Василий и Мария Петровна притворились, что даже рады победе М. В. Скопина, но в глубине души к нему сохранялось настороженное отношение. Пиры и награждения были очень скромными, поскольку продовольствия в Москве было мало, кормить за казенный счет следовало еще и шведских наемников, которые после весенней распутицы должны были выступить против короля Сигизмунда и освободить Смоленск от блокадного кольца.

Марии Петровне стало казаться, что былые беды уходят в прошлое. Она вновь стала матерью и родила девочку, названную Анастасией. Хотя практики передачи престола женщинам не было, ее можно было удачно выдать замуж за отпрыска европейского королевского дома и закрепить за ней царскую власть. Беспокоило только слабое здоровье ребенка, ведь и отец был престарелым, и мать во время беременности испытала немало волнений и невзгод. Через несколько месяцев и этот ребенок умер.

Москвичи же наслаждались свободой и активно устраивали всевозможные домашние праздники. Самым желанным гостем на них был М. В. Скопин-Шуйский. В начале апреля сестра Марии Петровны Екатерина родила мальчика, названного Алексеем. По случаю его крестин в доме И. М. Воротынского был устроен пир. Крестным отцом младенца был приглашен Скопин, матерью — жена Д. И. Шуйского Екатерина Григорьевна. Всем было весело и радостно. В конце празднества кума, по обычаю, поднесла куму перепивальную чашу с вином. Отведав его, молодой богатырь Скопин вдруг почувствовал себя плохо. Слуги отвезли его домой, но там его состояние ухудшилось. Срочно вызвали докторов, но они ничем не могли помочь умирающему князю. Всем стало ясно, что полководец отравлен, и отрава, судя по всему, была в перепивальной чаше. Однако доказать в то время это было невозможно. Через несколько дней мучений прославленный полководец скончался. Вся Москва горевала о потере. Только в царском дворе печаль была показной. Жене Скопина Елене выдали из казны 60 рублей на похороны. Царь Василий и Мария Петровна решили, что без Скопина их престолу уже ничто не будет угрожать. Увы, они жестоко просчитались. Вскоре оказалось, что защищать и подпирать шатающийся царский трон практически некому.

Известие о смерти знаменитого воеводы заставило активизироваться и короля Сигизмунда, и Лжедмитрия II. В начале лета к Москве двинулось польское войско под началом гетмана С. Жолкевского. Против него был направлен царский брат Д. И. Шуйский, бездарный полководец, во главе боеспособных полков, включавших шведских наемников. 23 июня 1610 года у села Клушино состоялась битва, закончившаяся полным разгромом русской армии. Шведы не захотели оставаться под началом Шуйского и прямо с поля боя отправились в сторону Новгорода, который позднее захватили. Остальные русские воины едва спаслись бегством. Путь к столице оказался открытым.

Несомненно, известие о клушинском разгроме у царицы Марии могло вызвать только ужас. Становилось ясно, что их с мужем уже ничто не спасет. Москвичи каждый день готовы были поднять бунт, воинские люди разбежались, наемникам было нечем платить, а даром воевать никто из них не желал. Всем было ясно, что В. И. Шуйский обречен.

В это время из Калуги выступил с войском Лжедмитрий П. Он быстро взял сначала Пафнутьево-Боровский монастырь, потом — Николо-Угрешский и обосновался в Коломенском. Одновременно польское войско под началом С. Жолкевского достигло Новодевичьего монастыря. Сражаться с ними было некому.

Царице оставалось только молиться и утешать впавшего в отчаяние мужа. На этот раз его изворотливый ум не мог найти выхода. Ненависть подданных к нему была слишком велика. Они считали его виновным в том, что в стране уже несколько лет шла братоубийственная война и государство разваливалось на части.

17 июля 1610 года стало последним днем царствования Василия Шуйского и Марии Буйносовой. Утром на Лобном месте собралась большая толпа москвичей. Предводителями ее были рязанец Захарий Петрович Ляпунов, князья Засекины и Хомутов. Они потребовали, чтобы бояре вышли к ним и совместно обсудили вопрос о царском престоле и борьбе с двумя грозными врагами. Однако большинство старших бояр предпочло не вступать в переговоры со смутьянами. Из Кремля вышел только царский свояк И. М. Воротынский. Довольно скоро его удалось убедить в том, что царю Василию лучше добровольно покинуть царский дворец и получить взамен бывшее Суздальское княжество. В противном случае бунтующие москвичи могли насильно свергнуть его и даже убить.

Воротынский отправился во дворец вместе с женой, сестрой Марии Петровны, и стал убеждать царя и царицу смириться с печальной участью и не провоцировать подданных на вооруженное восстание. Поначалу Василий Иванович гневался и грозился расправиться со всеми смутьянами, но в конце концов доводы жены и родственников признал убедительными. Ведь, упорствуя, он подвергал опасности не только свою жизнь, но и жизнь молодой царицы, братьев и даже родни. Мария же, поплакав, стала собирать вещи, чтобы поскорее переехать на старый боярский двор. Так из царицы она превратилась в княгиню и боярыню, то есть в одну из многих. Но на этом ее беды не закончились, они только начинались.

Власть в стране перешла в руки семи старших бояр. Боясь новых смут, они решили постричь царя Василия в монахи, чтобы ни у кого не возникло желания снова посадить его на престол.

Через несколько дней в боярский дом Шуйских вновь ворвались вооруженные люди. Без всяких объяснений они потащили В. И. Шуйского в Чудов монастырь, сорвали с него мирское платье и насильно начали совершать обряд пострижения. Бывший царь отказывался отвечать на обетные вопросы, и за него это пришлось сделать князю Тюфякину. Позднее это позволило патриарху Гермогену не признавать Шуйского монахом и считать постриженником самого Тюфякина. Правда, изменить что-либо в судьбе свергнутого монарха это уже не могло.

Мятежники не оставили в покое и Марию Петровну. Ведь она также имела права на царскую корону. На следующий день ее отвели в Ивановский монастырь и тоже постригли под именем Елена. Впереди ее ожидал каждодневный пост, молитвы и небольшая келья. Ее красота, живой блеск больших голубых глаз, румянец во всю щеку, алые уста и коса ниже пояса теперь никому не были нужны. Все скрывали монашеский куколь и черные одежды. Мирские радости остались в прошлом.

Оказавшись в келье, Мария — Елена долго рыдала. Ей было жаль свою так рано загубленную жизнь, дочерей, умерших в раннем возрасте, мужа с братьями, которых отвезли подальше от Москвы в Иосифо-Волоколамский монастырь. Там они оказались в плену у Жолкевского, отправившего их под Смоленск в ставку польского короля. Так впервые в русской истории царь оказался в плену у своего врага. Бывшей жене с ним встретиться уже не довелось. В плену В. И. Шуйский испытал много унижений и умер 12 сентября 1612 года.

Новое правительство, прозванное в народе «Семибоярщиной», не оставило Марию — Елену в покое. Оно решило именно ее обвинить