Начавшаяся зима и ледостав вызвали необходимость большего количества ледоколов, но они были заняты в обеспечении боевых действий в восточной части Финского залива. По этой же причине реже стали водные перевозки. В новых базах было затруднено проведение аварийного и капитального ремонта. После ледостава корабли не были обеспечены в необходимом количестве углем и другими видами топлива[64].

Значительные усилия предпринимали для наращивания авиационной группировки. В районе Палдиски развертывалась 10-я авиационная бригада. С 4 по 18 декабря, в 7 км южнее Палдиски, почти без всяких средств механизации, личным составом 10-й саперной роты, береговых и железнодорожной батарей, был построен сухопутный аэродром (Лаокюла). В конце декабря, рядом с ним, в бухте Палдиски, на льду был построен аэродром для гидросамолетов. Пропускная способность обоих аэродромов составляла 60–70 самолетов. На сухопутный аэродром перелетели 1-я и 2-я аэ бомбардировщиков (20-й отдельный авиотряд) и 1-я и 2-я аэ истребителей (30-й оавотр). Эти эскадрильи формировались из состава самолетов и экипажей различных частей ВВС КБФ, Черноморского и Тихоокеанского флотов. В оперативном подчинении командира 10-й абр находился участок ПВО. По договоренности с эстонским командованием на линии Суроп — Найссаар — Аэгна, в районе Палдиски и на таллинском рейде несли дозорную службу корабли эстонского флота.

Для обеспечения боевого управления частями и соединениями, дислоцируемыми в Эстонии и Латвии, был сформирован походный штаб КБФ. Он располагался в Таллине на пароходе «Сибирь»[65]. В январе в состав 3-го дивизиона эсминцев прибыли в Таллин «Ленин» и «Энгельс». 7 января 1-й дн СКА получил приказ перебазироваться в Лиепаю. При движении за эсминцем «Володарский» они были затерты льдом у острова Найссаар и 9 января вернулись в Таллин. Катер № 111 получил пробоину и утонул, корпуса остальных подверглись деформации. В рамках зимней обороны, для отражения нападения диверсионных групп была создана рота зимней обороны гавани Палдиски. Она состояла из личного состава плавучих баз и плавучей мастерской.

В феврале 1940 года законченный вид приняла система береговой обороны новых советских ВМБ в Прибалтике. Должность заместителя командующего КБФ по Прибалтике была упразднена. Была создана Балтийская ВМБ. Ее командиром стал флагман 2-го ранга В. А. Алафузов. Управление командующего БОБР было переформировано в управление коменданта БО БалтВМБ. В состав БалтВМБ вошли[66] 3-я бр ПЛ в составе: 23-го (М-71—76), 24-го (М-77—82, 83), 26-го (М-90, 94–97) дн ПЛ, плавучей базы «Кронштадт»; 3-й дн ТКА; ОВР в составе: 1-го дн БТЩ (Т-201, 203–206, 207), сторожевых кораблей «Буря» и «Циклон», 1-го дн СКА, ОХР Палдиски, ОХР Таллина; 83-го и 202-го озадн; 207-й (Таллин) и 208-й (Палдиски) отдельных флотских рот; военный порт 1-го ранга в Таллине, военный порт 3-го ранга в Палдиски, военноморской госпиталь. В подчинение коменданта БОБР комбрига С. И. Кабанова перешел 34-й адн БО, батареи которого были расположены в районе Палдиски, 12-я ж/д батарея, 6-я ождэр, 10-я осапр, 4-я орс и береговые батареи на Моонзундских островах. В оперативном подчинении командира БалтВМБ находились 10-я авбр и 3-й дн эсминцев. На БалтВМБ базировалась так же 2-я бр ПЛ в составе 17-го, 21-го и 22-го дн ПЛ, плавучих баз «Полярная звезда» и «Ока».

