Кубань была центром антибольшевистского Юга. Кубанские казаки составляли основу Добровольческой армии, а щедрая земля этого района кормила движение. Хотя Корнилов и Алексеев основали свою организацию на Дону, именно на Кубани она набрала силу, а Екатеринодар оставался местом генерального штаба, или Ставки, вплоть до лета 1919 года.

У Деникина были неоднозначные взаимоотношения с кубанскими казаками. Он полностью осознавал значение их вклада и оставался верным собственной идее альянса. Когда Врангель во время поражений в конце 1919 года предлагал вывести армию в Крым, Деникин отверг эту идею, потому что это значило бы бросить союзника без борьбы. В то же время его жестоко уязвила деятельность некоторых политиков Кубани, и он принимал их обвинения в адрес Добровольческой армии близко к сердцу. До конца своих дней он был убежден, что простые казаки оставались лояльными к нему, и что проблемы с войском были просто результатом деятельности нескольких безответственных политиков.

Даже в условиях сложной Гражданской войны Кубань отличалась большим количеством и серьезностью конфликтов, которые здесь таились. Ссоры между армией и войском были беспрестанными и шумными, но борьба между иногородними и казаками была даже более жестокой. Иногородние, которые составляли 53 % населения, владели только 27 % земли. У многих из них земли вообще не было, они арендовали ее у казаков. Богатые обычно жестоко относятся к бедным, когда бедные угрожают их благосостоянию, и казаки, которые полностью монополизировали политическую власть, несправедливо относились к своим соотечественникам и угнетали их. Иногородние по понятным причинам сочувствовали большевикам, но даже тех из них, кто изначально этого отношения не разделял, недальновидное и эгоистичное поведение местных политиков вскоре толкнуло в руки красных. Обращение с иногородними не было вопросом политических дебатов: среди всех групп казаков здесь царило полное согласие, что их требования необходимо отвергать. Не был этот вопрос и проблемой, встающей между войском и генеральным штабом: Особое совещание не предпринимало никаких попыток защитить ущемляемых российских крестьян.

Но среди самих казаков не было единства. Войско было сформировано только в конце XIX века из двух очень несходных групп, черноморских казаков и линейцев. Екатерина Великая расселила потомков Запорожской Сечи, украинского казачьего войска, которое существовало до конца XVIII века, на берегах Черного моря. Екатерина также поселила часть донских казаков глубже на материковой части, для защиты новоприобретенных территорий от грабежей горских племен. Поскольку им приходилось жить на границе, или «на линии», их назвали линейцами. Они возделывали плодородные земли на берегах верховий реки Кубани. Эти две группы, даже после того как они были слиты в одно войско, жили обособленно и мало контактировали друг с другом. Черноморские казаки говорили на украинском диалекте, тогда как линейцы говорили по-русски. Линейцы были более зажиточными и склонными смотреть свысока на своих товарищей-казаков.

Деникин нашел сторонников среди линейцев. В их политике преобладали либералы, которых бы удовлетворила частичная автономия их земель. Линейцам, более малочисленным, чем их соперники, требовалась помощь Добровольческой армии для получения политической власти. Российским генералам, однако, совсем не нравились политические идеи, распространенные среди черноморских казаков. Эти казаки сохраняли самосознание того, что они украинцы, и с огромным интересом следили за тем, что происходит на их родине. Из всех многочисленных соперничающих там движений они сочувствовали тому, которое возглавлял Петлюра, и одобряли его сочетание национализма и социализма. Поскольку Деникин и его собратья-генералы считали Петлюру ничем не лучше большевика, они подозревали черноморских казаков в предательстве. Черноморские казаки провозглашали своей целью реорганизацию России на федеративной основе. Русские националисты не могли представить свою страну ничем иным, кроме централизованного государства, и для них федерализм просто не имел смысла. Они полагали, что те, кто говорит о федерализме, в действительности хотят разрушить страну. Националисты, возглавлявшие Добровольческую армию, считали себя защитниками России: они противостояли большевикам, которые, казалось, зловеще подрывают ценности, на которых их отечество основывалось не одно столетие; в то же время они чувствовали себя обязанными бороться с теми, кто угрожает единству государства. Жестокая и саморазрушительная вражда между казацкими политиками-федералистами и Добровольческой армией была просто одним из результатов узкой националистической доктрины генералов. Проблемы были, в принципе, теми же самыми, которые возникали у армии с другими соседями российских земель.

В политическом спектре Кубани консерваторов и монархистов не существовало. По примечательной иронии среди казаков, которые столетиями воевали за царя, не было защитников монархии. Ставка подозревала черноморских казаков в сепаратистских взглядах, не важно, сколько бы казаки ни протестовали, что хотят только федерации; и напротив, казаки считали армию монархистской, пусть даже Деникин официально отвергал монархизм. Разрыв между некоторыми кубанскими политиками и лидерами Добровольческой армии был значительным.

Законодательство Кубани было сложным и громоздким. Закон о выборах, изданный правительством войска 2 сентября 1918 года, недвусмысленно лишал иногородних избирательных прав. Право голосовать имели только казаки, представители горских племен (которые составляли только малую часть обитателей) и «коренные жители» (незначительное меньшинство иногородних, которые прибыли в эти края до 1861 года). Краевая рада численностью 500 человек выбирала атамана, а также Законодательную раду из 80 человек. Законодательная рада почти постоянно заседала. Хотя атаман назначал правительство, этому административному органу было трудно функционировать, если он хотел проводить политику, отличную от той, которую осуществляла Законодательная рада. Эта сложная система часто порождала распри, и, как следствие, политическая жизнь региона была исключительно бурной.