ЕврАзЭС стал Межгосударственный Совет, в состав которого вошли главы государств и главы правительств. На Межгосударственный Совет было возложено рассмотрение принципиальных вопросов, связанных с общими интересами государств-членов Сообщества, определение стратегии, направления и перспективы развития интеграции, принятие решений, направленных на реализацию задач ЕврАзЭС. Межгосударственный Совет на уровне глав государств собирался не реже одного раза в год, на уровне глав правительств – не реже двух раз в год.

Межгосударственный Совет ЕврАзЭС принимал решения на консенсусной основе. Реализация этих решений становилась обязательной во всех странах – членах Сообщества и происходила путем принятия необходимых национальных нормативных правовых актов в соответствии с национальным законодательством. Заседания Межгоссовета носили, как правило, открытый характер.

Функции исполнительного органа ЕврАзЭС выполнял Интеграционный Комитет – постоянно действующий орган Евразийского экономического сообщества. Основными задачами Интеграционного комитета являлись: обеспечение взаимодействия органов ЕврАзЭС, контроль за реализацией решений, принятых Межгосударственным советом, подготовка предложений по формированию бюджета Сообщества и контроль за его исполнением.

В состав Интеграционного Комитета входили заместители глав правительств ЕврАзЭС. В период между заседаниями Интеграционного комитета текущую работу Сообщества обеспечивала Комиссия постоянных представителей, назначаемых главами государств. Заседания Интеграционного Комитета проводились не реже четырех раз в год. Внеочередные заседания могли созываться по инициативе любого из государств-членов Сообщества, Председателя Интеграционного Комитета либо по решению Межгосударственного совета.

В Интеграционном Комитете решения принимались большинством в две трети голосов. Количество голосов при принятии решений в Интеграционном Комитете соответствовало взносу каждой стороны в бюджет Сообщества.

Интеграционный Комитет мог создавать комиссии и советы по конкретным направлениям сотрудничества. Обычно советы и комиссии при Интеграционном Комитете ЕврАзЭС создавались по отраслевому и функциональному принципу взаимодействия между государствами-членами ЕврАзЭС для реализации целей и задач Сообщества и осуществляли деятельность по конкретным направлениям сотрудничества. Членами советов являлись руководители соответствующих государственных органов исполнительной власти государств-членов ЕврАзЭС и их заместители (по одному у каждого руководителя).

Интеграционный Комитет ЕврАзЭС определял основные направления деятельности советов и комиссий. Последние ответственны перед Интеграционным Комитетом ЕврАзЭС. Советы и комиссии рассматривали вопросы по направлениям своей деятельности и вносили в установленном порядке предложения в Интеграционный Комитет ЕврАзЭС; осуществляли экономический анализ, а также анализ национальных законодательств государств-членов Сообщества в сферах правоотношений, соответствующих профилю их деятельности.

Местами постоянного расположения аппарата Интеграционного Комитета являлись Алматы и Москва, но заседания Интеграционного Комитета могли проводиться в любых государствах-членах ЕврАзЭС.

Информационное, правовое, организационно-техническое обеспечение деятельности советов и комиссий осуществлялось Секретариатом Интеграционного Комитета ЕврАзЭС, который вел свою работу с 1 января 2002 года. Местом постоянного расположения Секретариата, как и Интеграционного Комитета, были Алматы и Москва.

Секретариат занимался организацией работы и информационно-техническим обеспечением Межгосударственного Совета и Интеграционного Комитета, а также разработкой проектов документов и программ по углублению интеграционных процессов, проводил консультации и переговоры по согласованию с государствами-членами ЕврАзЭС общей политики по направлениям сотрудничества, осуществлял подготовку и согласование проектов решений Межгоссовета и Интеграционного Комитета, анализировал ход выполнения решений органов ЕврАзЭС и договоров, заключаемых в рамках Сообщества. Кроме того, Секретариат формировал базы данных по конкретным направлениям деятельности ЕврАзЭС и в этих целях взаимодействовал с научно-исследовательскими центрами государств-членов Сообщества, проводил правовую и экономическую экспертизу проектов договоров, осуществлял организационно-правовое и информационное обеспечение работы отраслевых советов и функциональных комиссий по конкретным направлениям интеграции.

