Синод и Сенат скорее наблюдали за деятельностью комиссии, чем руководили ею. Первый, имевший понятно достаточное основание интересоваться ходом следствия, которое долженствовало раскрыть сущность и размеры недавно возникшего сектантского движения, требовал от комиссии ежемесячных рапортов и подробных экстрактов. Сведения о сектах, представлявшиеся Синоду особенно важными, сбирались путем допросов подсудимых по составленным в Синоде пунктам (числом 22), которые имели целью выяснить преимущественно культ христовщины, способ ее распространения и отношение ее к расколу (см. Д. 2, экстракт 8; Д. 6). Комиссия, впрочем, относилась к исполнению требований Синода довольно небрежно. В начале следствия экстракты доставлялись исправно (от 1733 года их дошло пять, см. Д. 2), с 23 же октября 1733 года отсылка их прекратилась до 23 июля следующего года «за произвождением по определениям в Кабинете ее и[мператорского] в[еличества] о содержащихся в оной комиссии колодниках следствия и за чинившимися им розысками и за сочинением из оного следствия экстрактов и к решению приговоров, также и за рассылкою оных колодников в ссылку» (Д. 2, доношение Синоду от 23 июля 1734 года). Последний из дошедших до нас экстрактов помечен 24 июля 1734 года. По видимому, в этом же году прекратилось и допрашивание подсудимых по синодским пунктам, – по крайней мере, в уцелевших делах 1735 и 1736 годов о нем уже нет помину.

Сенат – которому также периодически доставлялись комиссией экстракты (см. Д. 2.) – оказывал еще менее влияния на ее деятельность. По указу от 15 января 1733 года комиссия должна была приступать к розыскам не иначе, как по сношению с Сенатом (Д. 2, выписка при доношении Синоду от 23 июля 1734 года), но de facto, по-видимому, в вопросах о розысках решающий голос принадлежал не ему, а Тайной канцелярии и Кабинету министров. Нам известны только два случая вмешательства Сената в дела комиссии: в первом по указу Сената было освобождено шесть привлеченных к суду, но оказавшихся невиновными (Д. 2. экстракт 2), во втором – по указу Сенатской конторы два колодника были временно освобождены под расписку (Д. 15. Л. 26).

Судопроизводство комиссии вращалось в обычных формах уголовного следствия того времени. Участие в процессе духовных членов, которым вменялось в обязанность увещевать подсудимых, чтобы показали истину (Д. 2, выписка при доношении Синоду от 23 июля 1734 года), было, по видимому, весьма незначительное и чисто формальное: единственный в сохранившихся делах случай, в котором проявилось оно, – это определение архимандрита Кирилла о снятии монашеского сана с двух преданных суду монахов (Д. 1, протокол 7 сентября 1736 года); вероятнее всего, что деятельность духовных присутствующих ограничивалась участием в составлении доношений и экстрактов, представлявшихся Синоду. Данных для характеристики деятельности светских судей сохранилось очень немного, но, насколько можно было судить по ним, она не отличалась особенною жестокостью, какая была присуща второй следственной комиссии. Розыски в процессе 1733–1739 годов были, по видимому, редки; в большинстве случаев они заменялись битием плетьми при расспросах и очных ставках, иногда повторявшихся несколько раз (в известных нам делах пытка не была употреблена). Трем «указным» розыскам и жжению огнем подверглись сравнительно немногие: насколько известно, мастер московской парусной фабрики Лаврентий Ипполитов и венёвский рассыльщик Федор Карманов (Д. 1, протокол 4 марта 1734 года), монах Савватий Струков и вкладчица Варсонофьевского монастыря Марфа Павлова (Д. 2, экстракт 12). Об условиях, в каких находились содержавшиеся по комиссии колодники, известно очень немного. Из дела № 6 [Д.14 по действующей описи – К.С.] узнаём, что в 1735–1736 годах в нижней палате помещения, занимаемого комиссией содержалось 47 человек колодников обоего пола, что они были чрезвычайно скучены и страдали от тесноты и духоты: здесь были и колодники, содержавшиеся по делам Раскольнической конторы. Комиссия сама сознавалась, что колодничья палата была слишком тесна и неудобна, и отпускала подсудимых по нескольку человек за раз на поруки до решения дела «за утеснением колодников» (Там же. Л. 112–127; Д. 1, протокол 5 января 1736 года). Но весьма вероятно, что колодники – если только их не сдавали для содержания в Сыскной приказ или Тайную контору – размещались по обывательским дворам, как было во время следствия 1745–1752 годов; особенно необходимою должна была представляться эта мера в начале процесса, в 1733–1734 годах, когда число колодников было весьма значительно. Процент смертности подсудимых, который мог бы лучше всего характеризовать их положение, остается неизвестным. С начала следствия по 23 июля 1734 года умерло 30 человек, но нет возможности определить цифру содержавшихся в этот промежуток времени колодников (см. Д. 2. экстракт 12).

Деятельность комиссии продолжалась более семи лет. Наибольшего развития достигла она в 1733–1734 годах. В 1733 году сектанты сыскивались целыми крупными партиями: к взятым по доносу Караулова 78 чел. с мая присоединилась партия в 62 чел., взятых по указыванью явившегося собою в комиссию крестьянина Ярославского уезда села Махалева Ивана Андреева Беспалова: вина ему была отпущена по определению Тайной канцелярии (Д. 1, протокол 28 марта 1734 года и 24 августа 1736 года). По 24 июля 1733 года было сыскано 222 чел., но 24 апреля 1734 года постановлены приговоры о 200 чел. (определения от 15 ноября и 17 декабря 1733 года, 23 января, 4 марта и 24 апреля 1734 года; см. Д. 2, экстракты за 1733–1734 годы). С начала 1735 года размеры процесса начинают сокращаться, – число осужденных за 1735–1736 годы не превышает 33 (Д. 1, протоколы 1735 и 1736 годов). В сентябре 1738 года комиссия нашла возможным ходатайствовать перед Тайной канцелярией о прекращении своей деятельности и передаче оставшихся дел и колодников в какое-либо другое учреждение (Д. 1, протокол 28 марта 1738 года), и 28 марта 1739 года следствие по некоторым нерешенным делам было передано Раскольнической конторе (Д. 1, протокол 28 марта 1739 года), которая и продолжала его в 1737–1740 годах.

За все время процесса было осуждено 303 человека. Из них 301 чел. поименованы в известии, сообщенном раскольнической конторе в мае 1745 года 2-ой следственной комиссии, в котором помещены реестры осужденных по 1-ой комиссии и несысканных оговорных; сведения о двух невошедших в этот список осужденных, Спиридоне Лупкине и Авдотье Лопухиной, находим в делах комиссии (Д. 2. экстракт 12; Д. 3. Л. 1–9). К смертной казни было приговорено пять человек: старица Ивановского монастыря Настасья Карпова, иеромонахи Высокопетровского монастыря Филарет Муратин и Тихон Струков (по определению кабинет-министров), монах венёвской Богоявленской пустыни Савватий Струков и вкладчица Варсонофьевского монастыря Марфа Павлова (по определению комиссии). Дальнейшими мерами наказания были: 1) наказание кнутом, урезание языка и