Международное положение так же было тревожным — в Париже требовали интервенции в Россию, чтобы освободить несчастных поляков. Лондонская пресса расписывала «кровавые русские репрессии», когда они ещё даже не начались. Одно время в Санкт-Петербурге показалось, что Варшава уже навсегда потеряна и стоял вопрос только так: удастся ли не отдать полякам Белоруссию и Малороссию?

Именно поэтому в Вильну, столицу Северо-Западного края, а отнюдь не в Варшаву, был назначен генерал-губернатором Михаил Николаевич Муравьёв. Северо-Западный край тогда включал в себя Витебскую, Могилевскую, Минскую, Гродненскую, Виленскую и Ковенскую губернии.

Ради этого назначения Александру II пришлось отчасти переступить через себя. Незадолго до этого он сместил Муравьёва со всех постов из-за расхождения во взглядах на крестьянскую реформу. Однако спасение России было для Государя выше личных антипатий.

М. Муравьёв принял на себя ответственность, но сразу оговорил, что будет действовать по своей системе. Краеугольный камень этой системы состоял в том, что Западный край — русская земля, там живут русские люди. Именно поляки, там оккупанты, которые ещё и посмели стать мятежниками. Подавление мятежа будет проводиться без всякой снисходительности и уступок полякам и будет сопровождаться обрусением края.

Вот как Михаил Николаевич вспоминал свой диалог с императором: «Я с удовольствием готов собою жертвовать для пользы и блага России: но с тем вместе желаю, чтобы мне были даны и все средства к выполнению возлагаемой на меня обязанности… Необходимо, чтобы как в Западных губерниях, так и в Царстве была одна система, — строгое преследование крамолы и мятежа, возвышение достоинства русской национальности и самого духа в войске, которое теперь негодует оттого, что оно, будучи постоянно оскорбляемо поляками, не имело даже права противодействовать их буйству; необходимо дать решительный отпор иностранным державам, которые будут всеми средствами опорочивать предлагаемую мною систему строгого преследования мятежа и польского революционного духа».

В своих воспоминаниях Муравьёв самыми мрачными штрихами характеризует ту ситуацию, которую он застал в смущаемом мятежом крае:

«Все шесть губерний были охвачены пламенем мятежа; правительственной власти нигде уже не существовало; войска наши сосредоточивались только в городах, откуда делались экспедиции, как на Кавказе в горы; все же деревни, села и леса были в руках мятежников. Русских людей почти нигде не было, ибо все гражданские должности были заняты поляками. Везде кипел мятеж и ненависть и презрение к нам, к русской власти и правительству; над распоряжениями генерал-губернатора смеялись, и никто их не исполнял. У мятежников были везде, даже в самой Вильне, революционные начальники; в губернских городах целые полные гражданские управления, министры, военные революционные трибуналы, полиция и жандармы, словом, целая организация, которая беспрепятственно, но везде действовала, собирала шайки, образовывала в некоторых местах даже регулярное войско, вооружала, продовольствовала, собирала подати на мятеж, и всё это делалось гласно для всего польского населения и оставалось тайною только для одного нашего правительства. Надо было со всем этим бороться, а с тем вместе и уничтожать вооруженный мятеж, который более всего занимал правительство. Генерал-губернатор ничего этого не видал; русские власти чувствовали только свое бессилие и вообще презрение к ним поляков, ознаменовавшееся всевозможными дерзостями и неуважением даже к самому войску, которому приказано было все терпеть и переносить с самоотвержением; так все это переносили русские, и даже само семейство генерал-губернатора было почти оплевано поляками.

Даже русские старожилы в том крае считали дело потерянным и убеждены были, что мы будем вынуждены уступить требованиям поляков, желавших присоединения к независимой Польше наших западных губерний. Никто не верил, что правительство решится на какие-либо меры, не согласные с намерениями западных держав, и что оно признает законность польских притязаний о восстановлении Польши в её прежних пределах. Мне надо было на первых порах рассеять польскую дурь и возродить в русских и в войске уверенность в непоколебимости предпринимаемых правительством мер. Словом, надобно было восстановить правительственную власть и доверие к оной — без этого ничего нельзя было делать».

Предыдущий губернатор В. Назимов никак не мог справиться с мятежниками. Русские солдаты разбивали их в полевых сражениях — войска поляков вообще были слабыми и партизанскими. Но он не мог вырвать сам корень мятежа: чиновники-поляки подчинялись указаниям не СанктПетербурга, а «леса», край терроризировали жандармывешатели, наущаемые польскими католическими прелатами.

Вот как описывает систему М. Муравьёва Лев Тихомиров: «Назимов писал в Петербург, что всю силу края составляют ксендзы, а потому с ними необходимо поладить. Муравьёв внимательно прочитал бумагу Назимова, задумался и сказал: — Да, это очень важно… Непременно повешу ксендза, как только приеду в Вильну… Польское духовенство не только стояло во главе мятежа, не только поджигало народ и устраивало в монастырях склады оружия (иногда отравленного), но ксендзы, как Мацкевич, были начальниками банд и даже лично состояли „жандармами-вешателями“ и лично совершали убийства (ксендзы Плешинский, Тарейво, Пахельский и т. д.)».

Приехав в мае 1863 года в Вильно Муравьёв действительно распорядился первым делом публично расстрелять двух подстрекавших к мятежу ксендзов, причём не дожидаясь снятия с них сана. Был выслан в Вятку католический епископ Вильны Адам Красинский.

Последовала и казнь графа Леона Плятера — вместе с бандой своих слуг он захватил армейский обоз с оружием на территории Динабургского уезда, это современный Даугавпилс. Банда Плятера была разгромлена крестьянамистарообрядцами, мятежник был захвачен. Однако петербургские покровители поляков попытались выручить Плятера: разгромивших его русских крестьян начали выставлять мятежниками и бунтовщиками; за ясновельможного пана графа начали шуршать в салонах Санкт-Петербурга, но Муравьёв распорядился его казнить.

Казнен был и ещё один представитель петербургского высшего света — дезертир Сигизмунд Сераковский, возглавивший одну из банд. И снова интриги в Санкт-Петербурге не помогли. На М. Муравьёва не подействовали ни письмо министра внутренних дел П. Валуева, ни обращение от английской королевы. Ходили слухи, что в день казни Сераковского к Михаилу Николаевичу пришло даже высочайшее повеление его освободить, но Муравьёв демонстративно распечатал его только тогда, когда мятежник был уже повешен.

Сераковский был до последнего уверен в том, что покровители в столице не дадут его в обиду, издевался над «комедией приговора и помилования», и только когда осознал, что всё серьёзно, запаниковал, начал браниться, ударил палача, в общем, вел себя крайне недостойно. «По совершении казни над Сераковским многие поляки присмирели», — отмечал в своих воспоминаниях барон Андрей Дельвиг.

А в январе 1864 года был вытащен из своего глубокого подполья Викентий (Кастусь) Калиновский, польский дворянин, бывший, в отличие от самодовольных дворянчиков Сераковских, настоящим революционером. Это был своего рода протобольшевик — полная ненависти социальная демагогия и,