Новые беды обрушились на Стойко и в дальнейшем. За продажу чужих овец в его дворе он был схвачен стражниками и отправлен к их начальнику в Сливен. Жестоко избиваемый стражниками, под непрестанной угрозой быть повешенным, закованный в цепи вместе с другими узниками — турками, болгарами, цыганами и албанцами, Стойко не имел ни минуты покоя. На глазах заключенных стражники сажали на кол албанцев, дезертировавших из турецких войск, стращая такой же участью и остальных. Стойко был освобожден после уплаты начальнику стражников Сербезоглу Мехмету 1500 грошей, половина которых по приказу визиря была ему возвращена. Он вернулся в Котел и прожил там зиму 1791/92 г. в своем доме. Лишенный средств к жизни, будучи еще под «запрещением», Стойко решил уйти в соседнюю Анхиалскую епархию. Там он был принят «с радостью» епископом — греком Иоакимом Кизику, получил от него приход из двенадцати сел с богатым болгарским населением и поселился в его центре — Карнобате, в котором благополучно прожил с марта 1792 до марта 1793 г. Однако затаивший на Стойко злобу Сербезоглу; ставший начальником стражников в Карнобате, снова подверг его заключению. В темнице Стойко содержался в тяжелых условиях: с тремя другими заключенными он был прикован к общей для них короткой цепи, позволявшей поочередно лежать лишь двоим, в то время как двое других вынуждены были сидеть. Тюремная стража грозилась посадить Стойко на кол — «чтоб помнил ты, как брать назад пеню с начальника стражников!» Усилиями прихожан поп Стойко был освобожден и избавлен от «лютой смерти». Однако ранее возвращенные Стойко 750 грошей Сербезоглу снова отобрал у него за проявленную к нему «милость».

Вскоре со Стойко приключилась беда «страшнее и горше первой». Ничего не подозревая, он обвенчал с кем-то в Карнобате христианскую девушку, дочь сельского чорбаджия Ювана Кованджиоглу, которая была облюбована местным «султаном» Ахмет Гераем для своего гарема. Разгневанный «султан», случайно встретивший Стойко на дороге из села Костен, чуть было не повесил его на придорожной вербе, угрожая ему ружьем и пистолетом. Стойко спасло только его клятвенное обещание незамедлительно развести новобрачных. По прошествии года Стойко оставил Карнобат и ушел в село Карабунар, а через год он отправился к своим детям в село Арбанаси в окрестностях Тырново.

Это посещение Стойко села Арбанаси в марте 1794 г. придало совершенно неожиданный оборот всей его жизни. Тырновский митрополит — грек Матфей решил предложить вакантную и обнищавшую Врачанскую епархию болгарскому священнику Стойко в расчете на денежный выкуп. После некоторых колебаний Стойко принял предложение Матфея и согласился на выплату непомерно большого выкупа в размере 27 500 грошей, достаточного для покупки 11 000 овец. Эту сумму Стойко надеялся возместить из будущих доходов со своей епархии. Впоследствии он не без горькой иронии вспоминал о том, как хитро провел («габосал») его лукавый Матфей.. Стойко был рукоположен в епископы 17 сентября 1794 г. в Тырново и стал именоваться Софронием по монашескому своему имени. В течение трех месяцев оставался в Арбанаси до получения утверждавших его в новом сане и должности патриаршей грамоты из Константинополя и султанского указа. В декабре 1794 г., в лютую стужу и снег, Софроний смог отправиться наконец в свою епархию в надежде быть во Враце на праздник рождества (25 декабря).

Достигнув города Плевена, Софроний был смущен вестью о столкновении мятежного видинского феодала Пазвандоглу с его двумя местными противниками и о военных событиях во врачанских селах. Тем не менее Софроний и его спутники, сопровождаемые стражем-турком, достигли благополучно Врацы, при входе в которую были встречены вооруженными врацкими жителями. Убогий вид епископского дома, похожего на тюрьму, удручил Софрония. Но радостный прием, оказанный Софронию болгарами, никогда не слышавшими проповеди на родном языке и видевшими в нем «некоего философа», вдохнул в него силы и бодрость. Обойдя Врачанский округ для сбора церковной подати, Софроний намеревался собрать ее и в Плевене. Однако вспыхнувшая там распря из-за главенства между двумя мелкими феодалами-турками заставила его отправиться ради безопасности в Арбанаси. В епархии появилась «божиим попущением» чума, и Софроний вынужден был провести в Арбанаси «в страхе смертном» четыре месяца. Счастливая случайность избавила его от заражения чумой, которую он мог получить от поцеловавшего ему руку заболевшего священника.

Годы 1796—1798 оказались для Софрония особенно тревожными и скитальческими. Это были годы осады войсками румелийского Мустафа-паши крепости Видина, которую захватил и оборонял Пазвандоглу. В 1797 г. отряды Пазвандоглу и кырджалиев напали на Врацу, что принудило Софрония ночью бежать в придунайское местечко Рахово (Раховец). Оттуда более спокойным путем он пошел в Арбанаси и, дождавшись там ухода кырджалиев из Врачанской епархии, к осени 1797 г. вернулся во Врацу. Передвижения правительственных войск во главе с капуданом-пашой Хаджи Мустафой, направленных для борьбы с Пазвандоглу, заставили однажды Софрония искать спасения в овчарне и темной январской ночью 1798 г. лесом пробираться в Тетевен.

В том же 1798 г. Арбанаси подверглось нападению кырджалиев из войск капудана-паши Хюсейна, шедших на Видин. Разграблен был и дом Софрония вместе с его «бумагами». Его сын, невестка и внуки спаслись бегством в Котел, а оттуда перешли в придунайский город Свиштов, где Софроний застал их раздетыми и разутыми.

Только в августе 1798 г. Софроний смог попасть во Врачанскую епархию для сбора подати по селам, которые подверглись грабежу турок-делибашей. В конце октября Софроний добрался до Врацы. Но при известии о походе на Врацу войск Али-паши глубокой ночью он снова пустился в путь в поисках убежища в Черепишском монастыре. Монастырь оказался пустым, и Софроний нашел приют в горах в пещере (называемой и поныне Софрониевой), в которой вместе с бежавшими из монастыря монахами прожил более трех недель. Затем по труднопроходимой дороге Софроний двинулся дальше — в монастырь «Семь престолов» Софийской епархии, откуда через две недели направился в свою епархию, преодолев расстояние до Врацы, равное десяти часам обычного пути, за три дня (из-за глубокого снега). Там ему посчастливилось прожить спокойно десяток дней. Однако мирное его житие было нарушено приходом десяти дружин албанцев, занявших все дома, в том числе и епископский. В поисках более надежного жилища Софроний пошел к «татар-аге» — начальнику почтарей-татар, принявшему его по надетой им зеленой шапке-чалме за врача.

На общем невеселом фоне «Жития» этот эпизод описан Софронием с живым юмором. Софроний снова пустился на хитрость: он закутал голову шерстяным платком по татарскому обычаю и с кнутом в руке вышел из городских ворот, выдав себя