В этом же месяце в состав 10-й авбр вошла 3-я эскадрилья миноносцев (на ДБ-3)[67]. К концу войны на обоих аэродромах в Палдиски базировалось 75 самолетов. Для обслуживания аэродромов была сформирована 28-я авиабаза. В конце февраля СНК СССР принял постановление, по которому строительство порта в Палдиски поручалось вести наркомату строительства. В 1940 году планировалось освоить 120 млн руб. Для ведения строительный работ НК ВМФ должен был сформировать и передать наркомстрою СССР шесть строительных батальонов по 1200 чел. каждый[68] (43-й, 44-й, 45-й, 47-й и 48-й стрб). В марте эсминец «Ленин» был исключен из состава 3-го дн эсминцев и зачислен в состав Балтийского отряда учебных кораблей с временным базированием в Таллине. Из Ораниенбаума в Палдиски был передислоцирован радио разведывательный пост № 4 БРО № 1[69].

На фоне ультиматумов, выдвигаемых Эстонии и принятых её руководством, началось проведение мероприятий по усилению КБФ в Прибалтике. Военный совет КБФ перебазировался в Палдиски. 24 июля 1940 года была создана в Таллине Главная ВМБ, БалтВМБ упразднялась. Управление КБФ тремя эшелонами 15 и 16 июля было передислоцировано в Таллин. В дополнение к находящейся в районе полуострова Пакри 12-й ж/д батарее 180-мм орудий, к 1 августа переводилась 11-я ж/д батарея 356-мм орудий[70]. Из Ханко в Палдиски была передислоцирована 207-я офлр. Для создания ПВО ГлВМБ из Палдиски в Таллин переводились управление участка ПВО и 83-й озадн, на его место в Палдиски передислоцировался 62-й озадн. На острова севернее Таллина и полуостров Сууроп передислоцировался 61-й озадн[71]. Береговая оборона была разделена. Все части дислоцируемые на Моонзундских островах и острове Осмуссаар были включены в состав береговой обороны Балтийского района (БОБР). Комендант БОБР, генерал-майор береговой службы Кабанов, подчинялся ВС КБФ. В состав береговой обороны ГлВМБ вошли береговая артиллерия в районах Таллина и Палдиски. Управлене коменданта БО ГлВМБ находилось в Палдиски. В его подчинении был ОХР Палдиски, 153-я омср, 208-я отд. флотская рота и 6-я ождэр. Комендант БО ГлВМБ был назначен полковник И. А. Кустов. 10-я авбр была передана в подчинение командующего ВВС КБФ[72].

После вхождения Эстонской ССР в состав СССР, КБФ были переданы корабли бывшего эстонского флота. На основании приказа № 00208 от 19 августа 1940 года в состав КБФ были включены: миноносец «Сулев» (ОВР ГлВМБ), подводные лодки «Калев» и «Лембит» (2-я бр ПЛ), сторожевые корабли «Пиккер» (штаб КБФ, как посыльное судно), «Лайне» (СНиС КБФ), «Мардус» (тыл КБФ, как отопитель), минные заградители «Ристна» и «Суроп» (ОВР ГлВМБ), «Кери» и «Вайндло» (как тральщики ОВР ГлВМБ), гидрографические корабли «Секстант», «Мерепоэг» и «Лоод» (гидрографический отдел КБФ), ледокол «Ян Поска» (отдел связи КБФ, с переименованием в «Пернов»), вспомогательные суда «Сакала» и «Тахкона» (коменданту БОБР) и «Компас» (отдел связи КБФ, как кабельное судно), канонерские лодки «Тарту», «Ахти», «Илматар» и «Ванемуйне» (ВМУ им. Фрунзе)[73]. Приказанием начальник штаба КБФ № НШ/021с от 20 августа 1940 года кроме вышеуказанных кораблей в состав КБФ включались: сторожевые катера Кайтселийта — 16 ед.; катера службы связи — 11 ед.; ледоколы: «Тасуя», «Мерикару» и «Юри Вильмс»; рефрижераторное судно «Пеару»; транспортные суда: «Вирония» и «Вайндло»; плавкран 50 т; баржа «Пидула» и нефтеналивной танкер водоизмещением 400 т, а также все средства и суда гидрографического ограждения[74]. Фактически передача кораблей и перевод личного состава в соединения КБФ