В январе 1618 года Мориц Австрийский, ставший к тому времени императором Морицем I, вновь прибыл в Лотарингию, однако к тому времени обострились отношения на востоке его владений, и он предпочел как можно скорее завершить войну с французами. 1 марта состоялась единственная встреча Морица I с французским королем Генрихом II в Сент-Мари-о-Мине, на которой был подписан договор, по которому Священная Римская империя получала Эльзас, Зундгау и частично северо-восток Лотарингии с городом Мец, но в обмен уступала французам захваченные у них Перонн и Ретель. Кроме того, Генрих II дал слово не помогать кальвинистам внутри империи.

Договор в Сент-Мари-о-Мине обозначил завершение первого этапа Тридцатилетней войны

29 июля 1617 года умер император Максимилиан II. Он был женат на своей двоюродной сестре Анне, но все дети в браке умерли еще в младенчестве. Брат Максимилиана — эрцгерцог Фридрих — давно скончался, поэтому согласно салическому закону о престолонаследии, принятому у Габсбургов, наследовать ему должен был двоюродный брат Мориц — герой войны с французами.

Однако салическое право действовало лишь на территории немецких владений Габсбургов — в Австрии, Баварии и Нидерландах. В Богемии и Венгрии наследование дозволялось по женским линиям — собственно, именно благодаря этому правилу Габсбурги и сумели получить короны этих государств. Максимилиан II вполне законно занимал оба трона, как муж прямой наследницы императора Филиппа III, однако теперь, когда прямая линия династии прервалась, в Венгрии и Богемии оппозиция заговорила о том, что королем должен стать не эрцгерцог Мориц, а племянник Максимилиана — венгерский магнат Янош Бочкаи.

Янош был сыном Иштвана Бочкаи и Иоанны Австрийской, через которую он приходился внуком императору Иоанну I. Его отец за верность Габсбургам получил титул канцлера Венгерского королевства и в отсутствие императора фактически управлял им. Тот же титул перешел и к Яношу. Он формально продолжал линию отца, но на деле объединял вокруг своего рода реформатское дворянство Венгрии, рассчитывая, воспользовавшись неблагоприятным положением Габсбургов, возникшим после начала Тридцатилетней войны, самому придти к власти.

В январе 1618 года в трансильванском городе Коложваре собралось совещание венгерского кальвинистского дворянства, которое приняло решение, что королем Венгрии не может быть «палач немецких реформатов» Мориц Габсбург. 27 января Янош Бочкаи был единогласно избран королем под именем Яноша II, однако признали его только в Трансильвании, где доминировали реформаты — лютеранские Западная Венгрия и Хорватия к восстанию не присоединились. Тогда Бочкаи обратился за помощью к врагам Габсбургов — румынскому королю Николае I Басарабу и польскому королю Казимиру V Ягеллону. В марте Румыния признала титул Яноша II и 20-тысячное румынское войско вступило в Трансильванию.

Теперь силы Бочкаи возросли в разы, и он сумел взять под контроль весь восток Венгрии вплоть до реки Тисса. Однако к этому времени Мориц I подписал соглашение с Францией и мог всерьез заняться проблемами на другом конце своих владений. Летом армия Бочкаи, которую возглавил талантливый военачальник Габор Бетлен, перешла Тиссу и в августе вступила в Эггер. Спустя месяц была занята Буда, а 1 ноября — Эстергом. Сюда немедленно прибыл Янош II и короновался по всем правилам короной святого Иштвана, которую не успели вывезти покинувшие город сторонники Габсбургов.

Успехи венгерских кальвинистов вызвали рост оппозиционных настроений и в другой части габсбургской империи — Богемии. Здесь по-прежнему были сильны позиции гуситов, чешских братьев и других радикальных сект, чьи идеи стали знаменем борьбы горожан против абсолютизма кайзера. Весть о падении Эстергома достигла Праги зимой 1618–1619 годов — здесь так же произошло восстание, наместники Морица I были изгнаны, королем заочно признали Яноша Бочкаи под именем Яна III. Была создана чешская армия, которую возглавил богатый аристократ Альбрехт Валленштейн.

Король Казимир V Ягеллон так же вынашивал планы относительно Венгрии и Богемии. Ягеллоны уже сидели на престолах этих королевств до Габсбургов, и теперь польский король рассчитывал, воспользовавшись смутой, если и не вернуть себе утраченные владения, то хотя бы отторгнуть Силезию, Словакию, Закарпатье и нек. др. регионы. 25 декабря 1618 года Польша признала Яноша Бочкаи королем Венгрии и польское войско под командованием Станислава Жолкевского вступило на территорию Силезии. При этом, формально, война Священной Римской империи объявлена не была.

Мориц I столкнулся с серьезной угрозой своей власти на востоке. Его армию стали покидать венгерские и богемские солдаты. Тем не менее, он сумел стянуть армию под командованием Бюкуа под Лужицей и отправил ее против пражских повстанцев.

Валленштейн не располагал столь значительными силами, какие были у Бюкуа, поэтому он рассчитывал на подмогу поляков и предложил отвести войска от Праги. Однако это решение не было поддержано другими сторонниками Бочкаи, которых возглавлял Матиаш Турн. В результате чешская армия разделились — большая часть ушла с Валленштейном на восток, а примерно треть осталась с Турном оборонять столицу.

В марте 1619 года, захватив Циттау, Литомержице и Мельник, Бюкуа подошел к Праге. Город обороняли примерно 10 000 солдат Турна, которые были разбиты на подступах к столице и заперлись в Старом городе. Левый берег Влтавы с Пражским Градом оказался в руках имперцев, началась осада Старого города. Меж тем Валленштейн соединился с Жолкевским и двинулся на запад. Внезапно пришло известие о смерти Казимира V. 30-тысячное польское войско отказалось помогать пражанам, если не будет санкции от нового короля — это дало Бюкуа необходимое время, чтобы провести все необходимые осадные предприятия и отрезать Турна от внешнего мира. Когда в начале лета новый король Станислав I отдал приказ Жолкевскому идти на Прагу, было поздно — 15 июня Прага выбросила белый флаг.

После капитуляции столицы Бюкуа двинулся на восток — с юга ему подошли резервы и Австрии, и он считал себя в силах разбить повстанцев. Тем не менее, численный перевес был у поляков и чехов — армия Валленштейна и Жолкевского в сумме превышала 40 000 и считалась огромной по средневековым меркам. Кроме того, с юго-востока на соединение с ними шел «богемский король» Янош Бочкаи.

22 августа произошло сражение при Садове — одно из крупнейших за всю войну. В ходе битвы польская тяжелая кавалерия — крылатые гусары — первой же атакой смели порядок немецкой пехоты, прорвав оборону Бюкуа, и тем самым решив исход в пользу поляков. Даже гибель гетмана Жолкевского в самом начале боя не смогла переменить его ход — имперцы оказались разбиты на голову и откатились на запад. В самой Чехии эта победа подстегнула повстанцев к выступлению против Габсбургов — в Валленштейне видели освободителя страны от немцев-евангелистов, многие даже предлагали возвести