Главный вход — Святые ворота — находился в западном одноэтажном корпусе монастыря. Над Святыми воротами было больших размеров изображение святителей Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских, а над ними в облаках икона Тихвинской Божией Матери, которую держали два ангела. «Верх ворот венчала башня, — вспоминает отец Павел, — над которой был флюгер в виде ангела с трубой и во время ветра издавался звук, как говорили: Трубный Глас. Привратницей была монахиня Лариса Кузнецова». Такими же круглыми каменными башнями с высокими шпилями, увенчанными флюгером в виде ангелов с трубой, были украшены углы трех монастырских корпусов, а в четвертом, северо-западном, находилась Успенская церковь со входом вне монастыря.

«У Святых ворот обители была часовня, — продолжает описание отец Павел, — в ней находилось резное изображение во весь рост святителя и чудотворца Николая в серебряной ризе с мечом в руке, эту икону носили по приходу четыре раза в году. Еще в часовне находилось резное изображение во весь рост Спасителя, сидящего в темнице, это изображение было у верующих в большом почете, впоследствии я его видел в краеведческом музее города Мологи».

С левой стороны при входе в монастырь, почти посреди двора возвышался величественный белокаменный собор Святаго Духа, а с правой стороны, ближе к административному корпусу, находился Троицкий храм с прилегающей к нему четырехэтажной колокольней.

Троицкий храм обители — основной, его история начиналась вместе с монастырем в XIV веке, а возможно, и раньше. Нынешний каменный пятиглавый с зелеными куполами и крестами, опаянными английской жестью, Троицкий храм построен еще до того, как возродился женский Мологский Афанасьевский монастырь — усердием прихожан храм возведен в 1768 году как приходская церковь. Храм теплый, одноэтажный, главная часть отделяется от придельной одним столпом, по обеим сторонам которого устроены проходные арки. При входе из трапезы в главный храм над аркой устроены хоры для монахинь. В храме два придела. Правый придел — в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих радость» и святых великомучениц Екатерины, Варвары и царицы Августы. Левый придел посвящен святителям Афанасию и Кириллу. «В центральном храме иконостас пятиярусный, густо позолочен, на царских вратах резное фигурное изображение Сошествия Св. Духа». В иконостасе иконы в богатом украшении, из них особенно замечательны два образа, как их описывает отец Павел:

«1. Местная икона ветхозаветная Св. Троицы в серебряной золоченой ризе, размером в два аршина на 1½. Очень древнего письма». Серебряная риза вместе с вызолоченными венцами весила почти 30 фунтов — 29 ф. 55 золотников (около 12 кг. — Авт.)

«2. Местная Богоматерь Тихвинская, датируемая около 1298 г… Икона происходит от рода ярославских князей Феодора Ростиславовича и находилась в обители до 3–16 января 1930 г.».

Сохранилось описание этой иконы в документах конца XIX — начала XX века:

«В настоящее время на Тихвинской чудотворной иконе Божией Матери — жемчужная риза с драгоценными камнями. На ризу употреблено жемчугу 7 фунтов 40 золотников, четыре звезды бриллиантовые; в короне помещены бриллианты, алмазы и яхонты, в часах аметисты, топазы, стразы, изумруды, разноцветные камни и бурмицкие зерна, между коими особенно замечательно одно зерно, имеющее вид рыбки, величиною в полвершка, это зерно находится у Превечного Младенца на рукаве одежды. Все означенные украшения стоят 10 тысяч 584 рубля 32 копейки».

«За южными вратами на правом клиросе, — продолжает описание отец Павел, — икона во весь рост святителей Афанасия и Кирилла, а на правом соответствующая ей преп. Сергия Радонежского. Обе иконы были в опляковых ризах с серебряными венцами. За правым клиросом помещалась икона «Положение во гроб Спасителя» в серебряной ризе, рядом с ней находился образ Смоленской Божией Матери в прекрасной ризе, шитой жемчугом, больших размеров, рядом икона «Достойно Есть», присланная со святой горы Афон, все три иконы стояли в прекрасных дубовых киотах.

В трапезной храма находилось по правую руку прекрасное распятье в натуральную величину с пятью предстоящими, а именно — Богоматерь, Иоанн Богослов, Мария Магдалина, Мария Клеопова и Лонгин сотник, тут же в углу стоял каноник, а по левую руку помещалась прекрасная икона «Скоропослушница» размером 2½ аршина на 1½, присланная игуменье Антонии с Афона, в киоте красного дерева, рядом была дверь на хоры. Тут же находилась икона Иоанна Крестителя, держащего усеченную главу на блюде, икона была в высокохудожественной серебряной ризе, впоследствии эту икону демонстрировали в краеведческом музее г. Мологи.

Тут же у столба стояла икона времен патриарха Никона — «Неопалимая Купина» в металлической ризе. Она была больших размеров.

В правом приделе, устроенном в честь иконы Богоматери «Всех скорбящих радость» и св. великомучениц Екатерины, Варвары и Августы, находился иконостас резной, окрашен в вишневый цвет, местные иконы — Спаситель, сидящий на престоле, Скорбящая Богоматерь и св. мучч. Екатерины, Варвары и Августы, в высокохудожественных серебряных ризах. Во втором ярусе находились иконы — над царскими вратами Христос, благословляющий хлеб и вино, Тихвинская Божия Матерь, креститель Иоанн, святитель Митрофан и святитель Димитрий. Возле правого клироса — икона преп. Макария Калязинского во весь рост без ризы, но в прекрасном резном киоте.

По южной стене в простенках находились следующие иконы — Глава Иоанна Крестителя в серебряной ризе; Спаситель; Алексей Человек Божий; большая икона в киоте и ризе Казанской Божией Матери; икона великомученика Димитрия Солунского на коне, в серебряной ризе. На северной стене придела помещались иконы св. Николая, поясное изображение, вставленное в раму с изображением жития святителя, в большом киоте, в прекрасной ризе, икона была после монахов (т. е. осталась со времен мужского монастыря — Авт.). Икона Иверской Божией Матери размером 2½ аршина на 2, без ризы, но серебряный с камнями венок и в прекрасном киоте. Образ Архангела Михаила во весь рост с огненным мечом в руке — икона новая, принесенная иконописцами в дар казначее Иннокентии. Икона пророка Ильи, больших размеров, после монахов — это всё, что находилось в правом приделе. На потолке были больших размеров изображения — Скорбящей Божией Матери, Сошествие Святаго Духа и встреча с Елизаветою. Левый придел был посвящен святителям Афанасию и Кириллу. Иконостас такой же, как и в правом приделе, но что-то в нем дышало глубокой древностью,