Чтобы выдержать лишний вес кирпичных куполов перестройки XI в., стены пришлось значительно утолщать. Церковь также была расширена как с северной, так и с южной сторон: на севере, чтобы укрепить остатки часовни Сан-Теодоро начала IX в., которая была окончательно снесена в это время; на юге, чтобы включить то, что, вероятно, было угловой башней старого Палаццо Дукале и которое теперь составляет часть сокровищницы Сан-Марко. На западном конце был добавлен нартекс, а на востоке были построены две меньшие апсиды по обе стороны от главного пресвитерия. (Баптистерий на южной стороне и соответствующая пристройка к атриуму на севере предположительно датируются XIII в.)

Как и в Санта-Фоске, которая также была построена как капелла-реликварий, для размещения мощей святого был выбран византийский крестообразный план. Выбор греческого креста прочно ставит Сан-Марко в один ряд с другими апостольскими церквями. План действительно очень похож на церковь Святых Апостолов (Апостолион) в Константинополе, перестроенную императором Юстинианом в VI в. Этот знаменитый византийский памятник больше не существует, поскольку он был разрушен после захвата Константинополя османами в 1453 г. Она известна по иллюстрации в манускрипте в Париже, по ее письменным описаниям, а также по предполагаемому сходству с современной апостольской церковью св. Иоанна Богослова в Эфесе. Даже в тех частях Италии, которые были связаны с Западной Церковью и, таким образом, были оторваны от византийских традиций, именно крестообразные планы традиционно выбирались для апостольских церквей, таких как церковь святых апостолов в Милане, основанная св. Амвросием в 382 г. О том, что о своем святом покровителе венецианцы думали именно как об одном из апостолов, свидетельствует их жадное собирание святых мощей других апостолов, многие из которых до сих пор хранятся в Сан-Марко.

Каждое куполообразное пространство, по сути, образует отдельный греческий крест меньшего масштаба с четырьмя цилиндрическими сводами, распределяющих нагрузку купола. Преобладание общего плана греческого креста подчеркивается тем, что аркады отгораживают вспомогательные цилиндрические сводчатые пространства, которые также служат опорой для галерей. Нынешние приподнятые дорожки – это остатки первоначальных галерей. Кажется, что когда-то они были намного шире, как те, что сохранились на концах обоих трансептов и в западной части нефа, но впоследствии были сужены, чтобы пропустить больше света в проходы под ними. Существующие галереи ясно свидетельствуют об этом изменении, так как внешние балюстрады выполнены в массивном византийском стиле с рельефными панелями, а внутренние – типично готического стиля с рядами тонких колонн. Причиной переделки, должно быть, было загромождение многих верхних окон, чтобы обеспечить дополнительное пространство на стенах для мозаик, из-за чего в церкви было слишком темно.

Пространства интерьера не разделены четко на отсеки, а связаны между собой колоннадами и арочными проемами. Например, четыре огромных столба, поддерживающих центральный купол, пронизаны большими арочными проемами, при этом вес перераспределяется на четыре меньших столба – как у человека, сидящего на стуле с четырьмя ножками. Это значительно облегчает визуальный эффект и позволяет воздуху более свободно течь между одним купольным пространством и другим. Это даже позволяет видеть непрерывный вид с каждой стороны нефа, чтобы обозначить боковые проходы. О кажущейся легкости строения свидетельствует и то, что купола, кажется, не опираются непосредственно на большие арочные цилиндрические своды, а легко парят прямо над ними. Переход от квадратных пространств внизу к круглым куполам вверху – проблема, занимавшая многих средневековых строителей, здесь решена искусно и плавно с помощью парусов.

То, что сходство между Сан-Марко и Апостолионом в Константинополе было признано с самого начала, ясно из рукописи начала XII в., написанной монахом из Сан-Николо-ди-Лидо, в которой говорится, что новая церковь была построена «по конструкции, подобной той, что была в церкви Двенадцати апостолов в Константинополе». Однако, если мы внимательно изучим план Сан-Марко, мы увидим, как византийская модель была тонко преобразована, чтобы соответствовать несколько иной литургической традиции венецианской Церкви. Например, становится ясно, что четыре купола над рукавами греческого креста в Сан-Марко на самом деле не равны по размеру; те, что над трансептами и восточным концом, меньше, чем центральный купол, а купол над западным ответвлением перекрестия слегка удлинен, чтобы расширить пространство нефа. В результате колоннады, поддерживающие галереи, имеют только три пролета в каждом трансепте, но по четыре с каждой стороны нефа. Это утонченное расширение тона напоминает аналогичную схему в Сан-Джакомо-ди-Риальто. Продольная ось дополнительно подчеркивается блокировкой концов трансептов и тремя апсидами на восточном конце, которые предполагают направленную силу, вытолкнувшую дальнюю стену. В то время как план Апостолиона, вероятно, был совершенно симметричным по всем четырем осям, со святилищем под центральным куполом, в Сан-Марко, с другой стороны, обряд требовал уединенного пресвитерия для духовенства в восточной части. Гробница св. Марка была помещена в крипте, прямо под главным алтарем. Акцент пространства, ориентированный на алтарь, не только подходил для литургии, но и делал церковь более подходящим местом для великих процессий, сопровождавших все основные церемонии дожей.

Церковь XI в. с ее новыми кирпичными куполами произвела бы внушительное, но резкое впечатление. Кирпич фактически был основным строительным материалом, а для украшения византийских арок как внутри, так и снаружи, использовались типичные терракотовые лепные украшения в виде клыков. Лишь южная стена нефа в форме люнета и восточная часть апсиды алтаря сохранили до наших дней голую кирпичную кладку. Как и в других византийских церквях в лагуне, окна были обрамлены концентрическими кирпичными арками, как бы обнажая последовательные слои массивных кирпичных стен. Нижние стены, разделенные в основном серией ниш, некоторые изогнутые, некоторые прямоугольные, – итальянская декоративная традиция, вероятно, заимствованная из римской архитектуры гробниц. Для колонн, капителей, горизонтальных карнизов и балюстрад внутри церкви использовался камень, а также для некоторых деталей экстерьера, таких как выступающие колонны восточной апсиды.

Ко времени выполнения мозаики XIII в. на фасаде, изображающей обретение тела св. Марка, церковь совершенно изменила свой внешний вид. Эта мозаика, единственная сохранившаяся из первоначальной серии арок портика, должна быть датирована до 1267 г., когда она была упомянута в знаменитой хронике Мартино да Канала. Она украшает люнет в самом северном выступе фасада над порталом Сант-Алипио. Мы видим уже не тяжелое кирпичное строение с его низкими куполами и нишами, а фасад, украшенный инкрустацией и мозаичным декором, увенчанный уже упомянутыми парящими куполами. Едва ли будет преувеличением утверждать, что это преобразование было бы невозможно, если бы не триумф венецианцев в Четвертом Крестовом походе 1202–1204 гг.

Для этой экспедиции Венеция предоставила великолепный флот военных кораблей в обмен на крупную денежную плату и равную долю всех трофеев и территориальных завоеваний. Отважно возглавляемый слепым и престарелым дожем Энрико Дандоло,