Во второй половине дня артиллерия противника усилила обстрел Купеческой гавани, не давая возможность проводить эвакуацию войск. Уже в 16 ч 27 августа из купеческой гавани вышли три транспорта: «Луга», «Вторая Пятилетка» и канонерская лодка «Амгунь». На первый транспорт удалось погрузить вместо 700, 1226 раненных и 100 чел. медперсонала. В 22 ч 27 августа из-за огня противника на рейд вышел транспорт «Тобол». Время выхода на рейд транспорта «Атис Кронвалдс» и ледокола «Кришьянис Вальдемарс» неизвестно, однако они не успели погрузить предназначенный личный состав. Первый успел принять только 800 чел. вместо 1000, а второй только ансабль песни и пляски КБФ. В 22 ч 35 м КАТЩ-1501 «Вайндло» выставил в гавани 8 мин и снял с берега 40 подрывников[678].

Командир 10-го СК приказал, во избежание лишних жертв при посадке, перевести транспорты «Тобол», «Вторая Пятилетка» и канонерскую лодку «Амгунь» в Беккеровскую гавань. Боевым распоряжением № 1/2708 он изменил порядок эвакуации своих войск. В Беккеровской гавани осуществляли эвакуацию 204-й сп, 140-й гап, приданные корпусу части 1-й обрмп, части ПВО КБФ и управления коменданта города. Управление 10-й сд, дивизионные части этой дивизии, 98-й сп осуществляли посадку на транспорты «Папанин» и «Найссаар» в Русско-Балтийской гавани. Части восточного участка (16-я сд, 22-я мсд НКВД, 1-я обрмп и части ПВО) производили посадку на транспорты «Лейк Люцерне», «Вахур», танкер № 12 и канонерскую лодку «Москва» в Минной гавани[679].

Вместе с защитниками Таллина на судах и кораблях находились руководящие работники ЦК КП(б) Эстонии, правительство республики и около 500 партийных и советских активистов. Большинство их разместилось на ледоколе «Суур Тылл». Секретари таллинского горкома компартии, председатель горисполкома и его заместители сели на судно «Вирония». Часть партийных работников разместились на военных кораблях[680]. Не успел эвакуироваться первый секретарь компартии Эстонии Карл Сяре. Он был арестован уже 3 сентября 1941 года. Долгое время этот факт замалчивался. Считалось, что Сяре стал предателем, но этот факт до настоящего времени не доказан. 29 августа 1941 года арестовали специально оставленого для руководства подпольной работой секретаря КП(б)Э Хермана Арбона.

В Минную гавань начали стекаться войска из Восточного боевого участка. Они грузились на находившиеся там суда. Первым на рейд в 21 ч 35 м вышел штабной корабль «Вирония». На него вместо 700 было погружено 2500 чел. В 22 ч 14 м на рейд с 800 чел. вышел транспорт «Ярвамаа». В 22 ч 35 м вышла пловучая мастерская «Серп и Молот». На нее было посажено 1090 чел., в том числе из 22-й мсд НКВД. В 23 ч 30 м не рейд вышел транспорт «Лейк Люцерне». На него были погружены части восточного участка: 22-й мсд НКВД, 1-й обрмп, 62-го сп и 8-го ПО. Неизвестно время выхода на рейд спасательного судна «Колывань», но на него было посажено 270 чел. В 0 ч 46 м на рейд вышла канонерская лодка «Москва». В 3 ч 50 м из Минной гавани на посыльном судне «Пикер» убыл Военный совет КБФ, в 10 ч 28 августа он перешел на крейсер «Киров». Начальник штаба КБФ в 7 ч 28 августа на СКА МО № 200 зав. перешел на лидер «Минск». Последним ушел из Минной гавани танкер № 12. К времени ухода командующего КБФ, в гавани скопилось значительное количество не эвакуированных войск. Возможно, приказы об изменении схемы погрузки дошли не до всех. Поэтому адмирал В. Ф. Трибуц приказал продолжить эвакуацию боевыми кораблями. С 4 до 6 ч 28 августа с причалов минной гавани четырьмя эсминцами и тремя сторожевыми кораблями было снято 3057 чел. Тральщики «Осетр», «Шуя» и несколько буксиров перевозили людей на находящийся на рейде транспорт «Лейк Люцерне»[681].

В историческом формуляре 10-й сд её эвакуация описана следующим образом: «26 августа получен приказ об эвакуации. В 21 ч 27 августа части дивизии главными силами начали отхолд с основного оборонительного рубежа Нымме — Пяэскюла — Раудалу. 204-й сп и часть подразделений 62-го и 98-го сп были оставлены для прикрытия погрузки частей Таллинского гарнизона на транспорты в районе ипподрома. Это прикрытие в свою очередь должно было отойти в район погрузки и погрузиться под прикрытием огня корабельной артиллерии. Уничтожив склады, матчасть и автотранспорт, личный состав дивизии в ночь на 28 августа погрузился на транспорты. За отсутствием свободных судов, прикрывающие посадку 204-й сп и подразделения 62-го и 98-го сп не смогли быть погружены. Им было приказано пробиваться сухопутным путем на соединение с основными силами 8-й армии.»[682] Личный состав дивизии эвакуировался на следующих судах: управление дивизии — канонерская лодка «Амгунь»; часть 30-го ап, 140-й гап, 94-й осапб, пульрота — транспорт «Иван Папанин»; часть 62-го сп, мсб и др. части — транспорт «Казахстан»; дивизионный лазарет, подразделения 10-й и 16-й сд, другие части — транспорт «Балхаш»[683] (на этот транспорт грузились в Палдиски тылы 10-й сд. — Авт.). Транспорты «Тобол» и «Вторая Пятилетка» из Купеческой гавани не пришли. На последний на рейде, с буксиров, было принято 250 чел. На транспорт «Иван Папанин» на рейде, также с буксиров, было принято дополнительно 200 чел.[684]

Командир 1-го сб 1-й обрмп вечером отправил донесение на имя вице-адмирала В. Ф. Трибуца и полковника Т. М. Парафило. В нем он сообщал, что по его данным противник прорвался в порт. Его батальон продолжает удерживать позиции на рубеже станции Пяэскюла. Он просил разрешения осуществить прорыв и по суше по тылам противника пойти на соединение с ленинградскими частями[685].

Не сумела прорваться в порт, прикрывая отход 8-го ПО, 1-я рота капитана Шарапова. Рота самостоятельно прорывалась на восток. Реки Нарва достигло всего шесть человек во главе с командиром. Переправившись на восточный берег, они влились в состав партизанского отряда[686].

В течение дня мимо обороны 31-го омсб проходили отходящие в порт части 10-й сд. Около 19 ч позиции батальона, прорвавшись через заградительный артиллерийский огонь, атаковали передовые отряда немецких войск. Неожиданную поддержку в этом бою батальону оказал бронепоезд № 3. Батальон поддерживала береговая артиллерия. В течение ночи с 27 на 28 августа батальон оборонял свои позиции. В штаб батальона прибыл представитель Пубалта[687] с приказанием: «Стоять — насмерть!»[688]

Эвакуация защитников полуострова Виймси столкнулась с определенными трудностями. Не было оборудованных причалов для посадки людей. При маневрировании села на мель парусномоторная шхуна «Минналайд», у шхуны «Раа» вышел из строя мотор. Шхуна «Атта» была отправлена для авиации в гавань острова Найссаар. Посадка на корабли началась в 1 ч 30 м 28 августа. Планировалось, что на суда придется принимать с полуострова 600 чел.