Наиболее остро центробежные тенденции стали проявляться в ДУМ КЧРиС, имевшее выраженный национальный (карачаевский) характер. Реальное влияние муфтията в Ставропольском крае ограничивалось районами компактного проживания карачаевцев в зоне Кавказских Минеральных Вод, в то время как даргинские общины края ориентировались на ДУМ Дагестана, кабардинские — на ДУМ Кабардино-Балкарии, а ногайские — на Чечню и Региональное ДУМ Ростовской области и юга России в составе ЦДУМ. Отсутствие единства среди мусульман Ставропольского края делало их весьма уязвимыми перед экспансией ваххабизма, сторонники которого активно действовали в Степновском, Нефтекумском и Минераловодском районах и к 1998 г. стали представлять реальную угрозу для безопасности всего региона12.

К началу 1999 г. количество мусульманских общин в Ставропольском крае достигло 30 фактически действующих приходов при 11 зарегистрированных, а численность его исламского сообщества стала сопоставима с численностью карачаево-черкесской уммы. Все это создало реальные предпосылки для формирования в крае самостоятельного муфтията, тем более что такой сценарий отвечал планам правительства Ставропольского края, всерьез обеспокоенного невозможностью полноценного контроля над своими мусульманами.

Вследствие сложной этнической ситуации в крае и трений между даргинцами, ногайцами и карачаевцам инициатором создания Ставропольского муфтията выступил Совет по экономической и общественной безопасности Ставропольского края. По его указанию 20 марта 1999 г. в селе Канглы Минерал оводского района была проведена встреча шести имамов из сел Кара-Тюбе, Канглы, Серноводское и Иргаклы, договорившихся провести учредительный съезд ДУМ Ставропольского края. По итогам этой встречи была образована инициативная группа по подготовке съезда, призвавшая все общины края включиться в процесс создания нового муфтията13.

Через два года, 27 августа 2001 г., в селе Новкус-Артезиан Нефтекумского района прошло учредительное собрание имамов Нефтекумского и Степновского районов края, на котором был сформирован Совет имамов Ставрополья и вновь поставлен вопрос о Ставропольском муфтияте. По совету властей имамы направили верховному муфтию Талгату Таджуддину обращение с просьбой создать Региональное ДУМ Ставропольского края в составе ЦДУМ, однако не получили положительного ответа.

К 2004 году Совет имамов Ставропольского края уже приобрел некоторый опыт самостоятельной работы и процесс сепарации ставропольской уммы вновь активизировался. 7 июля 2004 г. в Ставрополе открылся учредительный съезд ДУМ Ставропольского края, однако благодаря вмешательству муфтия Исмаила Бердиева и обострившимся национальным противоречиям он не достиг поставленных целей. Интересно отметить, что после съезда Бердиев направил письма на имя генерального прокурора РФ и губернатора Ставропольского края, в которых подчеркивал, что «подготовка к “съезду” проводилась не мусульманами, а местными, районными и краевыми органами государственной власти, <...> которые закрыли заседание, увидев, что нужная им кандидатура не получает необходимого числа голосов».

Похожая ситуация сложилась и в Краснодарском крае. При выделении адыгейской части края в самостоятельный субъект Федерации реальная зона влияния ДУМ Республики Адыгея, и Краснодарского края (ДУМ РАиКК) сузилась до границ Республики Адыгея и межрегиональный статус этого муфтията был поставлен под сомнение. Мусульманское сообщество Краснодарского края, так же как и ставропольское, оказалось этнически неоднородным, что не позволило лишенному эффективной поддержки краевых властей Адыгейскому муфтияту установить контроль над всеми его общинами. Большинство татарских общин края предпочли ориентироваться сначала на Региональное ДУМ Ростовской области и юга России в составе ЦДУМ и ДУМ «Ассоциация мечетей», а затем и на ДУМЕР14.

Лидеры ДУМ РАиКК с пониманием отнеслись к сложившейся ситуации и не стали устранять присутствие в Краснодарском крае других мусульманских централизованных структур, однако отсутствие единого мусульманского центра в регионе продолжает создавать серьезные предпосылки для возникновения самостоятельного ДУМ Краснодарского края. Впрочем, краевые власти относятся к Адыгейскому муфтияту лояльно и не поощряют центробежные процессы.

Административно-территориальные расколы проявились и в пределах Поволжской уммы. Немалую роль в их возникновении сыграло решение пленума ДУМЕС об образовании 25 мухтасибатов — структур, представляющих средний уровень властной вертикали15. Растущее в геометрической прогрессии количество общин действительно требовало кардинальной реформы управления, однако мухтасибатная реформа ДУМЕС привела в итоге не только к ужесточению иерархизации, но и к выделению из общей массы имамов относительно небольшой группы региональных лидеров — имам-мухтасибов и фактически заложила границы будущего раскола, совпавшие с границами мухтасибатов.

В 1992 и 1994 гг. именно имам-мухтасибы стали лидерами новых муфтиятов. Для этого им было нужно только сменить духовное звание имам-мухтасиба на более высокое — муфтия. Все административные рычаги воздействия на свои общины они уже имели, а хорошие отношения с региональными властями гарантировали моральную поддержку и финансовую помощь.

Из духовных управлений Поволжской уммы от раздела регионов более всего пострадало ДУМ Тюменской области, в конце концов, лишившееся контроля над общинами Ханты-Мансийского и Ямало-Ненецкого автономных округов. Следует отметить, что дополнительные расколы вызовет и укрупнение регионов, начавшееся в 2005 г.

Роль региональных властей в расколах

Особую роль в расколе российского ислама сыграла позиция региональных лидеров. В период безграничного «поглощения» суверенитета каждый из них был заинтересован в комплексном укреплении своих позиций, в том числе и с религиозной стороны. Наиболее активно использовали религиозный фактор лидеры республик с преобладающей или высокой долей мусульман. Обладая большей, по сравнению с главами православных регионов, властью, они нередко вмешивались в дела мусульманских общин, пытаясь поставить их на службу своим интересам.

В одних регионах исламские лидеры смогли отстоять свою независимость, добившись паритетных отношений со светской властью, в других они добровольно-принудительно признали ее диктат, в третьих же давление властных структур привело к затяжным конфликтам, как государственно-религиозным, так и внутрирелигиозным.

Наиболее драматично противостояние властей и духовных структур протекало в Чечне. В 1991 г. исламское духовенство весьма прохладно отнеслось к политике первого президента республики Джохара Дудаева, который, несмотря на свой недавний атеизм и полное невежество в вопросах ислама, стал активно «возрождать» эту религию в своей республике. Возможно, духовные лидеры поняли, что Дудаев просто желает «подмять» под себя исламское сообщество республики и воспользоваться им для прикрытия политических интриг. В ответ на позицию духовенства в сентябре 1991 г. сторонники президента создали Высший исламский совет Чеченской Республики, позже переименованный в Исламский центр Чеченской Республики Ичкерия. Эта структура, ставшая первой централизованной мусульманской организацией Чечни, была призвана сплотить все исламское духовенство вокруг Джохара Дудаева, однако породила лишь серьезный раскол мусульманского сообщества республики16.

14 октября того же года Совет имамов Чеченской Республики избрал нового муфтия — Магомед-Башира Арсанукаева и создал под его руководством независимое ДУМ Чеченской Республики (ДУМ ЧР), оппозиционное как Дудаеву, так и его Исламскому центру. С этого момента раскол чеченских мусульман приобрел видимый характер. 4 июля 1992