Самые тяжелые последствия вызвал взрыв в машинном отделении. Механизмы сорвало с фундаментов, большинство трубопроводов было перебито. В турбогенераторе № 1 вспыхнул пожар, но огонь распространиться по кораблю не успел, так как был залит хлынувшей через пробоины водой. 1-е машинное отделение и 3-є котельное отделение оказались затопленными, образовался сильный крен на правый борт. Но, несмотря на стремительно падавшее давление пара, «Стерегущий» все же успел на одной турбине дойти до отмели. Через четверть часа после начала атаки эсминец повалился на правый борт и затонул на глубине 5,5 м. Вскоре к месту катастрофы подошел быстроходный штабной катер, который подобрал немногих уцелевших членов экипажа «Стерегущего», в том числе командира Збрицкого, которые были черны от копоти, как негры.

Отличился и командир 7./S1G2 гауптман Эрнст Купфер. Он добился прямого попадания в эсминец «Грозящий», стоявший на ремонте в сухом доке «Памяти трех эсминцев». Сброшенная им бомба взорвалась на верхней палубе корабля, проделав в ней дыру размером 2 на 3 м. Но Ju-87R самого Купфера при выходе из атаки получил повреждения от зенитного огня. Осколками снарядов были наполовину обрублены лопасти винта, а огромная пробоина в руле направления почти лишила пилота возможности управлять самолетом. С большим трудом Купферу удалось дотянуть до расположения немецких войск и совершить аварийную посадку в районе Красногвардейска.

Еще не успел рассеяться дым от взрывов, как в небе появились 15 Ju-88A из KG77. Их целью были линкоры. Бомбардировщики атаковали корабли с кормовых курсовых углов. Несколько мощных взрывов прогремело рядом с бортами «Марата». Вода буквально вспенилась, целые столбы воды с донным илом взлетали вверх на десятки метров, а затем с грохотом обрушивались на палубу. Однако линкор на сей раз избежал попаданий. Зато в «Октябрьскую революцию», продолжавшую обстреливать немецкие позиции, попали сразу три 250-килограммовые бомбы. Они пробили верхнюю 37-мм броневую палубу и взорвались в верхнем твиндеке, полностью разрушив шпилевое отделение, а также другие помещения между броневыми переборками на 29-м и 14-м шпангоутах. В 1-м и 2-м отсеках линкора погас свет, из глубины корпуса вырывался пар. Начался пожар. После этого в борьбу с огнем вступила аварийная команда во главе с капитан-лейтенантом Какстовым. В полной темноте матросам пришлось искать место разрыва паровых магистралей. Горели 14-я каюта и судовая лавка. Пламя охватило химический пост и медицинский кабинет. На верхней палубе пылал деревянный настил. В результате прямых попаданий носовая часть корабля до башни № 1 главного калибра была практически превращена в хлам, хотя жизненно важные узлы не пострадали.

Также был поврежден минный заградитель «Марти», стоявший у одного из причалов. Его корпус был пробит в нескольких местах, получила пробоину топливная цистерна.

Вслед за этим в небе появились 22 истребителя Bf-109E-4/ Е-7 из 9./JG27. Они несли под фюзеляжами по одной фугасной бомбе SC250. Мессерам удалось повредить эсминец «Гордый», но два самолета были повреждены зенитным огнем и, оставляя позади дымные шлейфы, ушли в сторону открытого моря. Остальные пилоты тут же сообщили об этом на командный пункт своей группы. Вскоре оба летчика были подобраны гидросамолетами He-59В-2 из 9.Seenot-staffel, вылетевшими с базы около Хельсинки.

ГСосле некоторой паузы последовало еще несколько налетов. В 13.15 попадание получил эсминец «Сильный». Бомба попала в корму, еще несколько бомб разорвались в 10–15 м от корабля, осыпав его осколками. Корма эсминца получила сильные повреждения, вспыхнул пожар, погибли 7 человек из экипажа, и 27 были ранены. Во избежание взрыва командир «Сильного» капитан 3-го ранга Алексей Шомраков приказал немедленно затопить кормовые снарядные погреба. Одновременно за борт выбросили запасы зенитных снарядов, глубинные бомбы и торпеды. Вечером поврежденный эсминец перешел с рейда в гавань и ошвартовался у стенки Морского завода.

Одна бомба взорвалась возле левого борта только что отремонтированного эсминца «Славный», находившегося на Кронштадтском морском рейде. От сотрясения на нем вышли из строя два котла во 2-м котельном отделении. Осколками перебило паропровод перегретого пара, в результате пострадали три матроса, и затем один из них умер от полученных ожогов, еще трое были ранены осколками.

Вечером базу снова атаковала 7./S1G2 во главе с Гауптманом Купфером. Их целью был линкор «Марат», но все бомбы взорвались около бортов корабля, не причинив ему ущерба. ГСри выходе из атаки Ju-87R командира снова был поврежден зенитным огнем. На сей раз у самолета Купфера были пробиты плоскости, и он совершил аварийную посадку возле линии фронта.

В сумерках Кронштадт атаковали двухмоторные «Юнкерсы» из I./KG77 и II./KG77, причем лидирующие самолеты пилотировали командиры групп – гауптманы Йоахим Поттер и Дитрих Пельц. В результате бомбардировки были потоплены грузовой пароход «Барта» тоннажем 2324 тонны, три вспомогательных судна и три портовые баржи. Получили повреждения крейсер «Киров», тральщик ТЩ-206, субмарина Щ-302 и канонерская лодка «Пионер». От близких взрывов у «Кирова» была погнута верхняя палуба, корпус получил пробоины. Но крейсер продолжал стрелять по берегу, в том числе ночью.

Многочисленные повреждения получила и инфраструктура самой военно-морской базы. Были разрушены водопроводная сеть и линии электропередачи, склады с боеприпасами и другим флотским имуществом. Были повреждены Морской госпиталь, Морской завод, Артиллерийский ремонтный завод, уничтожены нефтяные баки, насосная станция дока и 6 жилых домов. Погибли 135 человек, еще 95 получили ранения и контузии. «Во время воздушных налетов на перекрестках улиц стояли толпы зевак и смотрели, как падают бомбы», – вспоминал контр-адмирал Юрий Пантелеев. До поздней ночи в Кронштадте полыхали пожары, слышались стоны раненых, по гавани в поисках уцелевших матросов шныряли катера.

В 05.15 22 сентября над Кронштадтом пролетел немецкий самолет-разведчик. Утро на базе прошло в напряжении, которое чувствовалось повсюду: в казематах старых фортов, в жилых домах, на заводах, причалах, маяках, позициях зенитных батарей и на многочисленных кораблях. Подводные лодки снова погрузились на дно, часть кораблей сменили позиции. В небо всматривались десятки наблюдателей с биноклями и стереотрубами.

В 15.00 с юга опять послышался гул приближающихся самолетов. Это были 38 Ju-88 из KG77 в сопровождении истребителей из JG54. Зайдя со стороны солнца, они несколькими группами ныряли в направлении стоянок кораблей и портовых сооружений. Из-за отсутствия электроэнергии сигнал «воздушная тревога» подавался весьма архаичным способом, а именно ударами колоколов Морского храма.

Ближе к ночи последовал еще один налет. В результате двух воздушных атак были потоплены два