Списки кандидатов других партий накануне выборов были аннулированы. На своем первом заседании 21 июля Государственная дума провозгласила восстановление советской власти и обратилась с просьбой к Верховному Совету СССР о принятии Эстонской ССР в состав Советского Союза. 23 июля государственная дума Эстонии утвердила просьбу К. Пятса об освобождении его от должности президента и возложила эти обязанности на премьер-министра Й. Вареса[35]. С 6 августа Эстония вошла в состав СССР. Стоит отметить, что «вхождение» в СССР не отменило пограничного режима на старых границах. С эстонско-советской границы были удалены только эстонские пограниччники, а на эстонско-латвийской границе они остались и несли службу до 22 июня 1941 года[36].

Советизация Прибалтики включала разоружение ее населения. В Эстонии изъятие оружия началось еще в мае 1940 года в районах размещения советских баз. Служивший в то время полицейским комиссаром в Палдиски Э. Райг вспоминал, что советские военные по своей инициативе изымали у зверобоев, живущих на острове Пакри, ружья, на которые они имели разрешение (для хранения и ношения)[37]. Всего в Эстонии было изъято: 35.536 винтовок, 2532 армейских пистолета, 131 пистолет-пулемет, 85 тяжелых пулеметов, 19 легких пулеметов, 714 снайперских винтовок, 3868 личных пистолетов и револьверов, 3918 гранат, 1 миномет, 22 полевых орудия и 2 37-мм ПТО[38]. Это было оружие Кайтселийта, которое было сдано в армейские склады до 15 ч 19 июня. Дополнительно к этому времени гражданское население сдало в полицейские участки еще 23 569 едениц разного стрелкового оружия[39].

Уже в июле-августе 1940 года в Эстонии начались коренные социально-экономические преобразования. 24–25 августа состоялась Чрезвычайная сессия Государственной думы Эстонской ССР, которая была преобразована во Временный Верховный Совет. На ней была утверждена Конституция Эстонской ССР[40]. В свете принятого постановления ЦК ВКП(б) «Вопросы Литовской, Латвийской и Эстонской ССР»[41], 22 августа 1940 года председатель правительства Й. Варес-Барбарус перемещался на должность председателя Временного Верховного Совета. На должность председателя СНК был назначен один из лидеров коммунистической партии И. Лауристин. Для контроля за выполнением решений руководства СССР в Эстонию назначался уполномоченный ЦК ВКП(б) и СНК СССР — В.Б. Бочкарев. В этот же день (22 августа) были утверждены первые решения по аграрному вопросу: крестьянам было разрешено владеть землей, но устанавливалось ограничение — не более 30 га. Это привело к тому, что богатые землевладельцы прибегали к фиктивному разделу своих хозяйств между родственниками, чтобы уложиться в разрешенные 30 га.

В конце августа временный Верховный Совет ЭССР утвердил новую Конституцию. Она отличалась от конституции СССР и союзных республик тем, что в ней была разрешена частная собственность и владение землей. Уже 21 сентября 1940 года было принято Решение Политбюро ЦК ВКП(б) «О составе бюро ЦК КП(б) Латвии, ЦК КП(б) Литвы и ЦК КП(б) Эстонии»[42]. Первым секретарем ЦК КП(б) Эстонии был утвержден Карл Сярэ. По сложившейся в СССР иерархии он был главным руководителем в республике. Сяре, до назначения, по линии Коминтерна работал в Китае и Норвегии.

С 8 октября эстонская компартия была принята в состав ВКП(б). До конца 1940 года был проведен обмен партбилетов. В его ходе из партии выбыли 54 члена партии и 21 кандидат в члены. 4 октября вторым секретарем таллинской партийной организации был избран К. Сеавер. С 17 января 1941 года он стал председателем Таллинского исполкома совета депутатов трудящихся. Сами выборы планировалось провести позже. К. Сеавер с 1925 года отбывал пожизненный срок заключения и был освобожден только 21 июня 1940 года. В феврале 1940 года была проведена первая конференция таллинской партийной организации. К этому времени она насчитывала 950 чел. (741 член и 209 кандидатов). В августе секретарем таллинской комсомольской организации стал А. Клинберг, а в конце года его сменил В. Пийрсоо. К началу февраля 1941 года в Таллине было 715 комсомольцев. В марте 1941 года Ф. Окк был избран секретарем ЦК КП(б) Эстонии по транспорту. Первым секретарем таллинского горкома компартии стал И. Лаубе. Он приехал в Эстонию из СССР в августе 1940 года[43].

До декабря 1940 года всем коммунистам Прибалтики были выданы партийные билеты союзного образца. Одновременно была проведена проверка коммунистов. Для увеличения численности коммунистов Прибалтики коренных национальностей, в марте 1941 года, решением Политбюро ЦК ВКП(б) «Вопросы приема в ряды ВКП(б) в парторганизациях Литвы, Латвии и Эстонии», был установлен упрощенный порядок приема в партию[44]. Для вступления в ряды ВКП(б) было достаточно рекомендаций трех членов партии, имеющих партийный стаж полгода и столько же времени знакомых с потенциальным кандидатом. Этот упрощенный порядок приема был установлен из-за низкой активности граждан Эстонии, Латвии и Литвы по вступлению в ряды ВКП(б). По официальным данным, к началу 1941 года численность коммунистов в Эстонии составляла — 2036 человек (1169 членов и 867 кандидатов, эстонцев — 75 %, русских — 23 %, другие национальности — 2 %)[45]. Однако необходимо учитывать, что в партийных организациях прибалтийских республик стояли на учете коммунисты Прибалтийских особого военного и пограничного округов, Краснознаменного Балтийского флота, а также сотрудники НКВД и НКГБ, партийные и советские работники, прибывшие из «старого» СССР. На состоявшемся с 5 по 8 февраля 1941 года партийном съезде КП(б)Э был выбран ее Центральный Комитет (33 члена и 7 кандидатов). В его составе так же было много представителей «старого» СССР. Членом бюро ЦК КП(б)Э стал командующий КБФ адмирал В.Ф. Трибуц[46].

Важным фактором нарастающего социально-политического кризиса в Прибалтике являлся кадровый голод на руководителей. Прежние руководители в массовом порядке увольнялись с руководящих должностей. В новых советских республиках только началось формирование новой управленческой элиты. Если Западные Украина и Белоруссия были включены в состав ранее существовавших, соответственно, УССР и БССР, а в Молдавии республиканский и местный аппараты власти развертывались на основе аппарата Молдавской АССР, то в Прибалтике все происходило иначе. Государственные служащие бывших прибалтийских государств доверием у советской власти не пользовались. Прибалтийские эмигрантские общины в СССР понесли значительные потери в ходе массовых репрессий 1937–1938 годов. За эти годы за шпионаж в пользу Эстонии было арестовано[47] 9432 чел.

Из местного населения у советской власти была опора лишь на немногочисленных коммунистов, выживших в условиях подполья, а также на немногочисленный пролетариат и беднейшее крестьянство. Так, например, коммунистическая партия Эстонии за год, к 1 июня 1941 года выросла до 3732 членов, из них 37 % (1380 членов) составляли прибывшие, из других районов СССР. Таким образом, за год нахождения в составе СССР, в компартию Эстонии вступило всего 2219