Разумеется, Михоэлс и Фефер не знали, что 12 октября 1946 года МГБ направило в ЦК ВКП(б) и Совет министров СССР записку «О националистических проявлениях некоторых работников Еврейского антифашистского комитета», фактически приговорив лидеров ЕАК к смертной казни. Тем не менее Сталин медлил, поскольку открыто расправляться с известными еврейскими деятелями после поездки Михоэлса в США считал нецелесообразным. Только в конце 1947 года он дал указание Абакумову ликвидировать Михоэлса, причем провести операцию так, чтобы это выглядело как несчастный случай.

Для реализации плана убийства Михоэлса Абакумов создал специальную группу. В нее вошли заместитель министра госбезопасности СССР Сергей Огольцов, министр госбезопасности Белорусской ССР Лаврентий Цанава и начальник 2-го и 3-го отделов ВГУ Федор Шубняков. В ночь с 12 на 13 января 1948 года Михоэлс был убит в Минске вместе с находившимся с ним литератором Владимиром (Вольфом) Голубовым, завербованным агентом госбезопасности. Участников убийства наградили орденами. Внешне все выглядело как несчастный случай: грузовик наехал на пешеходов.

26 марта 1948 года министр госбезопасности Абакумов в докладной записке Сталину сообщил, что «руководители Еврейского антифашистского комитета, являясь активными националистами и ориентируясь на американцев, по существу проводят антисоветскую националистическую работу».

20 ноября 1948 года ЕАК был формально распущен решением Бюро Совета министров СССР и закрыт «как центр антисоветской пропаганды». В тот же день Политбюро ЦК ВКП(б) постановило:

Поручить МГБ СССР немедля распустить «Еврейский антифашистский комитет», поскольку, как показывают факты, этот комитет является центром антисоветской пропаганды и регулярно поставляет антисоветскую информацию органам иностранной разведки. В соответствии с этим органы печати этого комитета закрыть, дела комитета забрать. Пока никого не арестовывать.

Но аресты начались уже через месяц. В декабре 1948 года арестовали председателя ЕАК Ицика Фефера и директора Еврейского театра в Москве Вениамина Зускина. В начале 1949 года репрессировали уже несколько десятков членов ЕАК, в том числе все его руководство. Их обвинили в «связях с еврейскими националистическими организациями Америки».

18 января 1949 года в тюрьму бросили снятого ранее с должности руководителя Совинформбюро и исключенного затем из членов ЦК и компартии Лозовского. В обвинительном заключении по его делу отмечалось:

Бывший начальник Совинформбюро — обвиняется в том, что занимался шпионажем и был одним из руководителей еврейского националистического подполья в СССР. Являлся вдохновителем превращения Еврейского антифашистского комитета в центр националистической и шпионской работы против СССР. Добившись в 1943 году разрешения на посылку в Америку своих сообщников Михоэлса и Фефера, дал им задание установить связь с еврейскими реакционными кругами Америки с тем, чтобы заручиться их поддержкой в борьбе против советской власти. Снабдил Михоэлса и Фефера для передачи американцам шпионскими материалами о состоянии промышленности, хозяйства и культурной жизни СССР. Выполняя указания американцев, вместе со своими сообщниками домогался передачи Крыма евреям, а также организовал сбор и передачу американцам шпионских сведений о Советском Союзе. Имел личную связь с приезжавшим в СССР американским разведчиком Гольдбергом.

В начале 1949 года в Советском Союзе по указанию Сталина начали широкомасштабную кампанию по «борьбе с космополитизмом», в ходе которой звучали обвинения в адрес советских евреев об отсутствии у них советского патриотизма. Кампания сопровождалась массовыми увольнениями евреев и их уголовными преследованиями. В этот период арестовали цвет еврейской творческой и научной элиты СССР — 217 еврейских писателей, 108 актеров, 87 художников и 19 музыкантов. Маркиш записал в те дни: «Гитлер хотел разрушить нас физически, Сталин хочет сделать это духовно».

