Сначала Марию — Елену допрашивали Крутицкий митрополит Пафнутий и бояре И. С. Куракин и В. М. Мосальский. Их сменили дьяки С. Ефимьев и И. Юрьев. Они вызвали на очную ставку родственниц царицы, сестер Марию и Ирину, а также Софью и Соломониду Бахтеяровых и Фетинью Великую. Потом бывших хранителей ее казны Анну Шестакову и Анну Орлову заставили принести приходные и расходные книги. Все было проверено с большой тщательностью. Более того, дьяки приняли решение конфисковать все подарки царицы, которые она делала близким людям и служительницам. Это возмутило Марию Петровну, она смело заявила боярам: «Мало ли кого муж мой и я жаловали. Вы что же, у всех хотите все изъять. Расстрига был не лучше нас, но его подарки ни у кого не отнимали». Вспомнила она и то, что после смерти царя Бориса его жена Мария Григорьевна изъяла из царской казны и спрятала много всякого добра, но никто его искать нс стал.

Несомненно, слова бывшей царицы были очень справедливыми. Все знали, что для себя ни она, ни муж ничего не взяли. Однако им нужно было платить наемникам, стрельцам, дьякам и другим служащим двора. Полагалось награждать и особо отличившихся. А у самого царя, кроме царских сокровищ, ничего не было — ведь казна не пополнялась ежегодными доходами в течение нескольких лет.

Смелые ответы Марии — Елены и убедительность ее объяснений поставили судей в тупик. Обвинять царицу в том, что она по своему усмотрению распоряжалась казной, было бессмысленно. На этом суд закончился. Некоторые бояре даже прониклись сочувствием к невольной монахине и решили не отдавать ее полякам, как всех Шуйских. Бывшую царицу лишь отправили подальше от столицы в суздальский Покровский монастырь, где когда-то оплакивала свою печальную участь первая жена Василия III — Соломония Сабурова. Там была и другая затворница из царского рода — первая жена царевича Ивана Ивановича, Евдокия Юрьевна Сабурова, в монашестве Александра. Она проживала в монастыре с 1557 года и давно привыкла к однообразной монастырской жизни. Она научилась видеть в ней свои положительные стороны — где-то далеко бурлили политические события и междоусобные баталии: и гибель Ивана Ивановича от рук отца, и смерть самого грозного царя, и кончина бездетного Федора Ивановича, и избрание на престол Бориса Годунова, и крах его правления, и воцарение самозванца Лжедмитрия I, и его свержение, и прочее, и прочее.

В монастыре всегда было тихо и спокойно: молитвы, чтение, рукоделие, душеспасительные беседы, встречи с редкими посетителями. Все это давало умиротворение и настраивало на философский лад. Дни шли за днями, каждый был похож на предыдущий. Правда, особо важные события все же проникали за толстые монастырские стены.

Летом 1612 года знатные постриженицы узнали, что в Суздаль прибыл руководитель Второго ополчения Дмитрий Михайлович Пожарский, захотел перед решающей битвой за Москву, занятую поляками, помолиться у могил предков. Его родовым» монастырем был Спасо-Ефимиев. Вполне возможно, он посетил и соседний Покровский, чтобы почтить знатных пострижениц. Ведь ополченцы, взяв в руки верховную власть, заботились о материальном обеспечении всех бывших лиц царского рода и считали себя их покровителями.

Несомненно, что Мария — Елена сочувствовала патриотам, поскольку их главными врагами были поляки, захватившие в плен ее мужа, и московские бояре, когда-то унижавшие ее царское достоинство во время пристрастных допросов. Поэтому она с радостью узнала, что в конце октября 1612 года Москва была полностью освобождена от интервентов. Теперь судьбу царского престола должен был решить представительный Земский собор. Он начал работать в конце декабря, но лишь 21 февраля было названо имя нового государя — Михаил Федорович Романов, двоюродный племянник царя Федора Ивановича.

Его избрание, видимо, обрадовало Марию — Елену, так как она когда-то была дружна с его матерью, Марфой Ивановной, урожденной Ксенией Ивановной Шестовой. Буйносовы даже состояли с новыми государями в дальнем родстве, поскольку сестра Михаила Татьяна была женой князя И. М. Катырева-Ростовского. Правда, в 1613 году Татьяны уже не было в живых.

Действительно, после того как Михаил Федорович взошел на престол и справился с первыми неотложными задачами, великая государыня старица Марфа Ивановна вспомнила о своей подруге и повелела перевести ее поближе к столице, в Новодевичий монастырь. Она стала часто ее навещать и к каждому празднику дарить подарки.

Через некоторое время по приказу царя Михаила для знатной монахини возвели просторные палаты с хозяйственными постройками. Для обихода ей были выделены значительные средства и приставлены слуги. На новоселье прибыли сестры Мария и Пелагея с детьми. Царь прислал дорогой подарок — сорок прекрасных соболиных шкурок, из которых потом Мария — Елена сшила роскошную шубу. Эти маленькие радости скрасили ее однообразную жизнь.

Последние годы жизни бывшей царицы были вполне благополучными. Она провела их в полном довольстве, окруженная заботой великой государыни и сестер. Печалило лишь то, что прах мужа остался во враждебной Польше. Более того, по слухам, В. И. Шуйский был похоронен у перекрестка двух дорог и над могилой был не крест, а столб с назидательной надписью: «Здесь покоится прах московского государя Василия. Полякам на похвалу, Московскому государству на укоризну». Несомненно, эти слова оскорбляли память свергнутого монарха и как бы насмехались над его подданными. Поэтому Мария — Елена не раз обращалась к своей покровительнице с просьбой помочь перенести останки Шуйского на родину. В 1619 году, казалось, для этого представился благоприятный случай — по Деулинскому перемирию домой возвращались патриарх Филарет и все члены Смоленского посольства, когда-то арестованного Сигизмундом и отправленного в польский плен. В Москву смог вновь приехать даже И. И. Шуйский, который согласился служить Владиславу и не был, как его братья, под стражей. Он оказался единственным представителем в России когда-то многочисленного и могущественного рода суздальских князей. С его смертью род Шуйских угас.

Однако прах царя Василия перевезли на родину значительно позднее, уже после смерти его жены. В 1635 году по Поляновскому мирному договору после провальной Смоленской войны русским дипломатам удалось уговорить нового короля, Владислава, отдать прах русского царя. Он был перезахоронен в царской усыпальнице Архангельского собора. Несомненно, в реабилитации Шуйского большую роль сыграла Мария — Елена, никогда не забывавшая своего несчастного супруга, когда-то так горячо ее любившего.

Царица-монахиня тихо скончалась в 1626 году. По современным меркам она была еще достаточно молодой женщиной. Однако жизненные невзгоды быстро истощили ее организм и раньше времени свели в могилу. О ее смерти сообщил официальный Новый летописец. Во вкладной книге Новодевичьего монастыря об этом событии была сделана следующая запись под 24