После согласия эстонского руководства с советским ультиматумом, на территорию Эстонии была введена 8-я армия Красной армии. Ее управление было размещено в Тарту. В состав армии входили: 65-й СК (11-я, 16-я и 90-я сд, 18-я лтбр), 1-й СК (24-я и 56-я сд), 19-й СК (42-я и 49-я сд), 13-я лтбр[102]. К 1 августа на территории Прибалтики был развернут Прибалтийский особый военный округ НКО СССР[103]. После вступления Эстонской ССР в состав СССР с ее территории были выведены войска 1-го и 19-го СК и 13-я лтбр.

Эстонская армия переформировывалась в 22-й территориальный стрелковый корпус[104]. В Таллинском районе формировались и размещались управление 22-го ТСК с корпусными частями и 180-я территориальная сд. В состав 22-го ТСК вошли части корпусного подчинения: 614-й корпусной артиллерийский полк; 150-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион; 202-й отдельный саперный батальон; 415-й отдельный батальон связи; 22-я корпусная авиационная эскадрилья. Управление корпуса формировалось на базе штаба Эстонской армии и военного министерства, обс — на базе отдельного батальона связи, осапб на основе саперного батальона 3-й пд, кап на базе 2-го артдивизиона, автотанкового и кавалерийского полков. Корпусной озадн формировался из дивизиона зенитной артиллерии.

180-я тсд была сформирована в августе — сентябре 1940 года из 1-й и 3-й дивизий Эстонской армии. 21-й сп формировался на базе 1-го пп 1-й пд, 42-й сп — 4-го и 5-го отдельных пехотных батальонов и 1-й противотанковой роты, 86-й сп — 10-го отд. батальона, скаутского отд. батальона, караульного батальона 3-й пд и 4-й противотанковой роты. Артиллерийские части формировались: лап — на базе 1-го и 2-го артиллерийских дивизионов 1-й пд; гап — 1-й, 2-й и 3-й противотанковых рот, 4-го адн 2-й пд, 5-го отд. адн; одн ПТО — 1-й и 3-й птр. Отдельные части формировались: орб — за счет кавалерийского полка; обс — на базе батальона связи армии, осапб — саперного батальона 3-й пд, озадн — дивизиона зенитной артиллерии, кадры мсб оаб — за счет гарнизонных амбулаторий в Пярну и Йыхви и автотанкового полка[105].

В связи с тем, что главным противником СССР была Германия, управление 8-й армией осенью 1940 года было передислоцировано в Елгаву и приняло под свое командование части и соединения Красной армии в северной Литве. В Эстонии оставался 65-й СК. 16-я сд размещалась в Хаапсалу, где провела зиму 1939–1940 годов, а также в казармах 3-й пехотной дивизии бывшей Эстонской армии в Таллине. 11-я сд располагалась в казармах 1-го пп 1-й пд Эстонской армии в Нарве. На Моонзундских островах продолжалось обустройство 3-й осбр. В Вильянди, в казармах 4-й пд, располагалась 90-я сд.

В мае 1941 года в войсках Красной армии произошли следующие изменения. 18-я лтбр передислоцировалась в КОВО и на ее базе формировалась 37-я танковая дивизия 15-го МК. 90-я сд была передислоцирована в Литву, в район севернее Таураге. Её постоянные военные городки и склады мобилизационного запаса продолжали оставаться в Эстонии. Началось выдвижение в лагеря частей и соединений, дислоцирующихся в Эстонии. 15 мая начала выдвижение основная часть соединений и частей: в Куртнаский лагерь выдвигалась 11-я сд, в Валклаский лагерь 16-я сд, в Печерский лагерь управление 22-го ТСК с корпусными частями. 18 мая начала выдвижение по железной дороге в Печерский лагерь 180-я тсд.

Значительный урон, приведший к снижению боеспособности 22-го СК и ухудшению в целом внутриполитической обстановки в Эстонии, нанесли аресты командного состава корпуса. Всего было арестовано и уволено:

1. Всего в управлении 22-го ТСК арестовано и уволено в июне 1941 года 17 командиров, в том числе: командир корпуса генераллейтенант Г. Ю. Ионсон — переподготовка, арестован; начальник штаба корпуса полковник М. Туйск — переподготовка, арестован; начальник артиллерии корпуса генерал-майор артиллерии Г. Ф. Бреде — переподготовка, арестован; начальник оперативного отдела штаба корпуса полковник Х. В. Райдна — арестован; начальник разведывательного отдела штаба корпуса полковник А. А. Верник — арестован; начальник отдела тыла штаба корпуса полковник В.-Н. Х. Керинг — арестован; начальник строевого отдела штаба корпуса полковник Э. А. Ахман — арестован; начальник связи корпуса подполковник Р. М. Томбак — арестован; начальник инженерной службы корпуса полковник И.-Б. Ф. Хольсте — арестован; начальник артиллерийского снабжения корпуса полковник Ю. Ю. Хеллат — арестован; начальник химической службы корпуса майор С. А. Урба — арестован; начальник обозно-вещевого снабжения корпуса интендант 1 ранга Н. А. Эрмасте — уволен.

2. Всего в корпусных частях арестовано и уволено 28 командиров, по частям:

— 614-й кап — арестовано 8 командира, в том числе: командир полка полковник Э. А. Тоффер — переподготовка, арест; начальник штаба полка майор Х. И. Роотс — переподготовка, арест, и следующий начальник штаба майор О. А. Треуфелт — арестован; командир дивизиона капитан Б. М. Каяандо — арестован.

— 103-й озадн — арестовано и уволено 8 командиров.

— 415-й обс — арестовано и уволено 6 командиров. В том числе командир батальона майор Э. Мелдре — арестован.

— 202-й осапб — арестовано и уволено 6 командиров, в том числе командир батальона майор Э. А. Мельдре — арестован.

— 22-я каэ — арестовано 3 командира, в том числе начальник штаба эскадрильи майор П. Юхалайн.

3. Всего в 180-й тсд арестовано, уволено и отправлено на переподготовку 249 командиров, по частям:

— Управление дивизии — арестовано, уволено и отправлено на переподготовку 22 командир, в том числе: командир дивизии генерал-майор Р. И. Томберг — переподготовка; начальник штаба дивизии генерал-майор А. А. Казекамп — арестован; начальник артиллерии дивизии полковник Г. А. Леец — переподготовка, арестован; начальник оперативного отдела штаба полковник А. П. Матсало — арестован; начальник разведывательного отдела штаба майор С. А. Лакс — арестован; начальник отдела кадров подполковник А. И. Виру — арестован; начальник строевого отдела штаба полковник Ю. Я. Ярвер — уволен; начальник автобронетанковой службы дивизии подполковник К. Я. Таммеканд — арестован; начальник артиллерийского снабжения дивизии майор К.-Г. А. Лаев — арестован; начальник связи дивизии майор А. И. Виирс — арестован; начальник химической службы дивизии капитан Р. К. Мартма — уволен.

— 21-й сп — арестовано, уволено и отправлено на переподготовку — 43 командира. В том числе: командир полка полковник В. Тросси — переподготовка; начальник штаба полка Ю. М. Мадисе — уволен; начальник полковой школы МНС майор К. А. Мянник — арестован; командир батальона И. П. Таммевяли — уволен.

— 42-й сп — арестовано, уволено и отправлено на переподготовку — 45 командиров. В том числе: командир полка полковник В. Кюлаотс — переподготовка; начальник штаба полка майор М.