Судебное дело в отношении ЕАК рассматривала Военная коллегия Верховного суда СССР под председательством генерал-лейтенанта юстиции А. Чепцова. Закрытые заседания начались 30 апреля 1952 года. В тот же день преемник Абакумова на посту министра госбезопасности Семен Игнатьев в письме Сталину назвал арестованных членов ЕАК «американскими шпионами».

18 июля 1952 года всех обвиняемых, кроме Лины Штерн и Соломона Брегмана (заместителя министра Госконтроля РСФСР), приговорили к смертной казни. Штерн приговорили к 3,5 года лагерей с последующей 5-летней ссылкой. А Брегман 16 июня 1952 года во время суда был помещен в бессознательном состоянии в санчасть Бутырской тюрьмы, где он и умер 23 января 1953 года.

12 августа 1952 года приговор привели в исполнение. Расстреляли 13 членов ЕАК:

Лозовский, Соломон Абрамович — бывший заместитель наркома иностранных дел СССР, руководитель Совинформбюро.

Фефер, Ицик — поэт, секретарь ЕАК.

Юзефович, Иосиф Сигизмундович — сотрудник Совинформбюро.

Шимелиович, Борис Абрамович — главный врач Центральной клинической больницы им. Боткина.

Квитко, Лев Моисеевич — детский поэт.

Маркиш, Перец Давидович — поэт, секретарь Ревизионной комиссии Союза писателей СССР.

Бергельсон, Давид Рафаилович — писатель.

Гофштейн, Давид Наумович — поэт.

Зускин, Вениамин Львович — актер и режиссер, художественный руководитель Московского Государственного еврейского театра.

Тальми, Леон Яковлевич — журналист-переводчик Совинформбюро.

Ватенберг, Илья Семёнович — старший контрольный редактор Государственного издательства художественной литературы на иностранных языках.

Теумин, Эмилия Исааковна — редактор международного отдела Совинформбюро.

Ватенберг-Островская, Чайка Семёновна — переводчик ЕАК.

22 ноября 1955 года Военная коллегия Верховного cуда СССР отменила приговор в отношении членов Еврейского антифашистского комитета «из-за отсутствия в их действиях состава преступления». А 29 декабря 1988 года Комиссия Политбюро ЦК КПСС, рассмотрев материалы, связанные с реабилитацией в судебном и партийном порядке лиц, проходивших по так называемому «делу Еврейского антифашистского комитета», признала его сфабрикованным, отметив, что следственных работников, расследовавших данное уголовное дело, осудили в 1952–1954 годах за фальсификацию следственных материалов.

Сталинскую расправу с ЕАК нельзя рассматривать в отрыве от истории образования государства Израиль, решение о создании которого приняла Генеральная Ассамблея ООН 17 мая 1948 года. Помощник Молотова Михаил Ветров несколько позже пересказывал высказывания Сталина по поводу создания государства Израиль:

Давайте согласимся с образованием Израиля. Это будет как шило в заднице для арабских государств и заставит их повернуться спиной к Британии. В конечном счете британское влияние будет полностью подорвано в Египте, Сирии, Турции и Ираке.

Генеральная Ассамблея приняла решение о создании на территории подмандатной Великобритании Палестины двух государств — арабского и еврейского. «Теперь мира здесь не будет», — сказал Сталин, узнав о результатах голосования. И действительно, в тот же день войска арабских стран — Ирака, Египта, Иордании и Сирии — объявили Израилю войну.

С началом этой войны Советский Союз через Чехословакию и Югославию стал направлять в Израиль ощутимую военную помощь, в том числе самолеты, артиллерию, различное стрелковое оружие. Основная часть поставок состояла из трофейного оружия, полученного СССР после поражения Германии.

Однако с образованием Израиля Сталин столкнулся с неожиданной для него проблемой: активизацией советских евреев. Ее апогей совпал с