Со временем обязанностей у Ксении Ивановны в большом боярском доме становилось меньше. Сначала брат мужа. Александр женился на дочери знатною князя Гедиминовича Евдокии Ивановне Голицыной. Потом вышли замуж сестры: Марфа стала женой князя Б. К. Черкасского, Анна — князя И. Ф. Троекурова. Ирина — И. И. Годунова, старшая. Евфимия, уже давно была женой князя И. В. Сицкого. На попечении Ксении Ивановны оставались лишь Михаил. Василий и Иван Никитичи и совсем юная Анастасия Никитична. Они пока не обзавелись собственными семьями.

Братья Романовы были очень дружны, никогда никому нс завидовали и не стремились выдвинуться при дворе, хотя имели на это полное право, так как считались ближайшими родственниками царя Федора Ивановича — их отец Никита Романович был родным братом матери Федора царицы Анастасии. Поэтому они и позволили царскому шурину Борису Федоровичу Годунову захватить лидерство и стать официальным наследником бездетного царя. К тому же по возрасту они уступали опытным политикам и царедворцам Годуновым, возглавлявшим и дворцовое хозяйство, и войско, и дипломатическое ведомство, и сбор налогов с городов.

Поэтому, когда 7 января 1598 года царь Федор Иванович скончался, никто из Романовых не вступил в борьбу за престол. Они были готовы смириться с любым решением Избирательного земского собора, на котором ведущую роль играл патриарх Иов, верный сподвижник Годуновых. При его непосредственном участии новым царем был избран Б. Ф. Годунов, формально не имевший прав на корону, поскольку не состоял в кровном родстве с представителями прежней династии.

Новый монарх по достоинству оценил скромность Романовых и щедро наградил их: Александр получил боярство, Михаил — окольничество, Василий и Иван стали стольниками. Возвысились и их родственники: Б. К. Черкасский стал боярином, И. И. Годунов — кравчим, муж сестры Ксении Ивановны М. М. Салтыков получил окольничество. Вместе с другими родичами, боярами Ф. И. Мстиславским, И. В. Сицким, Ф. Д. Шестуновым (был женат на двоюродной сестре Федора Никитича), они стали представлять в Боярской думе мощный клан. Вполне вероятно, это обстоятельство не могло не беспокоить царя Бориса, но открыто расправиться с возможными соперниками он не мог, что было бы прямым вызовом русской общественности того времени. Ведь при венчании на царство выборный государь обещал в течение пяти лет никого не казнить.

Тогда мстительный и подозрительный Годунов решил убрать Романовых чужими руками. Он официально внедрил систему доносов, согласно которой любой навет принимался на веру, а его сочинитель получал награду.

Первой жертвой новой системы стал боярин Ф. Д. Шестунов. Один из его слуг сообщил царским ищейкам, что его хозяин не слишком почтительно отзывается о царе Борисе. Доносчик получил щедрую награду — поместье и дворянский чин, — боярин же был отправлен в ссылку.

Дело Шестунова получило широкую огласку. Многие слуги стали оговаривать своих хозяев, чтобы обогатиться и возвыситься за их счет. В конце концов все слали опасаться не только прислужников. но и родственников, жен и детей.

Романовым, пользовавшимся всеобщим уважением и любовью, казалось, что система доносов их не коснется. Однако они не знали, что царь Борис уже давно занес меч над их головой. Необходимо было лишь подкупить одного из их слуг. Правда, доносчика удалось найти не сразу. Только в ноябре 1660 года казначей Александра Никитича Второй Бартенев согласился за хорошую плату оболгать хозяина. По разработанному С. Н. Годуновым, главным царским соглядатаем, сценарию Бартенев подложил в кладовую хозяина мешочки с ядовитыми корешками, которые в то время использовали для изготовления смертельного зелья. После этого он настрочил донос в Челобитный приказ. Разобраться с делом было поручено М. М. Салтыкову, мужу сестры Ксении Ивановны, известному своей честностью и прямотой. В доме Александра Никитича начался обыск, и, естественно, корешки были обнаружены. Для разбирательства были подключены патриарх Иов и бояре. Сам царь старался держаться в стороне, чтобы никто не заподозрил его в том, что все «дело Романовых» им же и сфабриковано.

Суд над Романовыми длился полгода. Вместе с многочисленными родственниками все они были признаны виновными в том, что собирались отравить царя Бориса и захватить престол. Оправданий Романовых никто не захотел слушать. Ведь цель разбирательства и состояла в том. чтобы окончательно расправиться с возможными соперниками Годуновых.

По боярскому приговору мужа Ксении Ивановны. как старшего из братьев, насильно постригли в монахи, чтобы он никогда не имел возможности претендовать на престол. С лета 1602 года Федор Никитич стал монахом Филаретом в далеком Антониево-Сийском монастыре. Ему надлежало там жить под строгим надзором пристава и монахов и больше никаких контактов не иметь.

Насильно постригли под именем Марфа и Ксению Ивановну и сослали ее в Толвуйский погост в Заонежье. Жить ей предстояло в небольшой деревне под присмотром местного священника. Судьи не пощадили даже маленьких детей — Татьяну и Михаила отправили в Белозерскую тюрьму вместе с тетками Марфой и Анастасией и женой Александра.

Виновной сочли даже мать Ксении Ивановны, которую постригли в Никольский монастырь в Чебоксарах. При этом судьи вряд ли смогли бы внятно объяснить, в чем вина этой пожилой женщины, а также ее малолетних внуков. Для всех было очевидно одно — царь Борис пытается уничтожить весь род Романовых.

Самое жестокое наказание ожидало братьев Федора Никитича. Александра отправили в ссылку к Белому морю, где он очень быстро скончался по неизвестной причине, видимо, приставы попросту его убили. Михаила смерть настигла в земляной темнице в Ныробской волости около Перми. Его держали в обычной глубокой яме, едва прикрытой досками. Выжить в таких условиях в суровую зиму было попросту невозможно. Василия сослали в Пелым, и к месту заключения ему пришлось брести в тяжелых кандалах, которые так натерли ему ноги, что на них образовалась гангрена. В результате в феврале 1602 года он умер. Выжить удалось только Ивану, хотя он с детства страдал церебральным параличом. Возможно, приставы не решились создать для него нечеловеческие условия, поэтому он лишь тяжело заболел и по приказу царя был перевезен в Уфу. Там о нем стал заботиться племянник И. Б. Черкасский.

Ссылка самым роковым образом сказалась на жизни и здоровье родственников Романовых. Князь Б. К. Черкасский в тюрьме заболел камчугом (род проказы) и скончался. Вскоре эта же болезнь была обнаружена и у его жены, Марфы Никитичны. Князь И. В. Сицкий замерз по пути в Астрахань, куда был сослан; его жена Евфимия Никитична умерла от переживаний в монастыре.

У Ксении Ивановны от обрушившихся на нее бед и от разлуки с детьми и мужем начались нервные приступы, мучившие ее потом всю жизнь.

Следует отметить, что простые люди с большим сочувствием отнеслись к опальным. В Заонежье толвуйский священник Ермолай Герасимов и его