Печатание «Апостола» Иван Федоров вместе со своим помощником Петром Тимофеевым Мстиславцем закончили 1 марта 1564 года — эта дата считается датой начала отечественного книгоиздания (первые печатные книги в Москве увидели свет за десять лет до «Апостола», но они не датированы и анонимны). После «Апостола» Иван Федоров и Петр Мстиславец на Московском печатном дворе выпустили «Часовник», сборник домашних молитв, причем двумя изданиями; первое (1656) сохранилось в единственном экземпляре, что неудивительно, поскольку наиболее массовые и дешевые издания имеют, как правило, худшую сохранность, чем более основательные и дорогие.

Что именно произошло, доподлинно неизвестно, но первопечатникам вскоре пришлось перебраться в Великое княжество Литовское. Иван Федоров описывал случившееся обтекаемо: на печатников воздвигли гонения, причем не от самого государя, «но от многих начальников, и священноначальников, и учителей». Из «зависти и ненависти» эти люди захотели «благое в зло превратити и божие дело в конец погубити». Злонравные, неразумные и неученые люди добились того, что печатников от отечества «и от рода нашего изгна и в ины страны незнаемы пересели». Что именно означают эти слова, неясно. Возможно, против книгопечатания была настроена какая-то часть духовенства, придерживавшаяся традиции рукописных книг. Возникла даже версия о том, что типография Ивана Федорова была сожжена, о чем спустя четверть века упоминал английский дипломат Джайльс Флетчер. Однако факты это опровергают: печатники вывезли из Москвы типографские шрифты, матрицы и гравированные на дереве орнаменты, которые использовали в последующих изданиях.

Иван Федоров и Петр Мстиславец нашли приют в Заблудове (ныне на территории Польши) — имении наивысшего гетмана Великого княжества Литовского (по сути, военного министра и главнокомандующего) князя Григория Александровича Ходкевича, который способствовал развитию славянского книгопечатания и просвещения на землях Великого княжества. Типография проработала около двух лет. В 1568–1569 годах Иван Федоров и Петр Мстиславец выпустили «Учительное евангелие» (толкования евангельских текстов), а летом Петр Мстиславец переехал в Вильну, где на средства состоятельных купцов Мамоничей организовал собственную типографию. В Заблудове Иван Федоров напечатал еще лишь «Псалтырь с Часословцем» (1569–1570), на чем деятельность типографии прекратилась. В качестве вознаграждения князь Ходкевич пожаловал Ивану Федорову село Мизяковское (ныне в Винницкой области Украины).

К началу 1573 года Иван Федоров переехал во Львов, где вновь, с большими трудностями организовал типографию. Здесь в 1573–1574 годах печатается его новый «Апостол», первая книга кириллического шрифта, изданная на украинских землях. В нем Иван Федоров именует себя «Иоанн Федорович друкарь Москвитин». В 1574 году выходит в свет и первая печатная славянская «Азбука», которая была обнаружена только в 1927 году выдающимся деятелем русской культуры С. П. Дягилевым и известна в настоящее время всего в двух экземплярах, которые хранятся за рубежом.

В 1575-м Ивана Федорова пригласил на службу крупный православный магнат Великого княжества Литовского, воевода Киевский и маршалок земли Волынской князь Константин Константинович Острожский, главный светский поборник православной веры на землях Речи Посполитой. В Остроге Иван Федоров организовал уже четвертую в своей жизни типографию и напечатал пять изданий. Среди них «Азбука» 1578 года, в которой Иван Федоров впервые использовал греческий шрифт и в которую включил важный памятник древнеболгарской литературы «Сказание о письменах» черноризца Храбра, повествующее о создании славянской письменности Кириллом и Мефодием. В 1581 году Иван Федоров выпустил в свет свое самое масштабное издание — Острожскую Библию, которая стала первым полным изданием Библии на церковнославянском языке. Острожская Библия оставалась основной редакцией церковнославянской Библии вплоть до начала 1750-х годов, когда была опубликована так называемая Елизаветинская Библия, изданная в царствование императрицы Елизаветы Петровны.

Последние годы жизни Иван Федоров провел во Львове: занимался оружейным делом, изобрел многоствольную мортиру, показывал свое изобретение в Вене императору Священной Римской империи Рудольфу II Габсбургу, любителю технических новинок и покровителю ученых. Побывал в Кракове; известно также его письмо в Дрезден саксонскому курфюрсту Августу, основателю Дрезденской библиотеки и сокровищницы «Зеленые своды». Иван Федоров скончался во Львове в 1583 году и был похоронен в Онуфриевском монастыре, где долгое время сохранялась его надгробная плита. Собор Русской православной старообрядческой церкви в октябре 2009 года причислил диакона Иоанна Федорова, чьи издания священных текстов считаются в этой ветви православия каноническими, к лику святых праведников.

Во львовском издании «Апостола» 1574 года, посвященном памяти умершего в 1572-м князя Ходкевича, впервые появилось изображение, которое обычно трактуется как типографский знак Ивана Федорова. Он напечатан в общей гравированной геральдической композиции на отдельном листе наряду с гербом города Львова и представляет собой помещенную в щите условную фигуру в виде латинской буквы S в зеркальном отображении, причем из верхней ее части выходит обращенная вверх стрела. По бокам этого знака изображены церковнославянские буквы «и десятеричное», «омега», «аз» и «наш», которые вместе составляют имя «Иоан», внизу композиции — торжественная надпись, именующая книгопечатника, причем с полной формой отчества «Федорович», а не краткой «Федоров».

Гравюра из «Апостола» Ивана Фёдорова 1574 г.

Тот же знак, сопряженный с гербом Львова, представлен и в «Азбуке» 1574 года, а в острожских изданиях он присутствует отдельно (щит с гербом держит рука), причем инициалы рядом с эмблематической фигурой в щите другие — буквы «и десятеричное» и «фита», то есть «Иоанн Феодорович». Такой же знак был и на надгробной плите первопечатника.

Относительно этого знака в исторической науке высказывались разные версии. Ясность внес В. К. Лукомский, неоднократно упоминаемый на страницах этой книги. В 1935 году в сборнике, посвященном Ивану Федорову, он опубликовал статью, в которой писал, что этот казавшийся непонятным знак представляет собой польский герб Рагоза, который описывается как серебряная река в красном поле, увенчанная стрелой, направленной вверх. Отсюда следуют два варианта: либо Иван Федоров принадлежал к шляхетскому роду Рагоз, либо каким-то образом был приписан к этому гербу.

Первый вариант фантастичен. Иван Федоров нигде не именует себя каким-либо фамильным прозванием. Очевидно, что никакой фамилии у него не было, а в качестве таковой выступало прозвище по происхождению (Москвитин) или по роду занятия (Друкарь). Это подтверждают его письмо саксонскому курфюрсту, надгробная плита и, наконец, наименование его сына Иваном Друкаревичем.

Лукомский предположил, что речь шла об адоптации, то есть присоединении к уже имевшемуся шляхетскому гербу. Герб этот зафиксирован у Ивана Федорова только во львовских изданиях и отсутствует в заблудовских, значит, он появился между 1570 и 1574 годами, когда первопечатник получил от Ходкевича земельное владение