Штат приказных служителей комиссии также не был постоянным и терпел различные изменения в зависимости от хода следствия. В марте 1745 года в комиссию были определены секретарь Раскольнической конторы Степан Алексеев и 12 приказных служителей из различных московских присутственных мест (Д. 1, указы № 1, 2). Вскоре по указу Синода Алексеев был заменен канцеляристом Синодальной экономической канцелярии Львом Фёдоровым, в декабре 1745 года произведенным в секретаря Московской духовной консистории; в 1746 году, в виду накопления розыскных дел, т. е. дел, сопровождающихся пытками, в комиссию был определен второй секретарь и потом к двум секретарям в том же году были прибавлены еще два (Лев Фёдоров, секретарь Синодальной экономической канцелярии Иван Шавров, актуариус Герольдии Петр Буторин, секретарь Сыскного приказа, см. Д. 1. № 80, выписка на Л. 829–830). Число приказных служителей к сентябрю 1745 года возросло до 22, но комиссия находила его недостаточным и требовала прибавления еще 11 человек (Д. 1, указ № 292); в 1747 году в ней уже было 12 канцеляристов, 8 подканцеляристов, 17 копиистов; 9 приказных служителей были взяты из Ревизион-коллегии, 4 – из Камер-коллегии, 4 – из Мануфактур-коллегии, 3 – и Вотчинной коллегии, 3 – из Сибирского приказа, 2 – из Московского магистрата, по одному – из приказов Сыскного и Судного, Главного магистрата, канцелярии Конфискации, Берг-коллегии, контор: Военной, Комиссариатской, Монетной, Артиллерийской, Корчемной, Провиантской и Раскольнической (Д. 1. № 91, дело 43). С 1747 же года начинается постепенное сокращение штата канцелярии. В этом году два секретаря выбыли из комиссии (к июлю, см. указ № 79), и присутственные места, ссудившие ее своими приказными служителями, начали одно за другим обращаться к ней с требованиями обратной отсылки их на место службы (см. № 91). В 1749 году сенатским указом от 22 июля штат комиссии был ограничен одним секретарем, 5 канцеляристами, 5 подканцеляристами и 8 копиистами, остальных служителей велено было отослать в те места, откуда они были взяты (Д. 2, указ № 16). Жалованье приказным служителям, взятым с нежалованных мест, выдавалось из Раскольнической конторы (Д. 1, № 292). Она же отпускала комиссии и деньги на канцелярские и прочие расходы, единовременно от 200 и 300 р.; эти выдачи за 1745–52 годы составили 8500 рублей (Д. 1, указ № 576; Д. 2, указ № 72).

Помещалась комиссия в начале следствия в Тайной конторе. 4 апреля 1745 года Синод отвел ей помещение в Спасове-Андроникове монастыре (Д. 1, указ № 60), но едва ли она успела перебраться туда: уже 20 мая Сенатской конторой был отдан ей отписной дом графа Головкина в Красном селе (Д. 1, указ № 129). Колодники были размещены по обывательским дворам поблизости – в декабре 1745 года под них было занято 105 дворов в Красном селе (Д. 1, указ № 667); подвергаемых пытке указано было ставить в Преображенских слободах, между прочими, в домах матросов парусной фабрики (Д. 1, указы № 60, 249). В 1746 году к помещению комиссии были прибавлены порожние покои в находившемся вблизи от нее лазарете отставного лейб-гвардии батальона (Д. 1, № 91, дело об уплате подрядчику Никулину за произведенные им в лазарете починки договорной суммы); в 1747 году пришлось занять под колодников, в добавок прежним помещениям, еще 92 обывательских двора в Спасской улице (Д. 1, дело 47). Когда именно комиссия перешла из дома графа Головкина в конфискованный ею дом юрода Андреяна Петрова (близ Сухаревой башни, на земле статс-дамы княгини Марьи Юрьевны Черкасской) – неизвестно: в этом помещении застал ее указ Сенатской конторы от 18 октября 1751 года (Д. 2, указ № 67), которым она переводилась с делами и колодниками в палаты Житного двора у Калужских ворот. В 1752 году комиссии вновь был отведен двор Андреяна Петрова, в коем она и оставалась по май 1756 года (Д. 2, указ № 106, Л. 154–155).

Военный караул при комиссии был весьма значителен. В декабре 1745 года караульных солдат при 258 колодниках было 332 (Д. 1, указ № 667). В начале 1749 года на карауле в помещениях колодников и на описных дворах стояло 418 нижних чинов под командой 1 секунд-майора, 2 поручиков, 1 подпоручика и 2 прапорщиков (Д. 2, указ № 7). На офицеров было возложено исправление экзекуторской должности в комиссии и смотрение за описными имуществами (указ № 45, инструкция караульным офицерам, № 103–104).

Комиссия была непосредственно подчинена двум высшим «правительствам» – Сенату и Синоду, которые, как мы видели, в организации ее принимали равное участие. В одинаковой степени была подчинена им и деятельность комиссии, доставлявшей им периодически экстракты и доношения о ходе следствия. Вмешательство Синода было ограничено пределами компетенции духовной власти: на основании указа 19 апреля 1722 года комиссия выносила на его решение экстракты, «по которым касалось токмо о богопротивных сборищах» (Д. 1, указ № 102). Поскольку следствие было уголовным, оно подчинено было Сенату, который, например, в сомнительных случаях решал вопрос о розысках (см. Д. 2, указы № 26, 43); его утверждению подлежали уголовные приговоры комиссии (Д. 2, указ № 47).

Случаев вмешательства Синода в действия комиссии известно несколько. На присылаемые комиссией экстракты он нередко делал замечания, требуя исправления усмотренных в ней промахов, направляя по своим указаниям ведение того или другого подследственного дела: указов такого специального характера дошло до нас не менее одиннадцати (Д. 1, указы 142, 152, 291, 600, 649; указы от 7 апреля и 3 июля 1746 года о составлении форм показной присяги для юрода Андреяна Петрова и Варлаама Шишкова № 3, Л. 92–93; от 21 августа того же года о присылке копий расспросных и пыточных речей лжеучителей, бывших под следствием в тайной канцелярии № 75; указ от 8 декабря 1747 года по делу о переяславских хлыстах № 80, Л. 892–894; от 24 декабря – по делу о Сергее Осипове № 67, Л. 124; от 30 января 1749 года о изобличении лжеучителей от Священного Писания № 66, экстракт № 95). Предписаний, имевших общее руководственное значение, было менее. К числу таковых следует отнести: инструкцию духовным членам комиссии, о которой упоминает в указе от 17 марта 1745 года (Д. 1, указ № 15), указ от 9 марта того же года, которым повелено было: 1) производить всем вступающим колодникам допросы по составленным Синодом пунктам и 2) «усматривать накрепко, чтоб кто из последователей оной ереси под какою защитою и фальшем достойного суждения гонзнуть [избежать – К.С.] и через то плевелы сея ереси как искры в пепеле остаться, а невинные по напрасным оговорам, – что иногда может по ссорам и злобам причиниться, – истязаны быть не могли» (указ этот passim в определениях о розысках и освобождении