На местах не хотели самостоятельно решать судьбу столь значимой фигуры. В Москве тоже никто не брал на себя ответственность, опасаясь народной мести.

Ночью 17 июля 1918 года из Екатеринбурга почему-то через председателя Петроградского совета Григория Зиновьева на имя Ленина и Свердлова была послана телеграмма, в которой сообщалось: «Условленного с Филипповым [Голощёкиным] суда по военным обстоятельствам не терпит отлагательства. Ждать не можем. Если ваши мнения противоположны, сейчас же вне всякой очереди сообщить. Голощёкин, Сафаров. Снеситесь по этому поводу сами с Екатеринбургом. Зиновьев».

Из воспоминаний революционера Павла Быкова: «Товарищ Свердлов решил вопрос без формального народного суда, предложив расстрелять Романова в Екатеринбурге, потому что знал, как говорил Ленин, что не только сотни и тысячи передовых рабочих, но и массы сочтут это решение за окончательное. Так оно и было».

Официального приказа об убийстве, по сути, не поступило. Из представленных СК архивов следует, что центр даже раздумывал, как «отмыться»: мол, это самодеятельность на Урале. Но свидетельства очевидцев сходятся: на самом деле политбюро было в курсе.

Согласно официальной советской историографии, решение было принято исполкомом Уралоблсовета, и центральное советское руководство узнало об этом уже после случившегося. В 90-е годы появилась версия, что решение было принято Центром, а местные власти взяли ответственность на себя, чтобы создать московскому руководству политическое алиби. Первая версия, о самовольном решении Уралоблсовета, представляется более обоснованной, чем вторая. Установлено, что большевистское руководство действительно обсуждало судьбу Николая II и планировало суд над ним в Москве, однако речь об убийстве остальных членов семьи официально не велась. Вместе с этим партийные организации Урала, опасавшиеся возможности освобождения Николая II, выступали за его немедленный расстрел, а также за «уничтожение всего семейства и родственников бывшего царя». На этом же настаивал прибывший 4 июля 1918 года в Москву уральский военный комиссар Ф.И.Голощёкин. Не получив на это санкции, по возвращении на Урал, вечером 14 июля, Голощёкин и остальные члены исполкома Уралсовета приняли решение о невозможности дожидаться суда над бывшим императором, о чём сообщили в Москву. Ответ центрального руководства на эту телеграмму в архивах не обнаружен.

Казнь Романовых засекретили. И придумали повод: царская семья от слуг прознала о наступлении белых и разработала план побега. Последним пристанищем стал дом купца Ипатьева в Екатеринбурге. За пару недель до гибели здесь сменилась охрана: новым комендантом назначили Якова Юровского. Именно он вместе с Петром Ермаковым, Михаилом Медведевым (Кудриным) и Петром Медведевым обсуждали, кого и как казнить. Сначала думали только про Романовых — но один вспомнил, как кто-то из прислуги передавал узникам письма из внешнего мира. В итоге решили убить всех семерых членов семьи и четырёх слуг: врача Евгения Боткина, повара Ивана Харитонова, лакея Алексея Труппа и горничную Анну Демидову. Лишь одиннадцатилетнего поварёнка Лёню Седнева пощадили. Накануне казни тот, по воспоминаниям царицы Александры Фёдоровны, «неожиданно исчез». Как стало известно из новых материалов, надзиратели вывезли его якобы к дяде. А на самом деле отдали в детдом.

И, оказывается, палачи долго выбирали способ убийства Романовых. Например, предлагали закидать бомбами — «так надёжнее». Но начальник охраны возразил: сверху приказали сделать всё по-тихому. По этой же причине отмели и другой вариант — расстрелять, пока все в доме спят. Надзиратели боялись, что соседи услышат выстрелы.

Из воспоминаний Виктора Нетребина, участника казни: «В Дом особого назначения приехали ещё два товарища для помощи внутреннему караулу. Мы все снова собрались для окончательного обсуждения предварительной подготовки ликвидации Романовых. Тут же выяснилось, что казнь нужно проводить этой ночью при помощи расстрела из наганов в нижнем, полуподвальном этаже».

Тогда же, вечером 16 июля, определили состав расстрельной команды. Юровский отобрал на дело «латышей» — так называли надзирателей из внешнего периметра охраны. Речь о двух прибалтах, венгре и четырёх русских. Тем самым убийство царской семьи не было исключительно «делом рук евреев» — этот антисемитский миф активно тиражировали на протяжении десятилетий.

Однако большинство «латышей», узнав про то, что им предстоит убить дочерей царя, отказались. «Ну, может быть, девушки… знаете, проявляли такую любезность, улыбки расточали этим постовым, и у них создалось такое впечатление, что им… Короче, струсили, я думаю, просто, чего там говорить», — расскажет спустя годы один из палачей Григорий Никулин.

В итоге всё же набрали 13 человек, преимущественно русских.

Командовать расстрелом членов семьи бывшего императора было поручено коменданту Дома особого назначения Якову Юровскому. Именно из его рукописей впоследствии удалось восстановить страшную картину, развернувшуюся в ту ночь в Ипатьевском доме.

А семья жила, не думая о будущем. Жила так, словно впереди — годы. Дети продолжали учиться. Николай много читал, в последние дни — Салтыкова-Щедрина. Дочери пекли хлеб, который отец называл «недурным». Алексей, если чувствовал себя хорошо, делал из проволоки цепочки для своих игрушек — корабликов. Комендант позволял ему питаться чуть лучше, чем остальным. 16 июля Александра написала, что он «наконец, через неделю, принёс яиц для бэби». Был солнечный день. Вечером супруги поиграли в карты и легли спать.

До расстрела оставалось несколько часов.

В ночь с 16 на 17 июля царская семьи была разбужена, под предлогом тревожной ситуации в городе им велели собираться в дорогу, но при этом «ничего не брать с собой».

Наследник престола цесаревич Алексей страдал гемофилией. К концу жизни он практически не мог ходить. В подвал отцу пришлось нести его на руках.

На улице гудел мотор грузовика — его завели специально, чтобы приглушить звуки выстрелов. Романовы подумали, что туда можно погрузить вещи, поэтому всё же взяли с собой пару мешков, а также постельное бельё и подушки. Захватили и трёх собачек. А драгоценности, коих было немало, припрятали: императрица и дочери вшили их в корсеты.

Согласно документам, приказ о расстреле был доставлен на место казни в половине второго ночи. Уже спустя сорок минут всю семью Романовых и их слуг привели в подвальное помещение. «Комната была очень маленькая. Николай стоял спиной ко мне, — вспоминал Юровский. — Я объявил, что Исполнительный Комитет Советов Рабочих, Крестьянских и Солдатских Депутатов Урала постановил их расстрелять. Николай повернулся и спросил. Я повторил приказ и скомандовал: „Стрелять!“. Первый выстрелил я и наповал убил Николая».

Более чем через 100 лет газета «Московский комсомолец» так описала ту казнь:

«Ночь. Сводчатая комната особняка, имеющая одно окно с железной решёткой совершенно подвального характера. У дальней стены — группа людей, одетых по-дорожному: мужчины, женщины, молоденькие девушки, мальчик-подросток. Напротив, у входа, — другая группа: военные, вооружённые револьверами