Во главе Секретариата стоял Генеральный секретарь Евразийского экономического сообщества – высшее административное должностное лицо Сообщества, назначаемое Межгосударственным Советом. 6 октября 2007 года в Душанбе в ходе заседания Межгоссовета ЕврАзЭС генеральным секретарем Сообщества был назначен Таир Мансуров, который занимал эту должность до 2014 г.

Межпарламентское сотрудничество государств-членов ЕврАзЭС обеспечивал Межпарламентская Ассамблея ЕврАзЭС (МПА). Перед МПА была поставлена задача правового обеспечения функционирования ЕврАзЭС и гармонизации законодательств государств-членов Сообщества, приведение их в соответствие с договорами, заключенными в рамках ЕврАзЭС.

Ассамблея формировалась из парламентариев, делегируемых парламентами государств Сообщества. Численность парламентских делегаций составляла: Республика Беларусь – 14 парламентариев; Республика Казахстан – 14; Кыргызская Республика – 7; Российская Федерация – 28; Республика Таджикистан – 7; Республика Узбекистан – 16.

Правовой статус Межпарламентской Ассамблеи регулировался Договором об учреждении Евразийского экономического сообщества, а также Положением о Межпарламентской Ассамблее, утвержденным Межгосударственным Советом 13 мая 2002 г., в котором были закреплены цели, задачи и компетенция МПА, состав и порядок формирования этой организации. Организационная составляющая деятельности Ассамблеи регулировалась Регламентом Межпарламентской Ассамблеи, утвержденным на ее третьем заседании 2 ноября 2002 г. Согласно Положению, МПА образовала постоянные и временные комиссии (по правовым вопросам; по вопросам формирования правовой базы Таможенного союза и др.). Председатель Ассамблеи и его заместители избирались на заседании Ассамблеи из числа руководителей парламентов (палат парламентов) государств – членов Сообщества. Организацию деятельности МПА осуществляло Бюро Межпарламентской Ассамблеи, в состав которого входили по два члена МПА от каждого парламента, председатель Ассамблеи и его заместители. Постоянно действующим исполнительным органом МПА и Бюро МПА был Секретариат Бюро Межпарламентской Ассамблеи. Место нахождения Ассамблеи и Секретариата Бюро МПА – Санкт-Петербург. Заседания МПА проводились не реже двух раз в год.

Суд ЕврАзЭС обеспечивал единообразное применение договаривающимися сторонами положений Договора об учреждении Евразийского экономического сообщества и других действовавших в рамках Сообщества договоров, а также решений, принимавшихся органами ЕврАзЭС. Кроме того, Суд Сообщества рассматривал споры экономического характера, возникавшие между членами ЕврАзЭС по вопросам реализации решений органов ЕврАзЭС и положений договоров, действовавших в рамках Сообщества, давал по ним разъяснения и заключения. Местонахождение Суда Сообщества – город Минск.

По результатам рассмотрения спора Суд Сообщества принимал решение, в котором рекомендовал меры для исполнения. Решение Суда Сообщества считалось принятым, если за него проголосовало не менее двух третей от общего числа назначенных и приступивших к исполнению своих обязанностей судей. Решение Суда Сообщества было окончательным. На Суд Сообщества было также возложено толкование положений, действующих в рамках ЕврАзЭС международных договоров и решений органов ЕврАзЭС.

Суд Сообщества формировался из представителей государств-членов ЕврАзЭС в количестве не более двух от каждой страны. Судьи Суда Сообщества назначались (сроком на шесть лет) и освобождались от должности Межпарламентской Ассамблеей ЕврАзЭС по представлению Межгосударственного Совета ЕврАзЭС на уровне глав государств. Должность судьи Суда Сообщества могли исполнять судьи верховных и высших арбитражных (хозяйственных, экономических) судов или иные лица, являвшиеся специалистами высокой квалификации в области права. Возглавлял Суд Сообщества Председатель, данную должность поочередно занимали судьи Суда Сообщества.

Финансирование деятельности органов ЕврАзЭС осуществлялось за счет бюджета Сообщества, подготовка и исполнение которого проводилось на основе Положения о порядке формирования и исполнения бюджета Евразийского экономического сообщества, утвержденного Решением Межгоссовета ЕврАзЭС от 31 мая 2001 г. № 16. Согласно этому акту, бюджет Сообщества на каждый бюджетный год разрабатывался Интеграционным Комитетом по согласованию с