Госпитальеры получили полную независимость от епископских судов только в 1309 г. Полагают, что папа Климент V, приняв такое решение, пошел на этот шаг, чтобы защитить их от повторения судьбы тамплиеров. Однако на практике орден госпитальеров был неподсуден епископам уже с середины XII в. В 1177–1178 гг. папа Александр III повторно подтвердил, что на госпитальеров не распространяется юрисдикция епископских судов. Пять раз в 1250-х гг. и снова в 1274 г. папы издавали буллы, которые подтверждали, что госпитальеров не могут судить епископы. В булле Cum dilecti filii fratres 1199 г. опять обращалось внимание на то, что братья не могут быть отлучены епископами; и в XIII в. на нее ссылались неоднократно. Характер деятельности госпитальеров и их международное положение вели к новым привилегиям. В 1225 г. магистру было разрешено поддерживать отношения с отлученными людьми, когда того требовали обстоятельства, при условии что он «не трапезует с ними и не общается» и не дает причины для скандала. Госпитальеры, в свою очередь, старались распространить полученные привилегии на confratres – собратьев и своих наемных работников. Папе пришлось довести до их сведения, что собратья, которые не были насельниками монастырей, но жили отдельно своим хозяйством, продолжают оставаться в епископальной юрисдикции.

Настроение епископата и белого священства, которые наблюдали за тем, как Госпиталь получал все новые и новые привилегии, отразили в своих трудах четверо известных церковных деятелей и хронистов – Гийом Тирский, Герхох Райхерсбергский, Иоанн Солсберийский и Вальтер Мап.

В своей книге De investigatione Antichristi, написанной в начале 1160-х гг., Герхох, пробст монастыря августинцев в Райхерсберге, обличал продажность современной ему церкви. Он обвинял госпитальеров в том, что они купили в Риме свое право выхода из-под юрисдикции патриарха Иерусалимского и епископата, прибегнув к симонии и нарушив церковные каноны. Тем самым многие были втянуты в распри и введены в заблуждение.

Немногим ранее, в 1159 г., Иоанн Солсберийский в труде Policraticus привел аргументы, которые прежде высказывались им в его письме к епископу Солсберийскому. Он известен блестящей карьерой в Кентербери и Риме, своими глубокими познаниями в классической литературе. Несмотря на свою преданность папе, он был противником политики, проводившейся церковью в XII в. Он считал, что своими действиями она наносила удар по основам свободы личности. Одним из важных событий было освобождение рыцарских орденов из-под юрисдикции епископов. Иоанн писал от лица белого священства. Он с недоверием относился к орденским братьям, которые, по его словам, прикрываясь напускным смирением и внешним благочестием, стремились добиться большей власти. Он писал, что братья требовали для себя отмены всякого контроля их деятельности; собирая милостыню, проповедовали, что всякое даяние есть благо; отрицали право церкви на десятину и первые плоды. Они обращали местности в пустыню, разрушая церкви и обращая их в шерстобитные мастерские. Они уверяли, что им открыта сущность всех вещей, и требовали себе первенствующей роли во всех советах, светских и церковных. Они проливали кровь своих врагов и, несмотря на это, дерзали преподавать Святое Причастие. Под их начало переходили церкви в качестве дара от мирян без согласия местных епископов. Они незаконно присваивали себе ключи церкви, принимая исповедь и отпуская грехи, и совершение этого таинства часто зависело от величины дара, который они получали от кающегося грешника. Они открывали церкви, закрытые епископами; хоронили тех, кому было в этом отказано церковью; их проповеди скорее подрывали веру, чем ее укрепляли, потому что в действительности они жили не по благодати, а согласно расценкам на таинство. Каждый раз, когда их обличали, они бросались к подножию папского престола или прибегали к защите светской власти, настаивая, что они отчитываются только перед Римом и своей администрацией в Иерусалиме.

В 1179 г. жалобы Иоанна Солсберийского нашли отклик у большой группы епископов, принявших участие в заседаниях Третьего Латеранского собора. В 1180-х гг. Вальтер Мап, архидиакон Оксфорда и церковный писатель, высказал сожаление, что обращение епископов на соборе осталось неуслышанным из-за действий папы Александра III. Он писал: «Его преподобие кошелек, в отсутствие Божьей любви, завоевал Рим». На отношении Вальтера к независимым духовно-рыцарским орденам сказывалась его ненависть к цистерцианцам. Он считал, что власть орденов возрастала в ущерб авторитету клира. У орденских алтарей служило столько священников, что от этого страдало белое духовенство. Отдельные критические высказывания не могли повлиять на общую ситуацию. С другой стороны, епископы, собравшиеся в 1179 г. в Риме на Третий Латеранский собор, обсудили принятие указа, ставшего поистине обвинительным актом. Братья ордена тамплиеров и ордена госпитальеров были обвинены в нарушении условий передачи им церквей от светских особ, в причащении и погребении отлученных от церкви благотворителей ордена и в ряде других злоупотреблений. Их сборщики милостыни открывали церкви чаще, чем один раз в год; братья погребали умерших в областях, находившихся под интердиктом. Они подрывали власть епископов, побуждая своих собратьев пользоваться привилегиями, которые им не полагались. Собор запретил орденам принимать в дар от светских лиц церкви и десятины без согласия епископов. Все дарения, сделанные в нарушение этого положения «в последнее время», признавались недействительными. Тамплиерам и госпитальерам запрещалось общение с отлученными лицами. Уже назначенным священникам можно было отказать в месте только с разрешения администрации епархии. Орденские сборщики милостыни не должны были допускаться в церкви, находившиеся в областях под интердиктом, чаще, чем один раз в год. Братьям запрещалось погребать умерших в это время. Собратья, жившие в собственных усадьбах, продолжали оставаться в епископской юрисдикции, имея те же обязанности, что и обычные прихожане.

Отсутствуют свидетельства в пользу версии Мапа, который утверждал, что после окончания собора госпитальеры подкупили Папскую курию с целью сделать необязательным выполнение указа. Но несколько папских булл в последующие годы значительно ослабили действенность решений собора. В 1179 г. папа официально запретил отменять все прежние дарения ордену Святого Иоанна. Буллы 1180 и 1184 гг. сурово осудили тех, кто дерзнул, используя авторитет собора, лишить госпитальеров десятины и владений.

Третий Латеранский собор не был безуспешным с точки зрения епископов. По крайней мере, их претензии были услышаны, но спорные вопросы не были урегулированы так, как им хотелось бы, и вал жалоб продолжал нарастать. Жак де Витри, будучи епископом Акры, оказался втянутым в длительный диспут с госпитальерами по поводу их привилегий в своем диоцезе. Он обвинял духовно-рыцарские ордена в секуляризме. Они проявляли алчность, когда речь заходила о земельных владениях. Рядовые братья признавали, что в некоторых случаях необходимо отказываться от собственности, но высшие чины ордена придерживались мнения, что ее нужно сохранить всю как корпоративную. Жак де Витри предлагал обучать грамотных братьев в первую очередь теологии, а не светским наукам, чтобы в каждом ордене наконец-то могли появиться приоры и священники, умевшие читать и писать. Роджер Бэкон сетовал, что обращение язычников является сложным делом по причине раздоров между орденами. Перед Лионским собором 1274 г. папа Григорий Х опубликовал четыре послания, в двух из которых содержалась критика независимых от епископской власти орденов. Автор Collectio de scandalis ecclesiae повторял аргументы Жака де Витри, в то время как епископ Бруно Ольмюцкий (Оломоуцкий) говорил о том, что орденские братья настраивали верующих против приходского духовенства.