Последствия анафемствования властей были значительные, они в большей степени коснулись не патриарха, а рядового духовенства. По словам Бонч-Бруевича, когда он показал «прокламацию» Тихона Ленину и спросил, что делать, то последний отреагировал спокойно: «Ничего... сообщите ему, что Советская власть не намеревается надеть на его голову венец мученичества, но все те, кто будет распространять его произведения, будут немедленно арестовываться и предаваться суровому суду, напечатайте обо всем этом в газетах и предупредите рабочие кварталы, чтобы строго следили за появлением прокламаций».

Можно полностью поверить в этот диалог, описанный Бонч-Бруевичем. Ленин в политике был невероятно талантливый «иезуит», как бы сказали тогда. Он умело дискредитировал патриарха и это подтверждает весь ход последующих событий: сотни священнослужителей стали жертвой прочтения данной анафемы и последующих воззваний патриарха, а они были обязаны их читать. Казнить или просто убить патриарха власти не решились и после победы в Гражданской войне — он был слишком знаковой фигурой, к тому же пользовавшейся большим авторитетом в совершенно разных социальных слоях. В период выборов архиереев в первой половине 1917 г., когда на всех баллотировавшихся кандидатов их противники усиленно искали компромат, на Тихона не было найдено ничего. Да и впоследствии большевики обвиняли Тихона только в реальном или мнимом монархизме, сочувствии Белому движению и отстаивании интересов церкви, чем, собственно, и должен заниматься глава Церкви.

Другое дело простые священники и даже епископы, многие из которых стали заложниками данной анафемы. В сложившейся ситуации многие священнослужители приняли обновленчество или вообще сложили сан, считая, что патриарх их просто предал, отдал на растерзание, перефразируя апостола Павла, «псам» и «злым деятелям», вначале провозгласил анафему, а когда чаша весов Гражданской войны качнулась в другую сторону, начал говорить о невмешательстве в политику. Это было все после... а тогда на анафему власти ответили своим декретом.

Двадцать третьего января в прессе появился вышеупомянутый Декрет о свободе совести. Декрет нес в себе немало демократических положений, однако Церковь лишалась прав юридического лица — такого пункта не было во французском законе об отделении церкви от государства. Французский закон ограничивал права накопления церковных капиталов, но самих прав владения имуществом Католическую Церковь не лишал. И это при том, как отмечали специалисты, что в то время французский закон был «самым радикальным» законом об отделении Церкви от государства.

Анализ декрета позволяет определенно сказать, что большинство положений из проекта Галкина так или иначе вошло в текст декрета, а те, что не попали, были реализованы впоследствии (как, например допущение кремации, против чего в то время активно выступала Церковь, или введение григорианского календаря). Когда Галкин писал в своем проекте о провозглашении вневероисповедного состояния, он должен был знать, что такое состояние уже есть и оно закреплено в постановлении Временного правительства «О свободе совести». Правда, такое состояние наступало только с семнадцати лет.

Не был принят пункт Галкина о рекомендации священнослужителям «носить рясы лишь в храмах при исполнении своих обязанностей», но этот пункт впоследствии негласно появится в практике взаимоотношений Церкви и государства. Не попал в текст декрета пункт о сдаче в народную казну драгоценностей, имевшихся у высшего духовенства. Его большевики реализовали впоследствии во время кампании по изъятию церковных ценностей.

Проект Галкина был смягчен и демократизирован, но и в таком виде многим тогда он казался неприемлемым и, самое главное, непонятным. Естественно, что Российская Церковь резко негативно отнеслась к этому декрету. Член Поместного собора Николай Голубцов, прочитав декрет, записал в свой дневник: «Я пришел в ужас: декрет этот имеет целью совершенно уничтожить церковь, разрушить все наши церковные общества и организации и оставить в будущем церковь без пастырей».

Впрочем, изначально негативный настрой членов Собора по отношению к новым властям не помешал соборной делегации настаивать на встрече с председателем Совнаркома. Делегация от Собора во главе с А.Д. Самариным ездила в Петроград, но встреча не состоялась; уклонился Ленин и от встречи в Москве, хотя тут соборную делегацию приняли. На встрече 12 (25) марта со стороны властей присутствовали управляющий делами Совнаркома В.Д. Бонч-Бруевич, представитель наркомата юстиции Д.И. Курский и народный комиссар по страхованию и борьбе с огнем М.Т. Елизаров. Встретили делегацию Собора вполне благожелательно. По словам Самарина, Елизаров от имени Совнаркома заявил, что они вовсе не относятся враждебно к Церкви, как и к другим вероисповеданиям, но не могут допустить влияния Церкви на государство.

Еще более оптимистично был настроен другой участник встречи профессор Николай Кузнецов, который участвовал от имени Собора и в переговорах с Временным правительством. На заседании Собора он подробно поделился своими впечатлениями от встречи. «Беседа с представителями Совета народных комиссаров... произвела на меня лучшее впечатление, чем разговор в октябре 1917 г. с представителями печальной памяти Временного правительства во главе с Керенским. В Керенском чувствовалось двоедушие и неуверенность, что ему должно говорить. Захват церковного имущества в виде зданий и инвентаря церковно-приходских школ был начат именно Временным правительством, и все мои доводы. не находили доступа в душу Керенского. они отскакивали от него, как от стены горох». Представители же Совнаркома, по словам Кузнецова, выразили надежду, что «путем сношений может быть выявлено много недоразумений и могут быть исправлены ошибки, от которых не застрахован Совет народных комиссаров», правда, от принципа декрета «они уже не могут отступить».

Елизаров даже заявил делегации Собора, что «мы строим социализм в России, Сам Христос был социалистом и различие наших стремлений лишь в том, что мы проводим социализм принудительным путем». В заключение Кузнецов констатировал, что «народные комиссары, по-видимому, готовы идти навстречу разрешению разных недоумений и исправлению ошибок, связанных с изданием декрета, и даже разъясняют декрет, как они выражаются». Другой член делегации крестьянин Малыгин заявил, что его впечатление от встречи «такое», что отношение комиссаров к Церкви «вполне благожелательное».

Но даже такой оптимистический отчет делегации не убедил членов Собора. Николай Кузнецов, известный канонист и профессор, главный юридический защитник Церкви, впоследствии в тюрьмах и ссылках на собственном опыте смог почувствовать разницу между Керенским и Лениным.

На Поместном соборе была разработана целая программа по противодействию проведению в жизнь данного декрета. Уже одно название ее многое объясняло: «О мероприятиях, вызываемых происходящими гонениями на Православную Церковь». В храмах на богослужении устанавливалась особая молитва «о гонимых ныне за Православную Церковь и о скончавших жизнь свою исповедниках и мучениках». Должны были быть приняты меры к возвращению всего отобранного имущества Церкви. На местах должны были быть образованы особые братства