Кастилия, Португалия в 1261 г., Арагон и Наварра в 1293 г. Статуты 1294 г. ограничили, по-видимому, его власть над приорствами Сен-Жиль, Овернь, Франция, Англия и Ирландия. В следующем году Бонифаций де Каламандрасен получил титул Главный командор всех заморских территорий. В остальной Европе также были свои главные командоры. Их назначение зависело от решения магистра, Конвента и капитула, и они могли использовать восковую печать магистра, так же как и Главный командор заморских территорий.

Должность Главного командора Германии появилась в середине XIII в. В начале XIV в. он управлял двумя приорствами Германии и приорствами Польша, Богемия и Венгрия. Статуты, касавшиеся Германии и принятые на Генеральном капитуле 1301 г., называли командора верховным правителем этих приорств. Получение им дополнительных полномочий объяснялось проведенной реорганизацией провинций Германии. По рекомендации своего капитула он мог сместить любого командора, в случае если тот погряз в долгах или настолько плохо управлял своей комендой, что был не в состоянии выплачивать ежегодный налог. Новый командор давал обязательство восстановить хозяйство коменды, но в случае невыполнения им своих обязательств Главный командор мог взять коменду под свое управление. Ни один из подчиненных ему командоров не мог ни начать новое строительство в своей коменде, ни взять заем без разрешения. Он имел право использовать выдаваемые орденом субсидии и выставлять их на продажу за 1 тысячу марок, но при условии согласия на это Конвента. Эти субсидии требовалось возвратить ордену после смерти их получателя. Главный командор Германии, по всей видимости, имел те же властные полномочия, что и приор. Возможно, в целях более эффективного управления и вследствие бедственного положения домов ордена приорства обеих Германий, Польши, Богемии и Венгрии были объединены в одну главную коменду.

Должность Главного командора Италии впервые появилась в 1188 г. Под его управлением находились Италия, Венгрия и Австрия. Спустя несколько лет Венгрия и Австрия перешли под начало Главного командора Германии, в то время как Главный командор Италии управлял только Апеннинским полуостровом и ему подчинялись несколько небольших приорств.

Должность Главного командора Испании впервые появилась в 1170 г. Вероятно, на начальном этапе существования главной коменды ему подчинялись только Кастилия и Португалия. Несмотря на свой титул Приор всей Испании, он, по-видимому, не имел власти над Арагоном и Каталонией вплоть до XIII в. И его властные полномочия иногда принимал на себя Главный командор заморских территорий. К 1230 г., однако, появляется титул, под которым и стал известен этот администратор: Командор пяти королевств Испании. Подобно тому, как это было в Италии, приорства Испании могли на время объединяться. Главному командору Испании упорное сопротивление оказывали испанские рыцари, стремившиеся быть независимыми. В 1308 г., возможно в связи с имевшим место мятежом рыцарей Кастилии, восставших против центральной администрации, орден направил в главную коменду Испании в качестве заместителя магистра конвентуального приора Иоанна Лаодикейского.

На должность Главного командора обыкновенно назначался приор, и, как правило, временно. Главные командоры созывали общие капитулы для нескольких приорств, утверждали назначение командоров. Возможно, в их компетенции было назначение капитулярного бейлифа на место умершего. У них было право визитации земельных поместий ордена. Должность Главного командора была временной; часто ее занимал один из приоров, который имел право созывать общие капитулы нескольких провинций и представлять интересы магистра в Европе. Главные командоры обычно назначались для выполнения какой-либо особой задачи. Так, в 1299 г. конвентуальные бейлифы, вероятно, решили поручить одному из них урегулировать конфликт с мятежными кастильскими рыцарями.

Главных командоров всегда выбирали среди наиболее достойных госпитальеров. Прежде чем быть назначенным Главным командором заморских территорий в 1215 г., брат Амори де Па был командором в кастелянии Ампосты, кастеляном Маргата и Селефкие (Селевкии), и, вероятно, командором Акры. Однако самым известным и прославленным был Бонифаций де Каламандрасен. Многие свидетельствовали, что он был «человек знаменитейший в миру и в ордене», «великий Сеньор», «человек благородный и глубоко верующий». Он имел родственные связи с королевским домом Арагона; и в 1260-х гг. он уже известен как Главный командор на Востоке. Возможно, он вновь занял этот пост в конце 1270-х гг. Но в 1280-х его имя уже не упоминалось среди официальных лиц. Это можно объяснить тем, что он поддерживал Арагон в то время, когда орден был на стороне Франции и папства в их противостоянии этому испанскому королевству. Король Арагона утверждал, что по этой причине Бонифаций был отослан в