Для решения этих задач необходимо было широкое использование архивных документов (особенно часто автор использовал писцовые книги по городам и уездам, а также документы из Московского архива Министерства юстиции и Московского архива Министерства иностранных дел). Наработки на их основе по сюжетам Смутного времени привели автора к формированию не только новой, оригинальной точки зрения на события в Угличе, но также и к созданию нового подхода к подбору и исследованию источников в рамках историко-краеведческой разработки той или иной проблемы. Профессиональные историки живо интересовались трудами графа. «Вчера посетил нас В. О. Ключевский и сказал нам, что очень желает познакомиться с ходом Ваших исследований по Смутному времени… У Ключевского ум проницательный и бездна познаний по этой части и, сколько мне известно, самый метод Ваш ему весьма по душе». (РГАДА. Ф. 1287. Оп. 1. Д. 70. Л. 161.). Это сообщал Сергею Дмитриевичу его близкий друг Николай Платонович Барсуков. Историк по образованию, он переживал за успехи Сергея Дмитриевича на историческом поприще. «…Радуюсь, что Вы познакомились с Иконниковым… Из всех русских ученых он ближе всех к Вашему воззрению на Расстригу…» (Там же. Л. 228.). А вот и мнение самого Н. П. Барсукова: «Стоит только вспомнить, что Ваши труды по Смутному времени суть творческие, но вместе с тем они есть кропотливое собирание источников, и если бы Вы пожелали, то могли бы издать несколько книг по этому предмету». (Там же. Л.71.). Историк И. С. Беляев свой труд «Следственное дело об убиении Дмитрия-царевича в Угличе 15 мая 1591 года» (М., 1907.) посвятил графу С. Д. Шереметеву. Интересно отметить и факт использования самим Беляевым методики исследования Сергея Дмитриевича, который объясняет исторические события в том числе и межличностными отношениями: «Может быть, спасение Шуйского от плахи последовало благодаря заступничеству Нагих, заплативших тем дань за ловкое поведение их бывшего следователя». (Беляев И. С. Следственное дело об убиении Дмитрия-царевича в Угличе 15 мая 1591 года. М., 1907. С. 6.).

Н. И. Костомаров же писал: «Вопрос о том, кто был этот загадочный человек, много занимал умы и до сих пор остался неразрешенным. Его поведение было таково, что скорее всего его можно было признать за истинного Дмитрия». (Костомаров Н. И. Русская история в жизнеописаниях ее главнейших деятелей. М., 1990. С. 629.).

Непосредственно события в Угличе 15 мая 1591 года подробно разобраны в работе С. Д. Шереметева «Угличское событие». С. Д. Шереметев, следуя советам К. Н. Бестужева-Рюмина и отчасти призыву В. С. Иконникова пересмотреть все наработанные по этому историческому сюжету данные, предлагает в своем исследовании обратиться к личностям – непосредственным участникам событий, – и их действиям «с особой исследовательской тщательностью». В ходе разработки данной проблемы С. Д. Шереметев выдвигает гипотезу о том, что царевич Дмитрий, вопреки официальной версии комиссии Шуйского, не зарезался при игре «в тычку» сам в припадке «падучей», а также не был убит подосланными из Москвы Михаилом Битяговским и Осипов Волховым, на чем настаивало подавляющее большинство современных С. Д. Шереметеву исследователей, а был тайно вывезен на север Московского государства, в один из монастырей, а именно в Антониево-Сийскую обитель на Двине, с которой у Углича имелись связи. Тело же в гробу, предъявленное комиссии, принадлежало вовсе не царевичу, а «невинно убиенному мальчику из городского посада, который пал жертвой большой политической игры».

Следственное дело по поводу убийства царевича Дмитрия изучалось не единожды и многими. Неоднократно указывалось и на спорные моменты в деле, начиная от внешнего вида и состава документов (подчистки, помарки, подписи на обороте листов, отсутствие в деле такого важного документа, как описание тела убитого царевича) и заканчивая содержанием. Свидетели по-разному говорят о самой смерти царевича: Андрей Нагой утверждает, что его «убили», патриарх Иов – сто «не стало Божьим судом», а слуги – «убили», а кто – «не ведают». Не совсем благополучно обстояло дело и с телом убитого царевича – мало кто его видел, слишком быстро перенесли тело в собор и собор закрыли (С. Д. Шереметев говорит о преднамеренности этого поступка со стороны родственников царевича). Участник следственной комиссии Андрей Луп-Клешнин «затрепетал, оцепенев, стоял неподвижно, обливаясь слезами» (К. Н. Бестужев-Рюмин посоветовал С. Д. Шереметеву убрать это «ненаучное» свидетельство), увидев, по мнению исследователя, подлог одного ребенка другим… Вскоре после этого, указывает С. Д. Шереметев, окольничий удаляется в Пафнутьев Боровский монастырь, а незадолго до смерти принимает схиму с обетом молчания.

Давно известны были исследователям воспоминания иноземцев – очевидцев событий. Скептически относились некоторые из них к заявлению Жака Маржерета об убийстве «подложного принца»: «Как считают, мать и некоторые другие вельможи, зная об опасности, которой младенец мог подвергнуться, изыскали средство подменить его и подставить другого на его место». С. Д. Шереметев по-новому посмотрел и на сообщение Джерома Горсея о его встрече с Афанасием Нагим в ночь после убийства: «…Царь и Совет отослали меня на время в Ярославль… Однажды ночью я получил свою душу Богу, думая, что мой час пробил. Кто-то застучал в мои ворота в полночь. Вооружившись пистолетами и другим оружием,… я и мои пятнадцать слуг подошли к воротам… „Добрый друг мой, благородный Джером, мне нужно говорить с тобой“. Я увидел Афанасия Нагого… „Царевич Дмитрий мертв, дьяки зарезали его около 6 часов, один из слуг признался на пытке, что его послал Борис, царица отравлена и при смерти, у нее вылезают волосы, ногти, слезает кожа. Именем Христа заклинаю тебя, помоги мне, дай мне какое-нибудь средство! Увы! У меня нет ничего действенного“. Я не отважился открыть ворота, вбежал в дом, схватил банку в чистым прованским маслом и коробку венецианского порошка… я отдал все через забор, и он ускакал прочь». Связав этот факт с фактом отсутствия в следственном деле показаний Афанасия Нагого, С. Д. Шереметев сделал вывод, что родственника царицы Марии в день снятия показаний действительно не было в Угличе.

С. Д. Шереметев считал Афанасия Нагого «самым необходимым лицом в начале задуманного мероприятия», то есть спасения царевича. Не могла остаться чуждой делу и мать, царица Мария Нагая. Без нее и ее согласия нельзя было приступить к делу. Чтобы начать такое сложное и небезопасное дело, ей нужен был человек вполне надежный, и таковым был, прежде всего, старший из Нагих, Афанасий Федорович. Он должен был посвятить себя этому делу и исчезнуть. С. Д. Шереметев считал, что он исчез из Углича 15 мая…

По