Слухи об убийстве царя, появившиеся в июне 1918 года, волновали германские круги. 9 июня в Берлине помощник статс-секретаря Рейха встретился с большевистским посланником Иоффе и выразил беспокойство германского правительства слухами об убийстве императора Николая II. Иоффе заверил, что «никому из императорской семьи не будет причинено вреда и что все представители последней будут снабжаться всем необходимым для существования». Однако эти заверения не успокоили Берлин, и 21 июня Мирбах на встрече с наркомом иностранных дел Георгием Чичериным потребовал от большевистского правительства выступить с самыми решительными опровержениями слухов.

Участившиеся слухи об убийстве царя беспокоили не только немцев, но и Ленина. В тот же день 21 июня, когда Мирбах делал свои представления Чичерину, Владимир Бонч-Бруевич, исполняя ленинское распоряжение, направил в Екатеринбург официальный запрос: «В Москве распространяются сведения, что будто бы убит бывший император Николай Второй. Сообщите имеющиеся у вас сведения. Управляющий делами Совдепа народных комиссаров Владимир Бонч-Бруевич».

Никакого ответа на эту телеграмму из Екатеринбурга не последовало, и 21 июня командующий Уральским Северо-Восточным фронтом Рейнгольд Берзин посетил Ипатьевский дом и убедился, что царская семья жива. Ленин приказал Берзину «взять под свою охрану всю Царскую Семью и не допустить каких бы то ни было насилий над ней, отвечая в данном случае своей собственной жизнью».

Свердлову удалось ввести немцев в заблуждение и в этом вопросе. За несколько дней до убийства царской семьи германский представитель на германской Украине граф Альвенслебен уверял русских монархистов, что «император Вильгельм желает во что бы то ни стало спасти Государя Императора Николая II и принимает к этому меры», что «между 16 и 20 июля (по новому стилю) распространится слух или известие об убийстве Государя; что слух этот или известие не должен будет нас беспокоить: как и слух имевший место в июне, он будет ложный, но что он необходим в каких-то целях именно Его спасения».

Этот разговор проходил накануне или даже в самый день убийства в Москве германского посла графа Мирбаха. Оно было крайне опасным для Ленина, так как немцы немедленно потребовали ввести в Москву свой батальон для охраны посольства, что на деле могло означать свержение советской власти. Скорее всего, убийство Мирбаха было непосредственно связано с подготовкой убийства царской семьи, так как требование посла кайзера о переводе государя в Москву становилось всё более категоричным. Кроме того, немцы направляли в район Екатеринбурга своих эмиссаров, шли разговоры о посылке туда же вооружённых отрядов. В ответ для немцев была состряпана ложь о перевозе Николая II в Москву, теперь уже из Екатеринбурга.

Ленин всячески стремился, во всяком случае внешне, следовать германским требованиям в отношении царской семьи. Один из соучастников екатеринбургского злодеяния, Михаил Медведев (Кудрин), в декабре 1963 года вспоминал, что 16 июля 1918-го он присутствовал на заседании областного совета Урала. На нём также присутствовал Шая Голощёкин, который рассказал о своей поездке в Москву к Свердлову. Голощёкин стремился получить санкцию на расстрел царской семьи. В этом он получил поддержку со стороны Свердлова. Однако Ленин категорически выступил против этого, потребовав вывезти царскую семью в Москву. Тем временем Свердлов, наоборот, всеми силами добивался именно противоположного решения. Генерал Михаил Дитерихс отмечал: «Ленин готов был снова продаться перед лицом создавшейся обстановки. Он признавался в неудачности произведённых опытов и в тайных заседаниях со своими клевретами откровенно считал дело проигранным, высказывая мысль, что пора уходить».

Важным свидетельством являются и показания германского консула Вальтера Бартельса, который в действительности был легальным резидентом германской разведки. 10 июня 1921 года в Берлине он сообщил следователю Николаю Соколову: «Между королём Испании и императором Вильгельмом происходили через специальных курьеров совершенно секретные переговоры, имевшие в виду спасение русского Царя и Его Семьи. В результате этих переговоров через графа Мирбаха последовало требование к Ленину об освобождении Государя Императора и Его Семьи. Ему, Бартельсу, положительно известно, что Лениным было собрано специальное заседание „комиссаров“, в котором большинство примкнуло к точке зрения Ленина о возможности освобождения Государя Императора и Его Семьи. Такому решению большинства воспротивилась другая партия во главе со Свердловым», которая «тайно отправила своих людей в Екатеринбург, и там произошло убийство Царя и Его Семьи».

О том, что Ленин не контролировал ситуацию в Екатеринбурге, свидетельствует планомерное истребление на Урале его родственников Ардашевых, проводившееся местным ЧК под руководством Якова Юровского. Таким образом, убийства родственников Ленина проводились теми же людьми, что участвовали в убийстве царской семьи, и они были людьми Свердлова. Если, уничтожая родственников Ленина, они делали это в тайне, они могли точно так же скрывать от него подготовку убийства царской семьи.

Слухи о предстоящем вывозе государя активно распространялись и среди городской верхушки. Так, водитель ЧК А.И.Руденков, который возил в Ипатьевский дом высокопоставленных чекистов, за два дня до убийства царской семьи вместе со своей сестрой Л.Ф.Лоскутовой видел, как из ворот дома вышел бронированный автомобиль. Руденков пояснил сестре, что на этом броневике вывозят «у императора вещи, а потом увезут и самого императора». При этом Руденков выразил предположение, что государя «отправят в Германию, так как большевики за него взяли у немецкого короля много денег, и король взял его себе на поруки». Екатеринбургский парикмахер Ф.И.Иванов сообщил следствию, что за день-два до убийства царской семьи он стриг комиссара станции Екатеринбург Гуляева. В ходе беседы тот сказал: «Сегодня отправляем Николая».

История принятия решения об убийстве царской семьи до сих пор не до конца выяснена. Было ясно, что возвращение к монархии в России вряд ли возможно, особенно в среднесрочной перспективе. Но столь жестокого убийства никто в России не ждал. Ранее большевики планировали провести открытый судебный процесс над Николаем Вторым — чтобы подвести символическую черту под эпохой царизма в России. За проведение такого процесса, в частности, выступал Троцкий. Ленин, в свою очередь, опасался, что Романовы все ещё любимы в народе, а потому суд может принести совсем не те плоды, которых большевикам хотелось бы. Ленин посчитал, что в условиях Гражданской войны будет целесообразнее втайне убить всю семью и хранить молчание об этом как можно дольше. По другой версии, Ленин продвигал идею всенародного суда, который окончится смертным приговором. Вождь планировал сделать процесс максимально публичным в пропагандистских целях. Обвинителем должен был выступить сам Лев Троцкий, на тот момент самый популярный и авторитетный из политбюро.

Однако отцы революции не учли одного: к столице Урала быстро продвигались чехословацкие корпуса белогвардейцев. К началу июля 1918-го стало ясно, что город вот-вот возьмут. Уральский